Circos采用perl编程，其正常运行需要perl环境，同时要依赖一些perl模块。苹果电脑中一般都装了perl，因此在circos官网直接下载对应的版本即可；而在windows系统中，我们需要先装一个perl软件，然后再装Circos。
安装完以后在开始菜单的搜索框中输入“perl”，点击enter键，即可出现如下“小黑屏”，输入“perl-v”可以显示版本信息，说明perl已经安装成功。
第二步是安装circos，说是安装，其实只要把文件下载后解压缩，就可以直接使用了。例如我们把circos软件放入“D:\安装软件”这个目录下，那么circos主程序的完整路径为“D:\安装软件\circos-0.69\bin\circos”，在命令行输入“D:\安装软件\circos-0.69\bin\circos-modules”，可以检查它所依赖的perl模块有没有安装上，如果全部显示“ok”，则表示模块都已经安装上，后面我们就可以直接使用了。如果有模块没有安装成功或者想安装其他模块，可通过cpanModule::Name命令安装。
由于使用中会用到一些dos命令，因此我们简单插播两个实用的dos命令（不区分大小写）：dir（directory）和cd（changedirectory）。
dir可以查看当前路径下有哪些文件；单独输入cd可以查看我们当前所在路径，cd后接路径则可以进入其他目录，而“cd..”则表示回到上一级目录（一个“.”表示当前路径，两个点“..”表示上一级路径）。
由于我们的数据都放在了D盘，我们在命令行直接敲入“D:”即可进入D盘，之后输入“cdD:\安装软件\circos-0.69\bin”，进入circos主程序所在路径。
第三步就是运行circos，上一期我们讲过运行circos需要两类文件，一个是配置文件circos.conf，另一个是我们实际作图的文件。配置文件是circos学习的一个难点，好在软件的教程（tutorials）中提供了很多已经配置好的文件，同时也提供了示例数据（data）可以供我们学习和模仿。
我们随机选了一个示例数据通过cd命令进入“cdD:\安装软件\circos-0.69\tutorials\1\6”，在该目录运行如下命令“D:\安装软件\circos-0.69\bin\circos-confcircos.conf-outputdir.-outputfiletutorial.png”，即可生成名称为tutorial.png的circos图。tutorials中还有很多示例，我们可以挨个进去练习。当我们需要画类似的图的时候，可以参考tutorials中相应的配置文件，以此为基础修改修改就可以用了。