干货如何使用cytoscape玩转网络图？（三）

由于软件的更新，插件获取方法有了改变。今天小派再给大家来介绍插件的获取以及其它几个网络图的绘制，助大家都能够玩转cytoscape。

七、插件获取

cytoscape软件旧版（3_9_1）、新版（3_10_2）、java（jie）以及之前软文提到的MCODE、cytoHubba、iRegulon插件获取如下：

从App网站下载需要的插件后，通过cytoscape软件的Apps→AppStore→InstallAppsFormFile安装即可。

八、通路网络图

以下示例以转录组为参考，其它组学同理：

2、选择需要绘制的通路和基因，整理成网络文件和属性文件（网络文件为通路和基因的对应关系，网络图里也可以加上作用对的描述；属性文件为node节点的描述信息），步骤参考下图；

3、打开cytoscape，导入网络和属性文件，然后对网络进行调整；

4、在style和Layout里调整网络（节点性状大小按照通路和基因设置，改变字体大小等）后，可以导出图片。

备注：代谢物/蛋白-通路、基因-通路-代谢物、代谢-基因-通路+PPI等网络都可以如此绘制。

以下示例以转录和代谢为例：

十、RNA调控网络图

在生物体内除了作为遗传信息传递的mRNA外，还有多种不同类型的RNA（lncRNA、miRNA等）参与复杂的基因表达调控网络。为了更全面的获得不同处理下，生物体内的RNA表达情况，我们可以通过全转录组测序、mRNA+miRNA测序、lncRNA+miRNA测序等技术，同时获得样品里多种不同RNA的表达及差异情况。根据不同RNA之间的靶向关系，我们可以进一步构建差异RNA调控网络。

以下示例以lncRNA+miRNA测序为例：

1、在lncRNA测序结果中有lncRNA和miRNA互作分析（结果为：report→result→LncRNA→6_miRNA_LncRNA→mirna_target表），在miRNA测序结果中有miRNA的靶基因分析（结果为：report→result→miRNA→4_miRNA_target→miRNA_target.txt压缩包里的表）；

2、然后在两个表中可以通过vlookup将比较组的差异结果查找过来，然后将差异的作用对拿出来构建网络文件，以及可以将这些RNA的类别和上下调作为属性文件；

3、打开cytoscape，导入网络和属性文件，然后可以在style和Layout里对网络进行调整，完成后可以导出图片。

小派用了三期来介绍cytoscape，希望大家都能有所收获哈！！