Cytoscape.js网络图`A+

1、安装cytoscape.jsnpm:npminstallcytoscapenpm:npminstallcytoscape-panzoom

2、在main.js里面配置:importcytoscapefrom'cytoscape'importpanzoomfrom'cytoscape-panzoom'panzoom(cytoscape)

一、创建一个展示网络图的窗口,html代码。

1//html页面2

3//网络图数据4data(){5return{6id:'netWorkId',7idBackground:{backgroundColor:"white",height:"650px"},8filter:0.5,//edge数据展示的控制9clusterInfo:{},10networkData:{},11cy:{},12}13}

二、数据的获取

1、假数据的格式

1letNetWorkData={2data:{3"clusterInfo":['1','2'],4"nodes":[{"id":"1","name":"TCGA-CN-6022-01","cluster":"2"},{"id":"2","name":"TCGA-CQ-5327-01","cluster":"1"}],5"edges":[{"id":"1_2","source":"1","target":"2","edge_weight":"1"},{"id":"1_2","source":"1","target":"2","edge_weight":"1"},]6}7}2、数据的获取和赋值

//初始化这个方法show(){this.networkData={nodes:NetWorkData.data.nodes,edges:NetWorkData.data.edges};this.clusterInfo=NetWorkData.data.clusterInfo;this.drawNetwork();}

三、网络图创建的必要方法

以上是完整的网络图实例,下面介绍下关于网络图自己用过的其他方法。

//获取视口的范围,这是模型坐标中的一个边界框,它允许您知道在视口中可见的模型位置。1、this.cy.extent();

//node的点击事件2、this.cy.nodes().on(‘click’,e=>{});

//重构网络图页面的方法,得到一个新的布局,它可以用来在图中对节点进行算法定位3、this.cy.layout({name:cose,//数据的排列算法boundingBox:{x1:0,y1:0,w:550,h:650},//限制视图的展示范围。}).run();

//对edge数据的处理4、this.cy.edges();

//对点的样式的处理方法5、this.cy.nodes(’.’+this.classes).style({‘background-color’:red;});//获取node样式this.cy.nodes(’.’+this.classes).style();

//线的样式的处理6、this.cy.edges().style({//样式})//获取edge样式this.cy.edges().style();

THE END
1.cytoscape问题编程语言列名匹配问题:在导入过程中,Cytoscape需要知道哪些列对应于节点ID或其他重要属性。如果列名不匹配,可能会导致导入失败。请确保文件中的列名与网络中节点的属性名称相匹配。 数据类型问题:某些列可能需要特定的数据类型(例如,节点ID应为字符串类型)。如果数据类型不正确,可能会导致导入失败。 编码问题:确保你的文件使用了...https://ask.csdn.net/questions/8164941/54929959
2.Cytoscape——美化Column设置为correlation,mapping type设置为continues mapping,current mapping(默认为白-黑) 注:可以双击灰色图标进行设置其它颜色,点击set min and max 设置数值,双击图形右上角的倒三角选择最大值显示的颜色;同样双击左上角倒三角选择最小值的颜色;如果需要增加图注,可点击“Add”按钮 ...https://shengxin.ren/article/161
3.轻松搞定各种柱状图4. 转录组数据怎么挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录组文献解读 5.微生物16S/ITS/18S分析原理及结果解读、OTU网络图绘制、cytoscape与网络图绘制课程 6. 生物信息入门到精通必修基础课,学习链接:linux系统使用、perl入门到精通、perl语言高级、R语言画图 ...https://www.jianshu.com/p/b8732bef775e
1.Cytoscape酷图技巧已完成丁香学社课程内容: 1.课程简介  2.软件下载与安装  3.网络与属性导入  4.主题&风格调整  5.网络整体布局  6.选择与筛选  7.添加图注https://www.biomart.cn/webinars/list/208.htm
2.如何在论文中画出漂亮的插图?第1页有人可能会说需要复杂的设置,其实也不用。比如上边这幅图,只需要多加一个参数就好: cmap=brewer2mpl.get_map('RdBu','diverging',8,reverse=True).mpl_colormap, 楼下说到统计绘图。嘛 seaborn ( https://github.com/mwaskom/seaborn ) 是一个调用 matplotlib 的统计绘图库,上图: ...https://tinynews.org/new/21664179/1
3.TMT蛋白组分析报告蛋白定量值采用 quantile 进行 normalization,消除加样量、仪器操作等引起的样品间蛋白定量值误差。根据表达量信息,本项目采取箱线图展示各样品蛋白表达量水平的分布情况,可观察到矫正前后数据分布的分散程度(矫正前图5.1.1,矫正后图5.1.2)。 图5.1.1:蛋白原始定量值分布 ...https://www.bioincloud.tech/cloudir/reports/TMT_report/TMT_Report.html
4.科研作图十条秘籍,灵魂画手也能掌握湖南财政经济学院无论是描述一个实验设置,引入一个新的模型,还是展示新的结果,你都不能解释图片本身中的所有内容——图片应该带有图注。图注解释了如何阅读图片,并为无法用图片表示的内容提供额外的准确信息。你可以认为它是你在口头陈述或活动海报前给出的解释,只是你必须提前考虑人们会问的问题。 https://www.hufe.edu.cn/cjdsjyjy/info/1020/1168.htm