4网络图RCytoscapeAI生信作图分析培训

这次主要以实际操作的形式来讲述Cytoscape的使用，内容以PPT教案为主。

下面是补充内容。

利用一个简单的组织构建图展示Cytoscape的基本使用，导入网络、导入节点属性，更改点的形状、颜色，在点上插入图片、绘制饼图、柱状图、加入颜色条纹，点的手动对齐、横向分布等。

网络文件和节点属性文件都是正常矩阵格式，若有中文需使用UTF-8编码；若非EXCEL文件，不能有xls后缀。

下面列出几种示例

属性环展示方式所有的节点都在环上，适用于点比较少的时候。环上点的顺序可以根据某一列来调整。

先按某一列的值对点进行分组，每个分组的点成为一个独立的环。在区分上下调基因时，可以按这个来分类，看不同类的基因的调控关系。

通常也可以获得比较好的结果，相连的点邻接，其它点较远。同时可以根据某一列设置边的强度作为连线的长度。

复杂网络适用这个，尤其是连线特别多时。

所有的边视为连接2个节点的弹簧。每一个弹簧有一个松弛状态下的期望长度(restinglength)和压缩强度。算法会迭代所有的弹簧，并进行仿真模拟获得每个弹簧的最佳长度。是比较常用的一种，其获得结果也是一个环，但对空间的利用比下面两种要好。

也是一种Spring-embeded的算法，可以展示网络图的聚类结构。