蛋白-蛋白互作图（Protein-ProteinInteraction,PPI）的分析可以通过多种软件进行，包括但不限于Cytoscape。
一、使用Cytoscape进行蛋白-蛋白互作图分析：
1.导入蛋白-蛋白互作数据：
下载安装并启动Cytoscape软件后，通过“File”菜单导入PPI数据。这些数据可以是网络格式，如SIF或XGMML。
2.节点数量分析：
在Cytoscape中，可以直接观察网络图来确定节点的数量。
3.节点度数分析：
节点度数指的是与一个节点直接相连的边的数量。在Cytoscape中，使用“NetworkAnalyzer”工具可以对网络的统计特性进行分析，包括节点度数。
4.节点中介性分析：
节点中介性反映了节点在网络中的中心性和影响力。同样使用“NetworkAnalyzer”，可以计算每个节点的中介性。
二、其他软件选项：
1.Gephi：
可用于可视化和网络分析的工具。
2.R语言和Python：
通过特定的包或库（如R中的igraph包或Python中的NetworkX库），可对PPI网络进行复杂的分析。
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