Cytoscape教程（一）

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Cytoscapeisanopensourcesoftwareplatformforvisualizingmolecularinteractionnetworksandbiologicalpathwaysandintegratingthesenetworkswithannotations,geneexpressionprofilesandotherstatedata.AlthoughCytoscapewasoriginallydesignedforbiologicalresearch,nowitisageneralplatformforcomplexnetworkanalysisandvisualization.Cytoscapecoredistributionprovidesabasicsetoffeaturesfordataintegration,analysis,andvisualization.AdditionalfeaturesareavailableasApps(formerlycalledPlugins).Appsareavailablefornetworkandmolecularprofilinganalyses,newlayouts,additionalfileformatsupport,scripting,andconnectionwithdatabases.TheymaybedevelopedbyanyoneusingtheCytoscapeopenAPIbasedonJava鈩technologyandAppcommunitydevelopmentisencouraged.MostoftheAppsarefreelyavailablefromCytoscapeAppStore.

InstallJavaifyoudonothaveone.

Downloadcytoscape.

Appinstallation

Cytoscapemenubar→Apps→Appmanager→Browseandinstallapps.

Atoydata(savedintoy.txt)

Thetoynetwork

Thevideotutorialtoshowhowtousecytoscapetotransferthetextintoanetwork.

Filesneeded

RUAL.subset.sif:Protein-proteininteractiondata

RUAL.subset.na:ThemapfilebetweenGeneIDandproteinname

Thevideotutorial

galFiltered.sif:Protein-proteinandprotein-DNAinteractiondata

galExpData.mrna:Geneexpressionprofileinvariousconditions

Effectpicture

Time-seriesexpressionprofilewithinKEGGpathway

KEGGpathwayxmlfile,likeko00900.xml

Expressiondataforgenesinvolvedinko00900pathway

Pluginsneeded

KEGGscape:usedtoparseXMLfilesofKEGGpathway

enhancedGraphics:usedtodobarPlotandlinePlot

Import-Network-File-Seletatwo-columnfile,thenanetworkisconstructed.

Tools-NetworkAnalyzer-NetworkAnalysis-Analyzenetwork,theattributeofthenetworkisanalyzed.Theanalyzingresultcanbeusedtosetthevisualizationstylesofnodesandedges.

AttributeCircleLayoutismyfavoritealgorithmtoshownetworksespeciallywhenyouselectsomenodes.ThisalgorithmcanputnodeswithsamevaluestogetherwhenyouareperformingAttributeCircleLayoutbytherelatedattributes.

Forexample,Ihavetwoclassesofgenes,oneisupregulated,theotherisdownregulated.Thisinformationissavedinatwocolumnsfilewiththefirstcolumncontaininggenenamesandthesecondcolumnnamedexprcontaining0(down-regulated)and1(up-regulated).ThisfilecanbeimportedintoCytoscapebyFile-Import-Table.FollowingonecanselectallthesegenesandperformAttributeCircleLayoutbyexpr.

Select-Nodes-FromIDlistfile(workinginCytoscape3.1.1)

Contructaat-leasttwocolumnsfiletorepresentnodesandtheirattributes.Makesuretheattributecolumnshaveuniquenamestofacilitateselection.

ImportthisattributefileasNodeTableColumnthroughFIle-Import-Table.

THE END

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Cytoscape教程（一）

1.Cytoscape教程教程教程.pptCytoscape 教程教程教程.ppt,* 增加了新的节点,其中可以发现更多和rac1直接相互作用的分子(红色圈框所示) * 利用Plugin菜单中的整合网络(Merge networks)命令把两个检索到的网络进行合并,选中两个对应的网络文件,点击OK即可合并。 * 合并后在新形成的网络文件中,可https://max.book118.com/html/2022/0703/7000000010004140.shtm
2.Cytoscape中文教程(1)这个手册真的有点长,是我早期翻译的,如果你完全不懂Cytoscape,那么你读这些,应该会做出非常漂亮的各种基于cytoscape及插件的图,因为这个教程真的很白。 cytoscape有很多非常优秀的app,关于cytoscape本身的使用方法完成后,我会稍后发布几个app的使用。当然,关键还是知道用哪个插件,为什么用,结果怎么解读,其生物学意义是什...https://www.jianshu.com/p/c0730a5285d1
3.Cytoscape软件使用教程蛋白互作网络图构建在生信分析里,各种物质相互作用网络(interaction network)的研究也很丰富,数据比较复杂。Cytoscape软件就是构建网络的神器,学习好这个软件,做出再漂亮的调控网络图都是有可能的。 在生物信息学分析里,各种symbol的相互作用网络(interaction network)的研究非常丰富,数据相对复杂。Cytoscape就是一个专用于互作网络数据可视化的...https://www.biowolf.cn/Video/6.html
4.安装个cytoscape可太难了[泪][泪]先是cyto...来自忆蕤L安装个cytoscape可太难了先是cytoscape官网下载不了找教程说要先下载java且版本8适用下载完之后开始安装cytscape无论如何安装不了表示没有java环境把下载的java打开来给它还是说找不到找教程表示要修改系统变量改了系统变量还是不行到此已经重复多次安装包重新下载以及电脑重启于是继续找教程.看出错发现原来java版本11或...https://weibo.com/5648028996/Ji9J6wrQS
5.Cytoscape:EnrichmentMap学习资料Omics利用上面的数据,可以根据教程:https://enrichmentmap.readthedocs.io/en/latest/来进行学习。 enrichmentmap学习手册下载 参考资料: 1.http://baderlab.org/GeneSets 2.https://baderlab.github.io/Cytoscape_workflows/EnrichmentMapPipeline/index.html 阅读: 777 ...https://evvail.com/2021/10/29/2555.html
6.Cytoscape软件Cytoscape基础教程笔记 昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级 的.基础教程又分成了四课:Getting Started.Filters & Editor.Fetching External Data和Expression Analysis.为防忘记,做个摘记. 第一课 新手上路 地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started Cytoscape可以本地安装,...https://www.shuzhiduo.com/topic/cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6/
1.Cytoscape使用教程cytoscapecsdnCytoscape之操作界面介绍 http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484184&idx=1&sn=2384ba8a6a6ea3ed7dac1b42217c710a&scene=21#wechat_redirect 酷炫的网略图怎么绘制 - Cytoscape教程(一) http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484067&idx=1&sn=...https://blog.csdn.net/mystrugglelife/article/details/79394775
2.Cytoscape基础教程笔记PublicLibraryofBioinformatics昨天开始学用Cytoscape,其tutorial分为两个部分,基础的和高级 的。基础教程又分成了四课:Getting Started、Filters & Editor、Fetching External Data和Expression Analysis。为防忘记,做个摘记。 第一课 新手上路 地址:http://wiki.cytoscape.org/Presentations/01_Get_Started ...https://www.plob.org/article/6289.html
3.Cytoscape中文教程(1)阅读清单腾讯云开发者社区写在前面,这个教程真的有点长,是我早期翻译的,如果你完全不懂Cytoscape,那么你读这些,应该会做出非常漂亮的各种基于cytoscape及插件的图,因为这个教程真的很白。原文地址 直接从第三部分开始 3 命令行参数 Cytoscape可以识别很多可选的命令行参数,包括network,节点,边和会话文件等数据文件运行规范,这些文件是可以输出...https://cloud.tencent.com/developer/inventory/9725/article/1332515
4.cytoscape安装教程java免费下载,但现在需要注册账户后下载 安装步骤: 1、先安装 JAVA 11 按照默认路径安装,必须为英文路径 2、后安装 cytoscape 3.8.0 默认路径安装 3、桌面cytoscape快捷途径直接启动。 这个版本的cytoscape按部就班安装就可以,并不需要改路径什么的https://www.douban.com/group/topic/175732344/
5.Cytoscape软件(附使用教程)官方中文版v3.8.0最需网Cytoscape软件 (附使用教程)官方中文版v3.8.02024-06-19发布者:zhangliang大小: 下载:0文件大小:软件介绍 Cytoscape是一款开源网络软件,可以帮助用户对网络进行构建,通过集成,分析和可视化数据来达到分析网络的目的,软件自带编辑器模块,可以直接在软件中进行网络设置。 软件介绍 Cytoscape是一个开源网络软件,可以帮助用户...https://www.zuixu.com/down/604501.html
6.学习生信的系列教程51CTO博客Cytoscape网络图 Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 分子对接 来一场蛋白和小分子的风花雪月 不是原配也可以-对接非原生配体 简单可视化-送你一双发现美的眼睛 你需要知道的那些前奏 生信宝典之傻瓜式 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 ...https://blog.51cto.com/u_16077014/6773586
7.cytoscape.js官网Cytoscape.js includes all the gestures you would expect out-of-the-box, including pinch-to-zoom, box selection, panning, et cetera.Cytoscape.js also has graph analysis in mind: The library contains many useful functions in graph theory. You can use Cytoscape.js headlessly on Node.js to do...https://js.cytoscape.org/
8.STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)–王进的...对于Cytoscape V3.7用户可以很方便进行美化:依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。 会出现一个弹窗,如图进行参数调整: 本教程使用的Cytoscape V3.9,可能大多数人使用的高版本,Tools下面只有Network Analysis,没有方便大家的Generate style from statistics。Oh NO!!! 没有...https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%E7%BD%91%E7%AB%99cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%88%B6%E4%BD%9C%E7%B2%BE%E7%BE%8E%E8%9B%8B%E7%99%BD%E4%BA%92%E4%BD%9C%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%9B%BEppi/
9.软件安装教程EViews 13.0安装教程 Windows EViews是一款世界性的计量经济学工具,用户可借用这款计量经济学工具EViews做一些数据处理,也或是用来作图、建模分析、编程等。 安装步骤 阅读更多 Cytoscape3.7.1安装教程 Windows Cytoscape是一款体积小巧、专业实用的生物信息分析工具,能够帮助用户轻松整合模块化网络和生物科学联系网络...https://blog.ruancang.net/