网络图（Network）看似复杂，其实构成非常简单，网络图是一种图解模型，形状如同网络，故称网络图，由节点（node）和连线（edge）两个因素组成的。其中node又分为sourcenode（源节点）和targetnode（目标节点）两个因素组成的。这里的node就是我们的基因，edge就是基因间的相互作用关系。任何网络图都不外乎这些构成成分。知道了网络图的构成之后，再做图分析就很简单了。
edge就是基因之间的相互作用关系。比如两个基因TP53和CXCL12之间是否有相互作用关系呢？通过什么方法进行判断呢？这是一个比较困难的问题。好在，有一些非常好的数据库帮我们解决了这一问题，比如最著名的就是STRINGdatabase。
STRING数据库中包含有实验数据、从Pubmed摘要中文本挖掘的结果、综合其他数据库的数据，另外还有利用生物信息学的方法预测的结果，所应用的生物信息学的方法有：染色体临近、基因融合、系统进化谱、基于芯片数据的基因共表达等。
Cytoscape是一套完整的网络图分析系统，它不仅仅是一个软件，还包括了一系列编程语言接口、appstore等诸多内容，是网络分析领域的龙头老大。Cytoscape能够帮助我们实现基因互作的可视化网络图，并且通过其诸多分析插件帮我们找到这里面的关键基因。
step1从基因列表到蛋白互作
step2从蛋白互作到互作网络
step3从互作网络到关键基因
step1准备基因列表
这个基因列表的文件说白了就是一列基因，对于基因的数量最好是50-300个。
step2打开STRING数据库
点击SEARCH，然后就会跳转到让我们输入基因列表的页面，如下图所示，我们点击"Multipleproteins"，再依次输入我们的基因列表和物种名称，点击SEARCH即可。
然后STRING数据库会搜索我们提交的蛋白，点击CONTINUE即可。
之后就会出现这些基因的互作网络图了。这个网络图中有很多彩色的点，这个颜色是随机分配的没有生物学意义，有的点中还有花花绿绿的蛋白质的三维结构，这个对我们来说也不是非常重要，重要的是蛋白之间的连线，这就是相互作用。
图的下面有很多的panel，这里面蕴含了很多功能，其中最主要的就是Exports，从这里可以输出我们想要的图形和网络。
对于初级分析来说，网络图就可以了；当时如果是高级分析和美观的网络图，比如需要找到关键基因，需要发表质量的高级网络图，那就需要源文件了，源文件是一个tsv文件，通过它，可以制作各种各样的网络图。
step3Cytoscape美化网络图
网络文件包括多种格式：TXT、SIF、GML等，这些都是Cytoscape能够识别的，其中最常用的就是TXT文本格式。这种格式是最简单的，其实就是从Excel中复制出来的表格，其格式如下：
（1）第一行，默认作为列名，所以不要有重复的名字
（2）从第二行开始就是节点之间的相互作用关系了
（3）数据至少包含两列，第一列是SourceNode，第二列是TargetNode
就拿我们从STRING生成的网络图源文件为例，我们生成的是一个名为string_interactions.tsv的文件，这是一个文本文件，用Excel把它打开之后是这样的
将该文件导入到Cytoscape中
File-->Import-->NetworkfromFile即可导入文件
点击导入文件，找到要导入的网络文件，即string_interactions.tsv文件，导入之后是这样的。Cytoscape会自动识别最重要的两列：SourceNode和TargetNode，一般就是前面的两列。
如果自动识别的不对，可以自己指定。点击表头，会出现一个下拉菜单，然后自己选择指定即可。除了SourceNode、TargetNode其他列数据的属性还包括InteractionType、EdgeAttribution、SourceAttribution、TargetAttribution等，同时对应不同颜色和图标标记。
指定好数据列之后，点击OK即可，数据导入到此为止，软件会自动生成一个网络图。
页面布局
Cytoscape是一个非常庞大的软件，其功能非常丰富，页面布局也很复杂，在我们导入网络图数据后，其会自动帮我们生成一个网络图，如下
从上图中可以看出，页面相当复杂，而其中我们最常用的区域就是两个：控制面板和网络图区。
控制面板是我们用的最多的地方，这里面至少包括了三个子面板：
1）Network：网络图列表，这里以树形图的方式罗列了我们打开的所有网络图
2）Style：外观可视化控制面板，这个面板控制了我们的网络图的外观，所有的外观设计都在这个里面，这个面板也包括三个子面板：
--Node：控制节点的外观，包括大小、颜色、形状等，使用频率很高
--Edge：控制连线的外观，包括颜色、粗细等，使用频率很高
--Network：控制网络图的外观，如背景色等，使用较少
3）Select：筛选，即从整个网络图中按照用户的要求去选定特定的Node或者Edge。
其实整个Cytoscape页面布局中最重要的就是控制面板，而通过控制面板中特定属性的设置，我们可以随心所欲的改变网络图的外观。
Cytoscape的应用商店
Cytoscape的菜单栏中有很多的功能栏，其中Apps就是很重要的一个，其提供了非常多的功能插件，使得Cytoscape的功能根据用户的需求无限延伸。
寻找关键基因
通过使用Cytoscape插件MCODE或者Cytohubba可以从网路图中找到关键基因
第一步打开网络图
找到以.cys结尾的网络图文件，导入到Cytoscape中
第二步安装插件
第三步运行插件
MCODE的使用
在Apps中点击MCODE，然后会在控制面板中出现Mcode这一面板，点击AnalyzeCurrentNetwork即可。
Cytohubba的使用
Cytohubba的使用也比较简单，但是相对于MCODE来说，Cytohubba提供了更多的算法来对基因的重要性或者说核心程度进行排序。使用Cytohubba的话，首先也是在Apps当中找到Cytohubba，点击以后会在控制面板中出现Cytohubba的子面板，然后按照我们下面的步骤操作，逐步点击即可：
这里可以跟大家罗列一下Cytohubba所提供的核心基因筛选算法有哪些。算法虽多，但是这些算法的具体方法不需要我们大家掌握，只需要知道怎么用怎么选择就行了。