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2023.07.22广东
现在,我们不仅将学习如何制作网络,而且还将更改网络中元素的颜色和形状以使其更有趣。
注意基因和通路对是如何映射的,因为我们还想显示基因映射到图中心的通路。
下载并打开Cytoscape后,窗口应如下所示:
完成第2步!让我们进入第3步!
转到Cytoscape屏幕顶部的“File”选项卡,并将箭头悬停在可用选项下拉列表中的“Import”上,然后您将找到一个选项,用于NetworkFromFile”。点击那个。
上传您的name_type文件后,您将能够看到此屏幕-
单击列标题“name”附近的键符号并将其更改为绿点符号,表示这是源节点。暂时不要单击“确定”。
这就是您的屏幕现在的样子。不要担心网络,它看起来像这样,因为我们已经添加了网络中的所有元素,但我们还没有添加映射。
注意上面的网络集合是如何提到name_type.csv的,因为我们在将匹配文件导入Cytoscape之前选择了它。
这次我们将保持绿点符号不变,但我们会将列标题miRNA/pathway附近的注释符号更改为目标符号(表示我们的目标节点)。
我们的网络看起来是不是已经干净漂亮了?现在让我们添加一些颜色。
要添加颜色,请转到Cytoscape屏幕的最左侧,您应该会找到“Style”选项卡。单击它以访问颜色选项。
您应该能够看到这样的选项。
同样,对于“MappingType”的——selectvalue——选项,选择“DiscreteMapping”。这就是您的屏幕现在的样子。
我的网络现在看起来棒极了!只是一件小事,没有图4A中的箭头!现在让我们添加箭头。
要添加箭头,请转到屏幕的最底部,找到Node、Edge、Network和Table等选项卡。从那里,单击“Edge”。
从“Edge”选项中,选择类似于我们填充颜色的方式的“SourceArrowShape”,并在Column和MappingType中分别填写“sharedinteraction”和“DiscreteMapping”。