在利用Cytoscape绘图的过程中如何对具有不同属性(分类)的点(以及与该点相连的线)进行颜色着色呢?
譬如下图显示了miRNA和靶基因的相互作用,并基于靶基因的类型对网网络图进行了颜色处理,方便显示各个分类:
绘图的原始数据基本格式如下,仅两列:
基于最原始的数据可以获得如下图片(三角对应miRNA,圆点对应靶基因):
1、根据其他的分析,例如基于注释,将靶基因所属的pathway列举出来:
获取的信息中,有一些基因能注释到特定pathway,有一些不能(可将对应的内容空置不填),基于这样的表格数据,将其作为table,导入到Cytoscape中,作为点的属性,进行绘图。譬如经过table导入后,在对应的数据栏中,显示增加了一列pathway(注意作为table导入的数据应该是去重的数据,也就是说每个靶基因只有一个分类属性):
2、在控制面板中对应的select中设定筛选栏,以Node:pathway来(表示Node属性中pathway这一列的数据)选择其中一个pathwayB,即可将属于这一类的点选中(图中黄色点)
经过多次修改不同类型之后即可完成:
除了基于table之外,也可以对最初导入的Network文件进行信息补充,方便后续进行网络网络设置,例如:
THE END