中药网络药理学生物信息学分析新闻中心

578 571

基于cytoscape插件ClueGO+CluePedia[6]对靶蛋白进行GO功能[7]分析，设置选GObiologicalProcess，显著性阈值设为P.adjust≤0.05。并用cytoscape做靶蛋白功能网络图。气泡图进行可视化。

6.成分靶蛋白互作分析

7.网络药理学网络构建

基于成分-靶蛋白-通路利用cytoscape构建药理学网络。展示**中重要成分

8.靶蛋白GEO数据集验证

将样本分为两组，疾病组和健康组，对OA（疾病）vsCtrl（健康）样本的表达,利用limma包[10]（Version3.26.9）计算表达差异性p值和表达FoldChange值。

9.关键靶蛋白-成分分子对接预测

离解/抑制常数值），即预测的结合亲和力，得分区间（1~10）得分越高表示，

绘制蛋白质-配体相互作用示意图。**重要成分化学式从Drugbank数据库下载。

1.中药制剂成分组成及成分筛选

表1**中重要化学成分

MolIDMoleculeNameOBDL

***********************42.980.76

***********************41.750.4

********************44.230.82

********************40.120.75

********************43.090.78

MOL000422*kaempherol41.880.24

2.成分靶蛋白预测筛选

3.****靶蛋白交叉验证

4.****靶蛋白GO功能分析、通路分析

5．靶蛋白相互作用分析

6.网络药理学网络构建

7.分子对接

参考文献

[1]JinlongRu;PengLi;JinanWang;WeiZhou;BohuiLi;ChaoHuang;PidongLi;ZihuGuo;WeiyangTao;YinfengYang;XueXu;YanLi;YonghuaWang;LingYang.TCMSP:aofsystemspharmacologyfordrugdiscoveryfromherbalmedicines.JCheminformatics2014Apr16;6(1):13.

[2]Madden,J.C.(2010)InsilicoapproachesforpredictingADMEproperties.RecentadvancesinQSARstudies.Springer,pp.283304.

[3]Ertl,etal.(2000)Fastcalculationofmolecularpolarsurfaceareaasasumoffragmentbasedcontributionsanditsapplicationtothepredictionofdrugtransportproperties.J.Med.Chem.43,37143717.

[4]WishartDS,FeunangYD,GuoAC,LoEJ,MarcuA,GrantJR,SajedT,JohnsonD,LiC,SayeedaZ,AssempourN,IynkkaranI,LiuY,MaciejewskiA,GaleN,WilsonA,ChinL,CummingsR,LeD,PonA,KnoxC,WilsonM.DrugBank5.0:amajorupdatetotheDrugBankfor2018.NucleicAcidsRes.2017Nov8.doi:10.1093/nar/gkx1037.

[5]DavisAP,GrondinCJ,JohnsonRJ,SciakyD,McMDavisAP,GrondinCJ,JohnsonRJ,SciakyD,McMorranR,WiegersJ,WiegersTC,orranR,WiegersJ,WiegersTC,MattinglyCJTheComparativeToxicogenomics:update2019.NucleicAcidsRes.MattinglyCJTheComparativeToxicogenomics:update2019.NucleicAcidsRes.2018Sep24.2018Sep24.

[6]BindeaG*,MlecnikB*,HacklH,CharoentongP,TosoliniM,KirilovskyA,FridmanBindeaG*,MlecnikB*,HacklH,CharoentongP,TosoliniM,KirilovskyA,FridmanWH

PagesF,TrajanoskiZandGalonJ.ClueGO:aCytoscapepluglueGO:aCytoscapeplug--intodecipherfunctionallyintodecipherfunctionally

groupedgeneontologyannotationnetworks.Bioinformatics2009.25(8):1091

7]MAshburner,CABall,JABlake,DBotstein,HButler,JMCherry,APDavis,KDolinski,SSDwight,JTEppig,MAHarris,DPHill,LIsselTarver,AKasarskis,SLewis,JCMatese,JERichardson,MRingwald,GMRubin,GSherlock.Geneontology:toolforthe

unificationofbiologyTheGeneOntologyConsortium.NatGenet,25:2529,2000.

[8]daWHuang,BTSherman,QTan,JRCollins,WGAlvord,JRoayaei,RStephens,MWBaseler,HCLane,RALempicki.TheDAVIDGeneFunctionalClassificationTool:anovelbiologicalmodulecentricalgorithmtofunctionallyanalyzelargegenelists.GenomeBiol,

8:R183R183,2007.

[9]Szklarczyketal.NucleicAcidsRes.201543(issue):D4475210Smyth,G.K.,Limma:linearmodelsformicroarraydata,inBioinformaticsandcomputationalbiologysolutionsusingRandBioconductor.Springer,2005:p.397420.

[10]Smyth,G.K.,Limma:linearmodelsformicroarraydata,inBioinformaticsandcomputationalbiologysolutionsusingRandBioconductor.Springer,2005:p.397420.

[11]H.M.Berman,J.Westbrook,Z.Feng,G.Gilliland,T.N.Bhat,H.Weissig,I.N.Shindyalov,P.E.Bourne.Bourne.(2000)TheProteinDataBankNucleicAcidsResearch,28:235242.

[12]Hsin,K.Y.,Matsuoka,Y.,Asai,Y.,Kamiyoshi,K.,Watanabe,T.,Kawaoka,Y.andKitano,H.(2016)systemsDock:awebserverfornetworkpharmacologybasedpredictionandanalysis.NucleicAcidsResearch(DOI:10.1093/nar/gkw335)

[13]HsinK.Y.,Ghosh,S.,Kitano,H.(2013)Combiningmachinelearningsystemsandmultipledockingsimulationpackagestoimprovedockingpredictionreliabilityfornetworkpharmacology.PLOSONE(DOI:10.1371/journal.pone.0083922)

THE END

STRINGCytoscape网络互作图0820LL

如何对蛋白

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪建中汤治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制研究治疗药理药理学高敏性黄芪

干货如何使用cytoscape玩转网络图？（三）

如何利用cytoscape画互作网络图？

CytoScape下载CytoScape(生物信息分析工具)下载v2021绿色版

夏苍和胃颗粒剂治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学研究及分子对接验证NetworkPharmacologyStudyandMolecularDockingValidationofXiaCangHeWeiGranulesintheTreatmentofChronicAtrophicGastritis

特发性肺间质纤维化中长链非编码RNA及转录因子的生物信息学挖掘《中国呼吸与危重监护杂志》

基于网络药理学和分子对接技术探讨糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

中药网络药理学生物信息学分析新闻中心

共表达网络构建蛋白互作网络共表达功能分析生信数据库生信自学课堂生信自学网

基于生物信息学分析肝细胞癌的核心基因《中国普外基础与临床杂志》

1.生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别...微生信助力高分文章,用户230000+,谷歌学术4600+ …https://www.sohu.com/a/832361956_121408822
2.Cytoscape做基因和蛋白质互作网络图spiralife本文对 cytoscape 软件做基因和蛋白质互作共表达网络关系图的过程,进行了图解。效果图如下(Fig.1),数据是模拟的,如有雷同,纯属巧合。http://s13/mw690/0078OqW4zy7kX4VQRMUdc&690做基因和蛋白质互作网络图" TITLE="Cytoscape做基因和蛋白质互作网络图" /> ...https://blog.sina.com.cn/s/blog_18600b4880102ydkc.html
3.利用STRING数据库进行Cytoscape蛋白互作网络绘制步骤详解.pdf...利用STRING 数据库进行Cytoscape蛋白互作网络绘制步骤详解.pdf 关闭预览 想预览更多内容,点击免费在线预览全文 免费在线预览全文 利用STRING 数据库进行蛋白互作预测步骤详解 一、简介 STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Protein ) 数据库(/)是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互 作用...https://max.book118.com/html/2021/1201/6204200005004104.shtm
4.20231124PPI网络互作cytoscape一些使用在我们筛选到差异基因后,因为其数量过多难以下手,这个时候我们为了降维常常会进行蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)。 蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的...https://www.jianshu.com/p/450bb749c50f
5.老师,请问我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图,我上传了...文本编辑建议用notepad++专业的文本编辑软件，不要用记事本，避免不必要的错误；https://www.omicsclass.com/question/2420
6.Cytoscape3.7.2windows系统网络图cytoscape.js 制作网络图谱使用的第三方库cytoscape.js。Web开发,运用cytoscape.js绘制图像,读取json文件 上传者:pf1125时间:2018-08-15 Cytoscape_3_7_2_windows_64bit.exe 在写文章的过程中,我们经常需要对蛋白互作网络图进行调整和美化,如何根据自己的需求对蛋白互作网络图进行调整和美化呢? 为大家介绍一...https://www.iteye.com/resource/qq_42491125-13094117
1.cytoscape绘制互作网络图(一)cytoscape网络互作图目前很多人可能都在考虑如何绘制一个好看的互作网络图,绘制这样的图是一件很难事情,下面我会分几次来分别讲述,如何绘制: 一、基本互作图的绘制 首先,需要一个绘制互作网络的软件,cytoscape,该软件是用Java来写的,在安装之前需要先安装Java,在这里我不详细去介绍,怎么下载并安装这个软件。 https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/101676171
2.STRING网站+Cytoscape软件制作精美蛋白互作网络图(PPI)–王进的...用于导入Cytoscape。 6. 导入Cytoscape 第一步是导入数据:File-Import -Network from file,然后选择TSV格式的文件,默认参数OK。得到一个巨丑无比的网络图,看起来也比较复杂。 7. NetworkAnalyzer美化加工 对于Cytoscape V3.7用户可以很方便进行美化:依次点击Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style ...https://www.jingege.wang/2023/07/19/string%E7%BD%91%E7%AB%99cytoscape%E8%BD%AF%E4%BB%B6%E5%88%B6%E4%BD%9C%E7%B2%BE%E7%BE%8E%E8%9B%8B%E7%99%BD%E4%BA%92%E4%BD%9C%E7%BD%91%E7%BB%9C%E5%9B%BEppi/
3.“开源节流”之cytoscape,展示互作网络,一用无忧!当别人问起用哪一款软件可以使用互作数据作图时,我想很多人就会建议使用cytoscpae这款人性化and开源的互作网络数据可视化软件。无论你要做的是protein-protein network, miRNA-mRNA network,还是共表达网络图以及WGCNA网络图,cytoscape都能轻而易举的以你的想法展示数据。同时该软件不需要注册、不需要付费、下载简单,实在...https://www.antpedia.com/news/dist_article/82055.html
4....功能分析,KEGG富集通路,Cytoscape构建蛋白互作网络123321mn 肿瘤治疗学医学生 请问多套差异基因的热图是怎么做出来的？2022-03-18来自iOSIP陕西陕西 收藏...https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/37581797
5.干货分享Cytoscape软件对经STRING数据PPI网络图美化采用Cytoscape软件对经STRING数据库分析所得PPI网络图进行美化大致可分为两种情况:其一则是直接通过调整图片颜色、线条、整体布局(注意:整体布局调整亦可手动调节或直接自动调节,较为灵活)等的调整以达到美化的效果;其二则是进阶版,依据“Degree”值进行分类设置,以使图片更加精致美观的同时层次更加分明,下面我将以第二种...https://www.bio-review.com/string-cytoscape-ppi/
6.生物信息学入门富集分析与蛋白质互作用网络(PPI)的可视化Cysto...只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络。并且构建的蛋白互作网络还可以直接导出给Cytoscape使用,绘制美观、可发表的蛋白互作网络图。 更新快:每月更新一次,保证了数据的可靠性; 覆盖广:整合了GO、KEGG...https://www.pianshen.com/article/8051256462/
7.干货:这些软件你都不知道,还配做科研汪么?@MedSci蛋白质互作网络分析软件 Cytoscape 是一款开源可视化软件,可用于整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制,专为生物研究设计。 文献管理软件 文献管理一般用EndNote就够了,除了管理文献,写文章的时候插入文献也是相当的方便;还有一个文献分析软件RefViz 2.1,,与EndNote结合使用,分析文献,可以省掉大把自己看自己归纳的时间...https://m.medsci.cn/article/show_article.do?id=781c6130edb
8.新录制了一个Cytoscape整合富集分析和基因表达的网络图绘制只需在Metascape网页几步简单的操作,就可以对大批量的基因或蛋白质进行注释、富集分析以及构建蛋白质-蛋白质互作网络。并且构建的蛋白互作网络还可以直接导出给Cytoscape使用,绘制美观、可发表的蛋白互作网络图。 生信宝典 2019/10/14 1.9K0 network3D 交互式网络生成 r 语言 networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图...https://cloud.tencent.com/developer/article/1984566
9.指南Cytoscape之stringAPP蛋白互作分析详解企业动态覆盖蛋白互作网络分析一直以来是蛋白质组学数据分析的重要部分,现在常用的如String网络数据库,它能提供两千多个物种的互作信息,展示的网络系统较小。2019年在J Proteome Res. 杂志上介绍了Cytoscape 其中一款插件StringApp(Cytoscape StringApp: Network Analysis and Visualization of Proteomics Data),更适合用于展示大网...https://www.biomart.cn/news/16/2914352.htm
10.基于蛋白质互作网络挖掘自闭症谱系障碍的功能模块与核心基因结果显示, 整个网络包含 171 个节点和 1 041 条边, 其中每个节点代表基 因对应的蛋白质, 每条边代表两个蛋白质之间的 互作关系(图 2).根据 PPI 网络中每个节点的连通 度, 筛选得到 PPI 网络中核心蛋白质的编码基因 23 个, 分别为 NRXN1,GRIN2B,GRIN2A ,DLG4, NLGN3,MECP2,CNTNA P2,BDNF,NLGN4X,...http://smkx.hunnu.edu.cn/EN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=2294
11.基于网络药理学探讨经典名方半夏厚朴汤防治抑郁症的潜在机制2.4蛋白互作网络(PPI)的构建 将半夏厚朴汤靶点导入STRING 11.0数据库并利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI图(图4)。其中,ALB(Degree=69)、AKT1(Degree=67)、IL6(Degree=65)、VEGFA(Degree=59)、PTGS2(Degree=57)、CASP3(Degree=56)、JUN(Degree=55)、MMP9(Degree=53)、MYC(Degree=52)、CTNNB1(Degree=52)、...https://www.91xueshu.com/l-zyxlw/85952.html
12.光皮桦AP2/ERF基因家族鉴定与表达分析利用STRING数据库(https://string-db.org/)[33],对光皮桦AP2/ERF蛋白相互作用网络进行预测,以拟南芥为参照物种,选择最低互动分为0.4,其他参数默认,借助Cytoscape软件绘制蛋白互作网络图[34]。 1.6 基因表达模式分析 利用13个2年生光皮桦植株不同组织器官的转录组数据进行AP2/ERF基因组织表达特异性分析。13个不同...https://www.fx361.com/page/2022/1207/18132224.shtml