首先通过网页工具STRING获取目标基因集的PPI
有点杂乱，我们需要导出以进一步调整
选择TSV文件导出
打开cytoscape文件
导入TSV文件，选择构建node之间的网络
这里我们发现有3个模块，我们选择最复杂的B模块进一步调整
按住ctrl键，鼠标选中目标模块并生成新的网络
节点（node）是矩形的，不太好看，我们想把它们调整成圆形的。
通过style——shape调整
选择后我们发现是椭圆，这里我们把节点的高和宽保持一致
75有点大，通过不断的调试，我们发现50是比较理想的圆的大小。其实这里就是按照自己的喜好不断调整的过程。
然后安装好cytoHubba插件，使用该插件计算节点间相互作用程度degree
我们对该PPI的全部325个节点按照degree的大小来呈现
可以发现，每个节点根据自己的degree得分而展示出了不同深度的颜色
接下来，我们对degree进行分类，利用它来进行下一步绘制
首先我们选择39-30大小degree的节点，粘贴到右上角文本框里
回车后发现，第一组节点都被选中
我们对选中的节点画圆
选中节点可以拖动此圆
同样的我们对直径进行调整
感觉40刚刚好
接下来，我们根据degree一次分组，画圆，调整
农村包围城市
最终我们得到了所有节点的PPI图，由内而外degree依次减小，由深及浅。
THE END