说起互作网络图，大家都不陌生。看文献的时候，经常看见相互作用网络图展示了circRNA-miRNA的靶向关系或者ceRNA竞争性网络关系。我们先来看几个图：
CircRNA-miRNAnetworkmapstheinteractionrelationshipbetweencircRNAsandmiRNAs[1]
miRNA-ceRNAnetwork.UpregulatedcircRNAs/miRNAsceRNAnetwork.[2]
步骤如下：
第一，安装cytoscape软件。软件安装比较简单，这里就不展开赘述了。
第二，把要画图的数据进行整理。假设，我在吉赛生物做了circRNA测序，筛选到了一些表达差异的circRNA分子，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA，挑选出来做网络图。
我们会拿到2个表格，circRNA-miRNA线属性（netedges）和点(nodes)属性的表：
netedges表格示例图
nodes表格示例图
第三，先把靶向关系netedges表格导入cytoscape：
再把设为miRNA源（sourse）节点，circRNA设为靶(target)节点：
然后点击OK，导入数据，生成初步的网络图：
接下来，大家就可以对它进行美化了。一般是通过设置点的不同颜色和形状、大小等来标注circRNA的表达情况，和与哪些miRNA结合。
第四，先把nodes表格作为Table导入，把各个点的属性导入：
然后，在Style选项卡设置想要的风格，如把表达上调的circRNA标为红色，表达下调的标为绿色，miRNA是预测的，用蓝色标识；则在FillColor按照attribute进行调整。或者是可以点选某个点进行调整。
经过一番上色、整形，网络图就变成了这样：
这样的图看起来也还可以，但是如果想要把图形风格进行调整，弄得跟开篇的图一样的，可以通过Layout选项卡进行改变。
最后得到一个漂亮的circRNA-miRNA网络图：
另外，Cytoscape软件还有一些小插件，可以构建更庞大更明确的网络图，这个软件远远不止本文中介绍的功能。学海无涯，生信无边，期待与您一起探索。
参考文献:
[1]XingjieBao,ShuyingZheng,ShuqiMao,TianlunGu,ShikeLiu,JihanSun,LinaZhang.Apotentialriskfactorofessentialhypertensionincase-controlstudy_CircularRNAhsa_circ_0037911.BiochemicalandBiophysicalResearchCommunications,March2018;DOI：10.1016/j.bbrc.2018.03.059.
[2]CHUNFENG,YUXIAOLI,YANLIN,XIANBAOCAO,DONGDONGLI,HONGLEIZHANGandXIAOGUANGHE.CircRNA-associatedceRNAnetworkrevealsErbBandHipposignalingpathwaysinhypopharyngealcancer.INTERNATIONALJOURNALOFMOlecularmedicine43:127-142,2019;DOI:10.3892/ijmm.2018.3942.