一、字符串蛋白质相互作用数据库STRING
二、生物网格数据库BIOGRID
BioGRID(BiologicalGeneralRepositoryforInteractionDatasets)是一个与STRING相比更加注重数据质量的数据库。BioGRID严格基于实验数据,收录了不同实验方法得到的蛋白质-蛋白质、蛋白质-基因和基因-基因相互作用。在BioGRID中,用户可以通过物种、实验方法、文献等多种维度检索相互作用数据,并下载详细的分析结果。这种高质量的数据使BioGRID成为实验生物学家和生物信息学家的重要资源。
三、分子互作数据库INTACT
四、分子互动网络MINT
五、人蛋白质互作数据库HIPPIE
HIPPIE(HumanIntegratedProtein-ProteinInteractionrEference)专注于人类蛋白质相互作用网络。HIPPIE集成了多源数据,以期最大限度地提供全面和可信的人类蛋白质互作信息。采用统一的评分系统对每个互作进行评价,用户可以通过交互式界面方便地浏览和分析数据。HIPPIE的数据不仅限于物理互作,也包含了基因共表达、功能关联等多种关系,这些信息对研究人类疾病和开发新药具有重要意义。
六、蛋白质互作数据库DIP
七、PDB数据库与蛋白质互作
PDB(ProteinDataBank)虽然主要是一个三维结构数据库,但它提供的信息对蛋白质互作研究非常重要。PDB中收录了通过X射线晶体学、核磁共振(NMR)和电子显微镜(Cryo-EM)等方法解析的蛋白质结构,这些结构信息可以用于预测和验证蛋白质相互作用。通过PDB中的界面,用户可以查找特定互作蛋白质的结构信息,并使用生物信息学工具模拟和分析它们的动态相互作用。
八、PathwayCommons数据库
九、联合数据库研究的意义
十、数据库使用中的挑战与解决策略
十一、数据库未来发展趋势与前景
蛋白质互作数据库是什么?
蛋白质互作数据库是用来存储和整理蛋白质相互作用信息的数据库。这些数据库可以帮助研究人员查找、分析和预测蛋白质之间的相互作用,为生物学研究和药物研发提供重要的信息。
有哪些著名的蛋白质互作数据库?
STRING:STRING数据库包含了大量的蛋白质相互作用数据,同时还整合了基因组学、蛋白质序列、基因表达等信息,是研究蛋白质相互作用和功能的重要工具。
BioGRID:BioGRID是一个生物信息数据库,提供了人类、酵母、啮齿动物等多种生物的蛋白质相互作用信息,广泛应用于基因组学和蛋白质学研究领域。
IntAct:IntAct数据库包含了来自不同物种的蛋白质相互作用数据,同时还提供了相互作用预测和网络分析等功能,被广泛用于细胞生物学和系统生物学研究。
MINT:MINT数据库聚焦于蛋白质复合物的信息,提供了蛋白质复合物的组成、结构和功能等详细信息,对研究蛋白质相互作用和信号通路具有重要意义。
这些蛋白质互作数据库有哪些特点?
这些蛋白质互作数据库不仅包含了大量蛋白质相互作用数据,还提供了丰富的功能和工具,例如蛋白质相互作用预测、网络分析、通路富集等,能够帮助研究人员从不同角度深入分析蛋白质相互作用的信息,为生命科学研究提供了重要的支持。
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