3、筛选感兴趣的通路，重新做PPI分析
我们选择P值最小的通路hsa04668：TNFsignalingpathway，复制对应的G列的44个基因，使用Notepad++的替换功能，将'，'替换成'n'，生成基因列表，用于PPI重新分析。
导入44个基因，重新分析，分析完成后，看到在网页上看到PPI网络图。
点击Export，选择文件和图片下载。文件可以使用Cytoscape软件绘制更专业的网络互作图。
THE END
新闻媒体
2020-06-19 00:00:00
1.生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别...生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因 微生信关注IP属地: 上海 2024.12.02 12:03:45字数19阅读2 微生信助力高分文章,用户230000+,谷歌学术3600+?著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 日记本 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持还...https://www.jianshu.com/p/39ffbbd5e260
2.生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别...微生信助力高分文章,用户230000+,谷歌学术4600+ …https://www.sohu.com/a/832361956_121408822
3.使用Cytoscape画PPI网络图青蛙快飞打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件 File > Import > Network from File 会弹出下图对话框,在对话框中设置如下: 选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/10652348.html
4.Cytoscape3.7.2windows系统cytoscape.js 制作网络图谱使用的第三方库cytoscape.js,包括cytoscape的语法及小案例。 上传者:smilecold时间:2018-05-29 Cytoscape_3_2_1_windows_64bit.exe CYTOSCAPE软件资源,能熟练完成PPI,网络药理学等绘制。 上传者:zhongwen05时间:2019-08-12 Cytoscape_3_6_1_windows_64bit.exe ...https://www.iteye.com/resource/qq_42491125-13094117
5.基于网络药理学研究丹栀逍遥散治疗便秘的作用机制目的:基于网络药理学研究丹栀逍遥散治疗便秘的作用机制。方法:利用TCMSP、BATMAN-TCM、Uniprot、GeneCards等数据库检索筛选丹栀逍遥散关键成分及相关靶点、疾病靶点和相关通路。通过STRING数据库和Cytoscape软件绘制PPI网络图,寻找核心基因。利用Metascape和BioGPS数据库通过微生信平台进行基因富集分析。利用SwissDock平台进行分子...https://www.sinomed.ac.cn/article.do?ui=2024195557
1.差异分析和PPI网路图绘制教程maltabppi差异分析和PPI网路图绘制教程 写在前面 在原文中,作者获得285个DEG,在此推文中共获得601个DEG。小杜的猜想是标准化的水段不同的原因吧,或是其他的原因。此外,惊奇的发现发表医学类的文章在附件中都不提供相关的信息文件,如DEG数据、GO、KEGG富集信息,或是其他相关的文件。唉!!!难道是怕别人复现结果不一致?仅仅...https://blog.csdn.net/kanghua_du/article/details/136138969
2.STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)–王进的...8. 将LogFC信息加入PPI 可能大家大多数看的文献中都是上图呈现效果,其实只要自己熟悉Cytoscape,完全可以将LogFC,甚至P值信息添加进图中。详见进哥B站视频教程。 9.寻找核心基因+子网络 一般做完差异基因,或者使用其他方法找到想要的biomarker时,想要知道这些基因的调控网络,或者哪些基因在调控网络中处于核心位置,比较...https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%E7%BD%91%E7%AB%99cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%88%B6%E4%BD%9C%E7%B2%BE%E7%BE%8E%E8%9B%8B%E7%99%BD%E4%BA%92%E4%BD%9C%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%9B%BEppi/
3.基于生物信息学分析结肠癌的预后相关基因及其与免疫细胞的相关性*...将共同上调和共同下调的差异基因输入STRING数据库,选择“智人”作为有机体,设置显著阈值>0.4,其他设置默认,导出结果文件。然后,使用Cytoscape软件绘制PPI图,再使用MCODE插件筛选出具有高度联系的基因簇,从而筛选出与结肠癌相关的核心基因。 1.5 预后分析 GEPIA(http://gepia.cancer-pku.cn/detail.php?gene=&clicktag=...https://www.fx361.com/page/2022/0720/11640073.shtml
4.干货分享Cytoscape软件对经STRING数据PPI网络图美化采用Cytoscape软件对经STRING数据库分析所得PPI网络图进行美化大致可分为两种情况:其一则是直接通过调整图片颜色、线条、整体布局(注意:整体布局调整亦可手动调节或直接自动调节,较为灵活)等的调整以达到美化的效果;其二则是进阶版,依据“Degree”值进行分类设置,以使图片更加精致美观的同时层次更加分明,下面我将以第二种...https://www.bio-review.com/string-cytoscape-ppi/
5.生信干货~PPI蛋白网络~Cytoscape插件GeneMANIA经过一段时间的休整,继续Cytoscape app的更新。在这一次介绍插件之前,我们先介绍一个网站,http://genemania.org/,主要是用来研究蛋白互作关系,你会发现PPI构建原来不是一个难事。 主要提供了以下蛋白之间关系的数据及预测:Predicted,Physical Interactions,Co-localization,Co-exprssion,Pathway,Shared protein domains,Gen...https://cloud.tencent.com/developer/article/2231443
6.Cytoscape软件使用之STRING的PPI文本文件导入画连通图Cytoscape软件使用之STRING的PPI文本文件导入画连通图,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。https://www.pianshen.com/article/99532399902/
7.求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因杨宏浩1 临床医学医学生 请问解决了吗？我也遇到这个问题 2020-03-18IP未知未知 收藏回复点赞 ...https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/42917737
8.基于生物信息学发现抑制Focaladhesion信号通路可能是治疗局灶节...得到差异表达基因后,在STRING数据库检索差异表达基因编码蛋白的蛋白质-蛋白质互作关系(PPI),并利用Cytoscape绘制PPI网络图,通过Cytohubba插件筛选核心基因(hub gene)。利用DAVID数据库对差异基因进行基因本体(GO)功能富集和KEGG信号通路富集,确定hub基因参与的主要信号通路。再使用GSEA软件对所有样本数据的全基因表达谱数据...https://cdmd.cnki.com.cn/Article/CDMD-10403-1021685182.htm
9.基于网络药理学和生物信息学探索逍遥散和柴胡疏肝散“同病异治...由于TCMSP数据库中不含有炙甘草这一单味药的化学成分和靶点,因此在使用Cytoscape绘制网络时采用了BATMAN-TCM中的炙甘草相关化学成分和靶点,进入TCMSP中通过搜索chemicalname找到对应Molecule ID,以方便可视化绘制PPI。 由网络图和表中的拓扑分析可得,度值前十的逍遥散抗抑郁的潜在靶点有:PTGS2、NCOA2、PTGS1、HSP90-1...http://hanspub.org/journal/PaperInformation.aspx?paperID=40938
10.Cytoscape:AnOpenSourcePlatformforComplexNetwork...Cytoscape Official Web Sitehttps://cytoscape.org/