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2023.03.27广东
1.网络数据文件
2.属性文件
注：属性文件内填写的越详细，后续作图时才可以根据前面的分类将不同的信息区分开来。
1.下载与安装Cytoscape与JAVA
JAVA安装完成后，需要对环境变量进行配置操作。在开始菜单中输入“环境”，打开编辑系统环境变量。
变量名填JAVA_HOME，
变量值填JDK11的安装目录
如【C:\ProgramFiles\Java\jdk-11\】
选中Path路径，点击编辑。将%JAVA_HOME%\bin;这个变量插入最前面，注意要有分号和后面的变量间隔开。
校验JAVA是否安装成功。开始菜单中输入cmd，打开后输入“java–version”看弹出来的版本是否有11，如有说明Java11安装成功.
2.网络文件导入
选择上述文件中符合格式要求的网络文件。打开文件，按下面要求进行选择。Node2设置为源节点。
Node1设置为目标节点，PCC，|PCC|设置为边属性。
3.属性文件导入
4.布局调整
还可以选择菜单栏中的Layout改变整体布局。
AttributeCircleLayout模式，所有的节点都在环上，适用于节点比较少的时候。换上点的顺序可以根据某一列来调整。
GroupAttributesLayout模式，按照属性分组，每个分组的点成为一个独立的环。比如说，在区分上下调基因、转录因子或结构基因时，按照这个分类可以看不同类基因的调控关系。
PrefuseForceDirectedLayout模式，可以根据边的属性调整点和点之间的距离。
5.图片美化
根据Style的参数调整节点和边的属性：
参数区介绍：
修改节点的形状，将节点的形状修改为椭圆形。
修改节点的大小。
对不同类型节点赋予不同的颜色。根据type的分类，将代谢物标记为红色，将结构基因标记为灰色，将转录因子标记为绿色。
设置节点边框颜色和宽度。
用代谢物的圈圈边框的粗细来表示代谢物的差异倍数。
调整节点内部展示数字的大小。
文件导出
参考文献：
[1]SunJ,QiuC,DingY,etal.Fulvicacidamelioratesdroughtstress-induceddamageinteaplantsbyregulatingtheascorbatemetabolismandflavonoidsbiosynthesis[J].BMCGenomics,2020,21(1).