Cytoscape是一款可图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或MicrosoftExcel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件，针对网络问题进行深入分析。
上面只是最基础的优点，作为本次生信大课堂的主角，Cytoscape的最大亮点在于：基于Windows，全程可视化操作，只需要鼠标就能完成关系网络的绘制。
Cytoscape需要Java支持，不要忘了下载哦。
Ⅱ
说了那么多，我该怎么用呢？
不急，正片现在开始~
导入文件
首先，对文件进行预处理，完成类似于分组的准备工作：
接下来，打开刚刚安装好的Cytoscape，点击下图中用红色标注的选项：
选择处理好的文件，成功导入数据：
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选择文件的表现形式
成功导入文件后，我们就要开始选择文件的表现形式了：
小锐在这里做一个示例，区分主要与次要元素，以及从属于各自关系的数组分类：
次要元素
主要元素
关系属性
分类属性
完成数据设定之后，就可以看到关系网络Fig的雏形啦：
是不是感觉很乱？没关系，只要通过几步菜单设定，就能获得更加美观的Fig了。
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设定网络图的展示形式
通过Layout菜单，我们可以设定网络图的展示形式：
以Circular为例，我们的原图长这样：
在左侧菜单中选择Style进行参数设置：
在左下角可以进行Node参数和Edge参数的设置切换：
具体设置诸如
·Nodesize（控制Node参数的图例大小）：
·Nodeshape（控制Node参数的图例形状）：
·EdgeStrokeColor（控制Edge参数的图例颜色）：
等等共计20余种参数设置，基于本文的DIY主题，就不一一介绍啦，更多好玩的小细节，留给各位探索发现~（悄悄告诉大家一个小秘密，Cytoscape里面的所有元素都是可以自由拖动的哦~）
最后PO一张示例数据完成的样板图：
怎么样，心动了吗？
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保存图片
Thelastbutthemostimportant，完成了网络图的绘制，我们还得把它保存出来。通过菜单中的Export选项，就可以完成图片的导出保存啦：