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2018.02.25
上一期我们演示所用的Cytoscape版本号为3.2.1，之后发现最新的3.4.0版本界面相比以前改了不少，而目前百度上搜索的很多说明文档多是基于3.x.x以前的版本，为了大家下载安装方便以及本着与时俱进的原则，所以我们选择了最新的3.4.0版本作演示。
开始之前首先我们介绍一下新版的主页面
网络文件：node1和node2表示两个有相互作用的蛋白，combine_score表示该相互作用的可信度，该值在0-1之间，越接近1表示可信度越高（该数据来自string数据库）。
节点属性文件：分别为基因名、差异倍数以及p值（可根据需要改为其他属性列表）
ReadyGo!
Step1
输入网络文件：点击“File--Import--Network--File”，选择网络文件“DEG_string_interactions.txt”
点击“打开”后显示如下，
1、点击node1右侧的三角形，将node1选为“SourceNode”，即点击绿色圆圈，Datatype选择默认的“ab”（字符串型）；
2、同样方法将node2选为“TargetNode”，DataType同样选择字符串型；
3、combined_score默认为“EdgeAttribute”，默认为浮点型（floatingpoint）。
选好后点击“OK”进入下一步，此时已生成网络图，如下，
Step2
接下来导入节点属性文件“DEG_PPI.txt”，点击菜单栏“File--Import--Table--File”（注意此处选择Table而不是Network）。
Step3
进入今天的重要部分：如何作出复杂的网络图。这个主要是依赖ControlPanel中的“Style”标签。在完成此复杂任务前，我们不妨将我们的目标进行分解。
1、首先根据combined_score的值调整边的颜色。
点击ControlPanel中的“Style”标签，再选择左下角“Edge”标签，找到“StrokeColor(Unselected)”选项
2、根据FoldChange的值标注节点所代表基因是上调还是下调，上调以绿色显示，下调以红色显示。
将ControlPanel切换到“Style”--“Node”标签（因为要对node的style进行修改了嘛），首先我们先将节点由“方形”改为“圆形”，找到“Shape”,单击Def那一列的方形图标进行修改，选择Ellipse后点击“Apply”，之后将滚动框拖到最下方，勾选“Locknodewidthandheight”。
其次找到“FillColor”，Column选择“FoldChange”和MappingType选择“DiscreteMapping”，因为MappingType选择的是不连续的值，因此会将所有的值都显示出来，批量选择小于0.5的值，之后右击选择“Edit--EditSelectedDiscreteMappingValues”，在弹出的颜色盘中选择红色；同样方法将FoldChange大于2的值设为绿色。
3、最后我们通过节点的大小来显示P值的显著性，P值越小节点直径越大。
同样在“Node”标签下找到Size选项，Column选择“Pvalue”，MappingType选择“ContinuousMapping”，双击下图红框中的图标，即可修改节点大小，此处我们将P值最小的Size定为70，P值最大的Size设为30。