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2020.10.09
全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会
徐锐（助理研究员），广东省生态环境技术研究所，土壤微生物与宏基因组方向
版本1.0.1，更新日期：2020年6月23日
本教程使用方法
将251NetworkXuRui.zip解压至自己喜欢的目录即可（脚本部分修改成对应的工作目录）。本文件夹包含的子文件夹路径、名字不建议修改，脚本容易报错。
部分脚本可取消#注释，供有需求时使用
默认脚本与案例介绍均采用“微生物OTU丰度-环境理化Ev”的网络关系，可自行调整为“OTU-OTU”模式
节点（node/）：基因、物种OTU、环境因子等对象。若为有向网络，则可细分为源节点（Source）和目标节点（Target）。无向网络则不区分。
布局（layout）：节点及边的分布形式，如常见的球形、圆环形、放射形等。
拓扑特性（topologicalproperty）：描述网络特征的数学参数，如连接度、中心性、模块数等
网络示意图
幼儿园小朋友们给自己最喜爱的食物打分：
简单观察得分表后可以发现，小明与叮当都比较爱吃肉，而美美则是素食爱好者。那么小明和叮当成为好朋友的可能性可能要比美美更高，用网络图表示就是：
上述简例为抛砖引玉，实际的数据分析过程远比简例复杂。继续以最常见的微生物菌群丰度（OTU）与环境理化因子（Ev）的网络分析为例进一步说明：
环境理化因子数据（data/data_Ev.txt）：行为理化指标，列为各样品
微生物菌群OTU的丰度数据（data/data_OTU.txt）：行为OTU丰度，列为各样品
Ev和OTU的补充注释信息，需手动整理，推荐合成一个表（data/taxonomy.txt）：
注意！
Ev表和OTU表的样品要对应关系要一致
尽量避免行、列名使用非法字符，如#、！、数字开头、空格等，并预先剔除全为0的行/列，常常因为格式不对而报错！
准备工作，安装R包，读取输入文件
数据预处理
设定分析阈值
结果不理想时可反复修改这些阈值
开始计算，不用修改
全选脚本后一键Enter~等待自动生成结果吧！超级爽
查验结果
在result文件夹中查验生成的表格结果，主要使用1.边数据.csv和2.节点数据.csv两个。
1.边数据：
2.节点数据：
说明：Id表示边数据中的Source、Target节点，后续几列为节点的注释信息，如分类水平、性别（如有）、采样点等。最后一列Label用于指定画图时节点显示的标签字符，可手动删除不想显示的内容。
疑问？：为什么需要生成节点数据？因为如果直接使用最开始的taxonomy.txt注释文件（总表）画图，会存留许多非网络节点的节点（冗余）。因此需要根据边数据中保留下的节点（符合r/p网络阈值的），从taxonomy总表中挑选出来制作画图用的节点数据（子表）。
数据在手，天下我有！只要有脚本生成的、或不怕麻烦自己excel手动整理的1.边数据.csv和2.节点数据.csv就可以进行网络图的可视化啦~推荐使用Cytoscape或者Gephi两个软件。以Cytoscape为例：
Cytoscape安装及下载
下载最新版本的Cytoscape和对应的Java环境版本
导入数据
边数据：【File】【Import】【Networkfromfile】【1.边数据.csv】
节点数据：【File】【Import】【Tablefromfile】【2.节点数据.csv】
美化
Cytoscape中可以修改几乎所有能够想到的网络图属性，节点、连线的颜色、粗细、透明度当然不在话下，还可以修改多种布局、标签显示方式，甚至还能计算网络的拓扑参数。由于这部分不是本文重点，不再赘述，具体可参见其他指导手册~
学术论文案例
责编：刘永鑫，中科院遗传发育所
版本1.0.0，网络基本讲解和网络文件准备版本1.0.1，改写为Rmd版本，建议作者增加实战讲解和点评、绘图实战的典型操作和经验。