多方法多版本的微生物网络图绘制课程生信课堂

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微生物多样性测序结果拿到手，分析样本中微生物分类信息之后，还可以利用OTU丰度矩阵探究微生物之间的相互作用，并构建OTU互作网络，再借助绘图软件绘制网络图，直观呈现分析结果。

SparCC

#ComputecorrelationspythonSparCC.pyarctic_soils_filtered.txt-i10--cor_file=arctic_soils_sparcc.txt>sparcc.log#ComputebootstrapspythonMakeBootstraps.pyarctic_soils_filtered.txt-n100-oResamplings/bootforiin{0..99};dopythonSparCC.pyResamplings/boot_$i.txt-i10--cor_file=Bootstraps/sim_cor_$i.txt>>sparcc.log;done#Computep-valuespythonPseudoPvals.pyarctic_soils_sparcc.txtBootstraps/sim_cor10-opvals_two_sided.txt-t'two_sided'>>sparcc.log

借助CoNet可视化操作界面如下：

文字版不过瘾？视频版来帮你！

组学大讲堂将上述内容更新到了升级版视频《微生物OTU网络绘制（Cytoscape)》中（限时1元，详见文末）。全新课程涉及利用MENA、CoNet以及SparCC等方法进行OTU互作网络分析等内容，同时还包括OTU和样品二分网络图绘制，可谓干货满满！课程通过案例数据手把手教你学习如何进行分析，例如：

THE END

干货如何使用cytoscape玩转网络图？（三）

多方法多版本的微生物网络图绘制课程生信课堂

CytoScape下载CytoScape(生物信息分析工具)下载v2021绿色版

如何利用cytoscape画互作网络图？

前端如何在Vue3中使用Cytoscape创建交互式网络图个人文章

利用cytoscape做网络图qinqinyang

全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会

1.Cytoscape软件使用教程蛋白互作网络图构建在生信分析里,各种物质相互作用网络(interaction network)的研究也很丰富,数据比较复杂。Cytoscape软件就是构建网络的神器,学习好这个软件,做出再漂亮的调控网络图都是有可能的。 在生物信息学分析里,各种symbol的相互作用网络(interaction network)的研究非常丰富,数据相对复杂。Cytoscape就是一个专用于互作网络数据可视化的...https://www.biowolf.cn/Video/6.html
2.Cytoscape软件使用Cytoscape画PPI网络图 打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件 File ---> Import ---> Network from File 会弹出下图对话框,在对话框中设置如下: Android平台APK分析工具包androguard的部署使用和原理分析 原创文章,转载请注明出处,谢谢. Android应用程序分析主要有静态分析和动态分析两种,常见的...https://www.shuzhiduo.com/topic/cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6/
3.Cytoscape3.2.1Cytoscape3.2.1 评分: 专门用于做网络药理学使用的软件,是一个网络图构建软件,可以构建靶点分子关系,靶点与通路关系图 网络药理学 2018-11-23 上传 大小:115.00MB 所需: 50积分/C币 立即下载 cytoscape.js 制作网络图谱使用的第三方库cytoscape.js,包括cytoscape的语法及小案例。 立即下载 上传者: smile...https://www.iteye.com/resource/weixin_43781242-10803625/
4.5网络图绘制软件cytoscape使用介绍美吉生物讲义.pdf网络图绘制软件cytoscape使用 微生物事业部 meta@majorbio. 本节课准备工作: 网络图绘制软件cytoscape使用 1、确保自己的电脑上已经安装了cytoscape软件,并且可以打开; 2、登陆isanger账号、运行云平台上的物种相关性网络 ,以备文件 ; 3、确保已 用于绘图的表格文件; 网络图绘制软件cytoscape使用 1 cytoscape软件背 2 ...https://max.book118.com/html/2021/0311/8022023055003057.shtm
5.Cytoscape整合GO/KEGG富集结果和基因表达数据,用环图热图柱状图在网...Cytoscape整合GO/KEGG富集结果和基因表达数据,用环图、热图、柱状图在网络图中展示基因表达情况,热图,网络图,kegg,饱和度https://dy.163.com/article/H5FOKLPF0532ROLT.html
1....R包ActivePathways的使用方法及Cytoscape绘制网络图的实用教程...之前我们介绍了一项整合多维组学通路分析的工作ActivePathways,能够在多个数据集中识别到显著富集的通路,包括那些在单个数据集中不明显的通路。今天来介绍一下这个R包的使用方法和使用输出文件进行Cytoscape绘制网络图。 下面这个图就是ActivePathways工作中对乳腺癌样本分析的绘图,下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点...https://cloud.tencent.com/developer/article/1965895
2.cytoscape使用教程cytoscape资源网络图cytoscape.js 浏览:40 制作网络图谱使用的第三方库cytoscape.js。Web开发,运用cytoscape.js绘制图像,读取json文件 Cytoscape3.2.1 浏览:15 专门用于做网络药理学使用的软件,是一个网络图构建软件,可以构建靶点分子关系,靶点与通路关系图 cytoscape.js https://download.csdn.net/download/u013348451/8320511
3.代谢网络图四部曲(四)在系列花式拖更中,我们的Cytoscape教程悄然迎来了终章,本期我们采用视频演示的方式来直观的讲解绘图知识,希望能让大家迅速掌握相关操作,绘制美图。此外,最后一期,我们决定选出部分评论赠送小礼物,以此鼓励大家多多分享,多多尝试。教程收尾之际,请允许我送上最诚挚的祝福,希望各位老师同学实验分析文章皆顺利,分析验证顺畅如...https://www.antpedia.com/news/wx_article/385617.html
4.Cytoscape:MCODE增强包的网络模块化分析腾讯云开发者社区之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法,那么在我们得到network图之后,还可以进行深一步分析,今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。 首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE,在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。 https://cloud.tencent.cn/developer/article/1376391?from=15425
5.STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)–王进的...可能大家大多数看的文献中都是上图呈现效果,其实只要自己熟悉Cytoscape,完全可以将LogFC,甚至P值信息添加进图中。详见进哥B站视频教程。 9.寻找核心基因+子网络 一般做完差异基因,或者使用其他方法找到想要的biomarker时,想要知道这些基因的调控网络,或者哪些基因在调控网络中处于核心位置,比较常见的方法就是WGCNA或者M...https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%E7%BD%91%E7%AB%99cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%88%B6%E4%BD%9C%E7%B2%BE%E7%BE%8E%E8%9B%8B%E7%99%BD%E4%BA%92%E4%BD%9C%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%9B%BEppi/
6.Cytoscape基础教程笔记2. 文本编辑器打开mrna文件,可以看到第一行是数据标签。对应于相互作用网络图,第一栏为节点名称,必须和sif文件里的节点名一模一样哟;第二栏是基因 座名,Cytoscape里目前不显示;后面各栏是表达信息。各栏之间用whitespace隔开。这个mrna应该就是芯片直接导出的数据的格式吧? https://www.jianshu.com/p/4481a26ad4f1
7.学习生信的系列教程51CTO博客Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程) 轻松绘制各种Venn图 ETE构建、绘制进化树 psRobot:植物小RNA分析系统 生信软件系列 - NCBI使用 去东方,最好用的在线GO富集分析工具 Cytoscape网络图 Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 分子对接 ...https://blog.51cto.com/u_16077014/6773586
8.Cytoscape的使用方法(带图片解析)最近在做网络构建的课题,用到了cytoscape软件,所以把软件的用法总结了一下。cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室,加州大学旧金山分校的BruceConklin实...https://m.wang1314.com/doc/webapp/topic/20963015.html
9.问下cytoscape做的网络图上面有曲线怎么去掉椰子叶子子 神经病学医学生 好像因为你这个是双向interaction，所以有曲线 2022-01-19来自iOSIP北京北京 ...https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/45631738