相关性分析及热图绘制脚本使用

初次使用脚本时，可以通过-h参数获得以下帮助信息。

--filter当输入文件为基因表达量时，指定是否过滤低表达的基因，在命令中添加该参数即为要进行过滤；

-e指定过滤时基因在样本中所要达到的最低表达量，默认为1；

-n默认为2，当-e、-n参数都为默认值时，即筛选至少有一半样本表达大于1的基因，-n指定为3，即筛选至少有三分之一样本表达大于1的基因，以此类推。

第二个脚本corrplot_select.r：

-P指定筛选结果时显著性p值的阈值，默认为0.05；

-t指定热图展示的形状，默认为上三角形；

其他参数说明

-H指定输出图片的高度，默认高为6英寸；

-W指定输出图片的宽度，默认宽为8英寸；

-o指定结果输出的路径，默认为当前路径；

-p指定输出文件名字的前缀。

脚本获取方法

为了方便感兴趣的学员小伙伴想复现这个分析内容，我把数据和代码一并打包，免费供大家使用学习。只需要如下几步，即可获得下载链接。

3、在公众号菜单栏回复朋友圈截图和corr即可获得下载链接。

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