网络分析工具不仅可以便捷直观的看到基因之间的关系和功能，也可以组和组之间的联系，其中今天向大家推荐的是Cytoscape，童鞋们不会编程或者是懒于用R去做网络通路图的都很适合，而且Cytoscape支持的网络种类很多。
也可以使用网络可视化的js版，在浏览器和手机上都可以使用，主要是用Extrensions拓展。
图1
Cytoscape网络分析
01
创建网络，可以是R或者是Excel文件
02
导入数据文件
Cytoscape支持多种数据文件格式有sif格式、xgmml格式，txt格式（用tab分割的纯文本文件）如图2
图2
导入数据文件networktable在网络图中作为线存在，为连接nodes；导入的节点属性文件nodeattributes中第二列的mutation信息，作为nodecolor；节点属性文件nodeattributes中第三列expression信息，作为nodesize
03
设置网路要素：点node、线edge
默认的节点和边的颜色不怎么好看，可以通过左侧的ControlPanel进行修改。左下角的“Node”,“Edge”“Network”按钮分别可以修改节点、边以及网络整体的属性。如图3
图3
一般如果节点比较多的时候，节点之间很容易堆叠，可以通过鼠标左键选中某个节点，对其进行拖动，使之达到较为理想的效果。
04
导出网络图
最后通过File--Export--NetworkViewasGraphics导出成（table格式）以及图片（pdf等格式）。
如果对图片不是很满意，下次还想接着再修改，那么可以将已编辑好的图片导出成XGMML格式的文件，下次想编辑的时候用上面同样的方法打开即可修改。
THE END