一文教你使用Excel画GO富集分析图

做完转录组测序分析,从公司拿到的结果中一般都会有GO富集分析的结果文件。

公司的分析都是标准化的,相应的GO富集分析图上展示的一般是前20位富集程度最高的GO条目,没有经过qvalue值的筛选。

如果你想筛选一下qvalue值或者其他参数再做GO富集分析图,那么请继续往下看。小编为您讲解如何使用Excel画GO富集分析图。

数据文件准备

转录组测序分析的结果文件中一般都会有GO_enrich.xls的文件,该文件一般在每个差异组合的差异分析结果文件夹下。打开后格式大致如下图所示,各个公司稍有不同,图上红色箭头所指的列应该都有,这几列分别是:Term_type、Description、Corrected_P-value、Rich_factor。

假设我们经过筛选之后使用前20个富集条目进行富集分析作图。作图时,我们选择图上显示Term_type、Description、Corrected_P-value共三个值,当然你也可以显示Rich_factor而不显示Corrected_P-value。由于Corrected_P-value值从0-1都有,大小不一且差距较大,为了方便作图,我们需要对Corrected_P-value进行对数化,即转化为-log10(Corrected_P-value),注意是求负值。在Excel中即是插入一列,然后使用log函数求出相应的值即可。

排序之后,我们把三大类相同的类型进行合并,以便后续作图。

到这一步,数据的准备工作就完成了,接下来就是图形的绘制。

画GO富集分析图画GO富集分析图

1、插入条形图,具体步骤为:插入-条形图-二维条形图。得到如下图空白图形所示。

2、点击“选择数据”,弹出“选择数据源”对话框,点击“图例项(系列)”下的“添加”,弹出“编辑数据系列”对话框(其中“系列名称”空置),“系列值”选取上一步取对数后的“log10(Corrected_P-value)”,然后点击“确定”返回“选择数据源”对话框。

3、点击“水平(分类)轴标签”下的“编辑”,弹出“轴标签”对话框,选定区域为“Term_type”和“Description”两列,点击“确定”即可得到初步的效果图。

图片的美化

1、添加横坐标轴标题:

菜单栏“布局”-“坐标轴标题”-“主要横坐标轴标题”-“坐标轴下方标题”,输入内容为“-log10(Corrected_P-value)”。

2、修饰坐标轴:横坐标:

菜单栏“布局”-“坐标轴”-“主要横坐标轴”-“其他主要横坐标轴选项(M)”,“主要刻度线类型”选择“内部”,“次要刻度线类型”选择“无”,“坐标轴标签”选择“轴旁”。

纵坐标:

菜单栏“布局”-“坐标轴”-“主要纵坐标轴”-“其他主要纵坐标轴选项(M)”,“主要刻度线类型”选择“无”,“次要刻度线类型”选择“无”,“坐标轴标签”选择“轴旁”。

3、网格线修改:菜单栏“布局”-“网格线”-“主要纵网格线”-“无”。

4、数据类型颜色修改:三大类别,一类一种颜色,比如设置:MolecularFunction红色,CellularComponent绿色,BiologicalProcess蓝色。这一步没有办法批量修改,只能逐个修改。双击条形,弹出“设置数据点格式”对话框,选择“填充”-“纯色填充”,选择颜色。

颜色修改之后,得到如下所示图,但是右侧“图例”显示的很乱,没有按照三大类显示。接下来就得修改图例。

5、图例的修改:选中图例进删除,每一种颜色只保留一个图例即可。选中图例,右键-字体颜色选择白色,将原有的图例内容隐藏。

插入文本框,输入三大类内容,调整字体大小以及文本框的位置,整合文字和图例色标到合适的位置。

6、到这里,图就基本调整完成了,不过还有一些瑕疵,比如大类别“CellularComponent”的显示不太好、整个图片上字体的格式不太好,都可以加以调整。只要右键打开字体调整的对话框进行调整即可。

最终图片如下所示,所谓最终只是小编调整的最终图片,你也可以根据你的审美进行图片字体、颜色、线条等等的调整。

THE END
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2.生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别...生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因 微生信关注IP属地: 上海 2024.12.02 12:03:45字数19阅读2 微生信助力高分文章,用户230000+,谷歌学术3600+?著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 日记本 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持还...https://www.jianshu.com/p/39ffbbd5e260
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1.Cytoscape作图,边和节点的颜色设置第三列为...最大,说明连通性最高。 另外,基因连通性的颜色渐变图例可以另行下载为svg格式,后期可将图例和网络图PS在一起: (3)边界、结点样式设置和有向网络图一样,可以对边界、结点的样式进行统一设置。 (4 智能推荐 cytoscape作图难?10分钟搞定OTU的互作网络分析相关性联系图+MENA使用教程!https://www.pianshen.com/article/6551943743/
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3.如何在Cytoscape中单独更改节点的颜色?在Cytoscape中,可以通过以下步骤单独更改节点的颜色: 1. 首先,确保已经安装并打开了Cytoscape软件。 2. 导入或创建一个网络图,确保图中包含需要更改颜色的节点。 3. 选中要...https://cloud.tencent.cn/developer/information/%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%9C%A8Cytoscape%E4%B8%AD%E5%8D%95%E7%8B%AC%E6%9B%B4%E6%94%B9%E8%8A%82%E7%82%B9%E7%9A%84%E9%A2%9C%E8%89%B2%EF%BC%9F
4.“开源节流”之cytoscape,展示互作网络,一用无忧!跟示例图比较后可知,还缺少一个图例来表示各个颜色分别代表的degree的区间。点击下图箭头所示 -> creat Legend ->Export即可导出网络图所对应的图例。最后就是PS来排版和润色的事了。 基本的画图方法应该就以上几点了,更炫更加美观的网络图可能需要大家的精心绘制了。如果还需要更加强大的画图工具,可以去cytoscape官网...https://www.antpedia.com/news/dist_article/82055.html
5.数据可视化图例网状图怎么画?万象方舟选择适合绘制网状图的工具,比如Gephi、Cytoscape、D3.js等。这些工具提供了丰富的功能和参数设置,方便进行网状图的绘制和调整。 步骤3:导入数据 使用选择的工具导入数据,通常数据以节点列表和边(连接节点的线)列表的形式导入。确保数据格式正确以保证图表的准确性。 https://www.vientianeark.cn/qa/372591.html
6.Cytoscape可视化物种分类树结构wx643df9f1afa1d的技术博客前两天偶然看到了这样一张图,听群友说这是Cytoscape调出来的效果,就想试一试。 折腾一番后,发现这个图的工作量貌似蛮大的 。因此本篇就只是概括了一下大致的过程,包括如何准备输入数据,以及在Cytoscape可视化时大致上要点击哪些按钮等,并未仔细琢磨成品图。所以,下文略显粗糙,大家有兴趣就看吧…… ...https://blog.51cto.com/u_16077014/6252659
7.如何在论文中画出漂亮的插图?第1页代码一行,后边的几乎都是一行,没做其他设置,默认就这样。我就不贴其他的代码了: g = sns.jointplot(x1, x2, kind="kde", size=7, space=0) 这还有个更炫酷的可交互式的绘图,大家自己戳开看吧 http://nbviewer.ipython.org/github/plotly/python-user-guide/blob/master/s0_getting-started/s0_getting-...https://tinynews.org/new/21664179/1