利用cytoscape做网络图qinqinyang

909 408

gene1ppgene2gene3gene4gene5gene6gene7gene8gene9

node.txt网络属性文件

geneexpgene10.2gene20.3gene30.7gene40.3gene50.9gene60.7gene70.3gene80.1gene90.5

2.将两个文件分别导入cytoscape

File-->Import-->Network-->file-->Importdata.sif

File-->Import-->Table-->file-->Importnode.txt

3.添加属性

将properties--Size--修改如下图将每个基因的圆圈的大小用每个基因的表达exp(cloumn2)表示

4.保存导出即可。

选择File-->Export-->CurrentNetworkViewasgraphics-->Format选jpeg确定-->OK

THE END

干货如何使用cytoscape玩转网络图？（三）

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4.5网络图绘制软件cytoscape使用介绍美吉生物讲义.pdf网络图绘制软件cytoscape使用 微生物事业部 meta@majorbio. 本节课准备工作: 网络图绘制软件cytoscape使用 1、确保自己的电脑上已经安装了cytoscape软件,并且可以打开; 2、登陆isanger账号、运行云平台上的物种相关性网络 ,以备文件 ; 3、确保已 用于绘图的表格文件; 网络图绘制软件cytoscape使用 1 cytoscape软件背 2 ...https://max.book118.com/html/2021/0311/8022023055003057.shtm
5.Cytoscape整合GO/KEGG富集结果和基因表达数据,用环图热图柱状图在网...Cytoscape整合GO/KEGG富集结果和基因表达数据,用环图、热图、柱状图在网络图中展示基因表达情况,热图,网络图,kegg,饱和度https://dy.163.com/article/H5FOKLPF0532ROLT.html
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3.代谢网络图四部曲(四)在系列花式拖更中,我们的Cytoscape教程悄然迎来了终章,本期我们采用视频演示的方式来直观的讲解绘图知识,希望能让大家迅速掌握相关操作,绘制美图。此外,最后一期,我们决定选出部分评论赠送小礼物,以此鼓励大家多多分享,多多尝试。教程收尾之际,请允许我送上最诚挚的祝福,希望各位老师同学实验分析文章皆顺利,分析验证顺畅如...https://www.antpedia.com/news/wx_article/385617.html
4.Cytoscape:MCODE增强包的网络模块化分析腾讯云开发者社区之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法,那么在我们得到network图之后,还可以进行深一步分析,今天给大家带来基于Cytoscape软件下MCODE增强包的模块化分析。 首先我们需要下载Cytoscape的增强包MCODE,在Cytoscape官网或者软件的APP里都能找到。 https://cloud.tencent.cn/developer/article/1376391?from=15425
5.STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)–王进的...可能大家大多数看的文献中都是上图呈现效果,其实只要自己熟悉Cytoscape,完全可以将LogFC,甚至P值信息添加进图中。详见进哥B站视频教程。 9.寻找核心基因+子网络 一般做完差异基因,或者使用其他方法找到想要的biomarker时,想要知道这些基因的调控网络,或者哪些基因在调控网络中处于核心位置,比较常见的方法就是WGCNA或者M...https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%E7%BD%91%E7%AB%99cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%88%B6%E4%BD%9C%E7%B2%BE%E7%BE%8E%E8%9B%8B%E7%99%BD%E4%BA%92%E4%BD%9C%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%9B%BEppi/
6.Cytoscape基础教程笔记2. 文本编辑器打开mrna文件,可以看到第一行是数据标签。对应于相互作用网络图,第一栏为节点名称,必须和sif文件里的节点名一模一样哟;第二栏是基因 座名,Cytoscape里目前不显示;后面各栏是表达信息。各栏之间用whitespace隔开。这个mrna应该就是芯片直接导出的数据的格式吧? https://www.jianshu.com/p/4481a26ad4f1
7.学习生信的系列教程51CTO博客Rfam 12.0+本地使用 (最新版教程) 轻松绘制各种Venn图 ETE构建、绘制进化树 psRobot:植物小RNA分析系统 生信软件系列 - NCBI使用 去东方,最好用的在线GO富集分析工具 Cytoscape网络图 Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 分子对接 ...https://blog.51cto.com/u_16077014/6773586
8.Cytoscape的使用方法(带图片解析)最近在做网络构建的课题,用到了cytoscape软件,所以把软件的用法总结了一下。cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室,加州大学旧金山分校的BruceConklin实...https://m.wang1314.com/doc/webapp/topic/20963015.html
9.问下cytoscape做的网络图上面有曲线怎么去掉椰子叶子子 神经病学医学生 好像因为你这个是双向interaction，所以有曲线 2022-01-19来自iOSIP北京北京 ...https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/45631738