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2018.01.15
最近在做网络构建的课题，用到了cytoscape软件，所以把软件的用法总结了一下。
cytoscape是由许多研究单位共同合作开发的一个开放源码的生物信息分析软件。研究单位包括加州大学圣地亚哥分校的TreyIdeker实验室，加州大学旧金山分校的BruceConklin实验室，Pasteur研究院的BennoSchwikowski实验室，Memorial_Sloan-Kettering癌症研究中心的ChrisSander实验室，InstituteforSystemsBiology的LeroyHood实验室。
首先这个软件是基于JAVA的一款多功能软件，在安装好相应版本的JAVA之后，安装的cytoscape才可以正常运行。
一、输入文件
支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。
1、edge文件格式：
tsv（制表符分隔的txt是一样的），csv（逗号分隔的），xls，xlsx文件等,一般两种tsv文件就足够我们使用了。下面就是一个典型的三列tsv格式的文件示例，第一列是原节点，第三列是目标节点，第二列是两者的相互作用关系，这里的作用关系标示了不同类型，在后面的网络设置中大家可以看到它的妙处，而这里的source与target都是数字，怎样转换为我们想看到的基因名字呢，这里也是先留一个问题，后面解释。
2、node属性文件
可以导入，可以用来解决我们上面的问题，将edge文件中的数字替换成可视化的简单的基因名字。
二、导入数据
打开软件之后出现如下界面：
可以点击上面的物种名字选择一个实例来学习，也可以直接选择空的network用来导入数据，例如我选择了Arabidopsis，就出现了如下的界面，图示的是一个已经做好的网络的例子：
用户界面：
1、导入数据
2、导入属性文件
3、布局
三、高级功能
1、调整样式
（1）基本样式
（2）节点样式
（3）边样式
2、改节点名称
3、改边的颜色
4、调控网络各项指标统计
得到的结果会出现在一个新的面板当中：
5、改变节点大小
这里需要强调很重要的一点是，在对这里的改变节点大小进行操作之前，如果是想通过节点连接的边的数量进行梯度设定的话，是必须要进行上面第四步的统计分析的，否则没有Degree选项出现：
双击上面梯度设置的区域可以出来控制面板进行修改：
四、选择过滤
1、节点的选择
节点的选择可以通过将目标节点放在一个文件中导入，如果节点数少的话可以手动点选：
2、子网络的选择与分离
再将节点点选之后，如果想把其与大网络分离的话就点击菜单的图标栏里倒数第四个图标，就可以得到下面第二张图的结果：
六、导出图片
数据的导出可以是网络文件，表格文件或者是图片文件，图片文件包括多种图片格式以及pdf格式，对比图标的形态，下图所示的左侧两个是快速导入文件的图标：
七、表达分析
Cytoscape还可以导入基因的表达值，将不同的表达值进行颜色的梯度展示，由于我的分析没有这部分数据所以将网络上学到的图片做了几个截图：
八、还有什么
Cytoscape提供了很多外接的数据库，右键点击相应节点，出现的选项里面选择externallinks，里面有以下所示连接的数据库：
此外，基于大量功能强大的插件的开发，以下的功能也很全面：