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本节概览：1.Cytoscape软件基本介绍2.数据导入：蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3.PPI网络图绘制：选取部分节点展示
AnalyseNetwork
node节点与edge连线的调整
layout排布调整
图像导出4.Apps的使用:待更新...
顺接上节RNA-seq入门实战（九）：PPI蛋白互作网络的构建——STRING数据库的使用，在得到目的基因的蛋白互作关系数据后，可以将数据导入Cytoscape软件进行个性化的可视化操作，本节中介绍Cytoscape_3.9.1基本用法。
Cytoscape官网：Cytoscape:AnOpenSourcePlatformforComplexNetworkAnalysisandVisualization
说明书：Cytoscape3.9.1UserManual—CytoscapeUserManual3.9.1documentation
下载地址：DownloadCytoscape
Cytoscape是一个开源软件平台，用于可视化分子相互作用网络和生物通路，并将这些网络与注释、基因表达谱和其他状态数据集成。Cytoscape还可以使用Apps实现一些附加功能，大多数Apps可以免费从Cytoscape应用程序商店获取。
Cytoscape
除了各节点互作关系外，有时候我们还想添加其他信息：如基因表达量、上下调信息等。此时也可以在导入节点信息后，继续添加其他注释信息，下面示范添加基因上下调信息到Cytoscape软件中
基因上下调的注释信息获取从差异分析结果文件中获取基因名与上下调信息，并命名为“node1”、“log2FC”，保存为node_data.csv文件：
导入后，软件将根据node1一列自动与之前节点信息相匹配，添加log2FC信息
在画布中选中我们想展示的目的基因后，点击File-NewNetwork-FromSelectedNodes,AllEdges，即可新建一个只包含目的基因的画布
通过Cytoscape的AnalyseNetwork功能，可以对网络中节点的重要程度进行分析得出degree值（个人理解哈），并添加进入注释信息，用于后续可视化：
这一步对于PPI网络图的优化很关键。
下面示范根据degree调整node节点大小，根据log2FC调整node节点颜色，根据相互作用评分combined_score调整edge连线粗细与颜色:
style界面下方切换到edge设置界面，操作同与之前类似
根据combined_score调整edge连线粗细：Width选项——Colum选择combined_score——MappingType选择ContinuousMapping——调整大小区间
在软件上侧的Layout选项中可以对网络图进行各种形式的排序，下面展示几种排布方式
得到满意的图像后，调整好其在画布上的位置和大小（否则导出图像容易不完整），在画布下方点击文件导出键，一般选择保存为pdf文件便于后期在进行编辑
除了以上强大的绘图功能外，Cytoscape还可以安装各类的Apps插件，如cytoHubba、MCODE、ClueGO等等，从而实现多种多样的分析功能。此部分之后再慢慢更新吧......
参考资料
Cytoscape史上最全攻略(qq.com)
cytoscape及APP(插件)使用手册-简书(jianshu.com)
Cytoscape3.9.1UserManual—CytoscapeUserManual3.9.1documentation