多方法多版本的微生物网络图绘制课程生信课堂

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微生物多样性测序结果拿到手，分析样本中微生物分类信息之后，还可以利用OTU丰度矩阵探究微生物之间的相互作用，并构建OTU互作网络，再借助绘图软件绘制网络图，直观呈现分析结果。

SparCC

#ComputecorrelationspythonSparCC.pyarctic_soils_filtered.txt-i10--cor_file=arctic_soils_sparcc.txt>sparcc.log#ComputebootstrapspythonMakeBootstraps.pyarctic_soils_filtered.txt-n100-oResamplings/bootforiin{0..99};dopythonSparCC.pyResamplings/boot_$i.txt-i10--cor_file=Bootstraps/sim_cor_$i.txt>>sparcc.log;done#Computep-valuespythonPseudoPvals.pyarctic_soils_sparcc.txtBootstraps/sim_cor10-opvals_two_sided.txt-t'two_sided'>>sparcc.log

借助CoNet可视化操作界面如下：

文字版不过瘾？视频版来帮你！

组学大讲堂将上述内容更新到了升级版视频《微生物OTU网络绘制（Cytoscape)》中（限时1元，详见文末）。全新课程涉及利用MENA、CoNet以及SparCC等方法进行OTU互作网络分析等内容，同时还包括OTU和样品二分网络图绘制，可谓干货满满！课程通过案例数据手把手教你学习如何进行分析，例如：

THE END

Cytoscape3.8.0软件安装包和安装教程

Cytoscape的“傻瓜式”教程–BioEngX

CytoScape下载CytoScape(生物信息分析工具)下载v2021绿色版

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多方法多版本的微生物网络图绘制课程生信课堂

1.Cytoscape教程教程教程.pptCytoscape 教程教程教程.ppt,* 增加了新的节点,其中可以发现更多和rac1直接相互作用的分子(红色圈框所示) * 利用Plugin菜单中的整合网络(Merge networks)命令把两个检索到的网络进行合并,选中两个对应的网络文件,点击OK即可合并。 * 合并后在新形成的网络文件中,可https://max.book118.com/html/2022/0703/7000000010004140.shtm
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3.Cytoscape软件(附使用教程)官方中文版v3.8.0最需网Cytoscape软件 (附使用教程)官方中文版v3.8.02024-06-19发布者:zhangliang大小: 下载:0文件大小:软件介绍 Cytoscape是一款开源网络软件,可以帮助用户对网络进行构建,通过集成,分析和可视化数据来达到分析网络的目的,软件自带编辑器模块,可以直接在软件中进行网络设置。 软件介绍 Cytoscape是一个开源网络软件,可以帮助用户...https://www.zuixu.com/down/604501.html
4.Cytoscape基础教程笔记PublicLibraryofBioinformatics昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级 的。基础教程又分成了四课:Getting Started、Filters & Editor、Fetching External Data和Expression Analysis。为防忘记,做个摘记。 第一课 新手上路 地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started ...https://www.plob.org/article/6289.html
5.看图说话Cytoscape的“傻瓜式”教程微信文章以上就是Cytoscape的“傻瓜式”教程,其实一款软件的应用从入门到精通,是需要时间的。希望大家多多尝试,其实鼠标点点点就能做到的,不用大家写代码哒!祝大家早日画出自己满意的网络图~ 参考链接 Java8下载地址: http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html ...https://ibook.antpedia.com/x/441626.html
6.软件安装教程Cytoscape是一款体积小巧、专业实用的生物信息分析工具,能够帮助用户轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制。 安装步骤 软件下载:w 阅读更多 Cytoscape3.10安装教程 Windows Cytoscape是一款体积小巧、专业实用的生物信息分析工具,能够帮助用户轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制。 安装步骤 软件下载:w...https://blog.ruancang.net/
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12.cytoscape.js官网Cytoscape.js includes all the gestures you would expect out-of-the-box, including pinch-to-zoom, box selection, panning, et cetera.Cytoscape.js also has graph analysis in mind: The library contains many useful functions in graph theory. You can use Cytoscape.js headlessly on Node.js to do...https://js.cytoscape.org/