Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

在利用Cytoscape绘图的过程中如何对具有不同属性(分类)的点(以及与该点相连的线)进行颜色着色呢?

譬如下图显示了miRNA和靶基因的相互作用,并基于靶基因的类型对网网络图进行了颜色处理,方便显示各个分类:

绘图的原始数据基本格式如下,仅两列:

基于最原始的数据可以获得如下图片(三角对应miRNA,圆点对应靶基因):

1、根据其他的分析,例如基于注释,将靶基因所属的pathway列举出来:

获取的信息中,有一些基因能注释到特定pathway,有一些不能(可将对应的内容空置不填),基于这样的表格数据,将其作为table,导入到Cytoscape中,作为点的属性,进行绘图。譬如经过table导入后,在对应的数据栏中,显示增加了一列pathway(注意作为table导入的数据应该是去重的数据,也就是说每个靶基因只有一个分类属性):

2、在控制面板中对应的select中设定筛选栏,以Node:pathway来(表示Node属性中pathway这一列的数据)选择其中一个pathwayB,即可将属于这一类的点选中(图中黄色点)

经过多次修改不同类型之后即可完成:

除了基于table之外,也可以对最初导入的Network文件进行信息补充,方便后续进行网络网络设置,例如:

THE END
1.生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别...微生信助力高分文章,用户230000+,谷歌学术4600+ …https://www.sohu.com/a/832361956_121408822
2.R语言:两组数据关联分析,pheatmap热图和cytoscape网络图–简书R语言:两组数据关联分析,pheatmap热图和cytoscape网络图 小白菜学生信 0.9642020.05.28 17:56:18字数 543阅读 2,775 导读 举例展示R语言组学关联分析的方法。宏基因组数据以KO-样品丰度表为例。代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例。基本方法是用R语言psych包corr.test函数进行两组数据的相关分析,结果经格式化后用...http://www.dentalearner.com/archives/2357
3.从R中调用Cytoscape绘制复杂网络hzs319在R中调用Cytoscape绘图,基本原理就是利用Cytoscape的RPC插件和Apache的XML RPC库在本机上启动Cytoscape的RPC服务,然后在R中用经过修改的XMLRPC包访问Cytoscape的RPC服务,从而实现R和Cytoscape的交互。 1. 安装Cytoscape RPC插件。 从其官方网页上下载最新版的Cytoscape RPC插件,在我码这篇文章的时候最新版是0.95。把Jar...https://www.cnblogs.com/huzs/archive/2013/06/15/3742032.html
4.5网络图绘制软件cytoscape使用介绍美吉生物讲义.pdf网络图绘制软件cytoscape使用 微生物事业部 meta@majorbio. 本节课准备工作: 网络图绘制软件cytoscape使用 1、确保自己的电脑上已经安装了cytoscape软件,并且可以打开; 2、登陆isanger账号、运行云平台上的物种相关性网络 ,以备文件 ; 3、确保已 用于绘图的表格文件; 网络图绘制软件cytoscape使用 1 cytoscape软件背 2 ...https://max.book118.com/html/2021/0311/8022023055003057.shtm
5.生信绘图pheatmap热图R软件色条控制小技巧介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 R包:#install.packages("pheatmap") 调用R包:library(pheatmap) 使用的是R软件的pheatmap包,先生成随机数据: set.seed(100) data1<-c(runif(20,min=-2,max=2),rnorm(380,2,2)) data1<-matrix(sample(data1,400,replace = F),nrow=20) ...https://www.biowolf.cn/Question/pheatmap_block.html
1.生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别...生信入门第十二课:用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因 微生信关注IP属地: 上海 2024.12.02 12:03:45字数19阅读2 微生信助力高分文章,用户230000+,谷歌学术3600+?著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 日记本 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我"赞赏支持还...https://www.jianshu.com/p/39ffbbd5e260
2.如何用Cytoscape::EnrichmentMap可视化GSEA的运算结果?文章浏览阅读95次,点赞2次,收藏2次。Cytoscape::EnrichmentMap 可视化GSEAhttps://blog.csdn.net/jl19930703/article/details/144144222
3.如何将Cytoscape.js图形导出为图像?Cytoscape.js是一个用于可视化网络和图形的JavaScript库。要将Cytoscape.js图形导出为图像,可以使用Cytoscape.js提供的插件cytoscape-svg和cytos...https://cloud.tencent.com/developer/information/%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%B0%86Cytoscape.js%E5%9B%BE%E5%BD%A2%E5%AF%BC%E5%87%BA%E4%B8%BA%E5%9B%BE%E5%83%8F%EF%BC%9F
4.求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因杨宏浩1 临床医学医学生 请问解决了吗?我也遇到这个问题 2020-03-18IP未知未知 收藏回复点赞 ...https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/42917737
5.Cytoscape作图,边和节点的颜色设置科研小伙伴们,如果你是从事肠道菌群、微生物组、基因组、蛋白组、代谢组等组学分析,那就离不开一个强大的互作网络绘图软件CYTOSCAPE,安装过程在之前写的文章cytoscape安装及使用-1中已经安利给大家了,不过使用的教程还没完成。今天我想给大家介绍一个联合MENA网站进行相关性分析的cytoscape操作教程,如果想我继续发布其他...https://www.pianshen.com/article/6551943743/
6.如何在Cytoscape中单独更改节点的颜色?在Cytoscape中,可以通过以下步骤单独更改节点的颜色: 1. 首先,确保已经安装并打开了Cytoscape软件。 2. 导入或创建一个网络图,确保图中包含需要更改颜色的节点。 3. 选中要...https://cloud.tencent.cn/developer/information/%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%9C%A8Cytoscape%E4%B8%AD%E5%8D%95%E7%8B%AC%E6%9B%B4%E6%94%B9%E8%8A%82%E7%82%B9%E7%9A%84%E9%A2%9C%E8%89%B2%EF%BC%9F
7.绘图—NetworkX2.8文档绘图# NetworkX提供了图形可视化的基本功能,但其主要目标是启用图形分析,而不是执行图形可视化。将来,图形可视化功能可能会从NetworkX中删除,或者仅作为附加包提供。 正确的图形可视化是困难的,我们强烈建议人们使用专门用于该任务的工具来可视化他们的图形。专用且功能齐全的图形可视化工具的显著示例有Cytoscape,Gephi,Graphviz...https://www.osgeo.cn/networkx/reference/drawing.html
8.代谢网络图四部曲(四)在系列花式拖更中,我们的Cytoscape教程悄然迎来了终章,本期我们采用视频演示的方式来直观的讲解绘图知识,希望能让大家迅速掌握相关操作,绘制美图。此外,最后一期,我们决定选出部分评论赠送小礼物,以此鼓励大家多多分享,多多尝试。教程收尾之际,请允许我送上最诚挚的祝福,希望各位老师同学实验分析文章皆顺利,分析验证顺畅如...https://www.antpedia.com/news/wx_article/385617.html
9....RStudio查看器中不显示Sankey图表networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图工具,用于转换R语言生成的图为交互式网页嵌套图。目前支持网络图,桑基图,树枝图 (后续相继推出)等。关于网络图的绘制,我们之前有5篇文章,可点击查看。 Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍新出炉的Cytoscape视频教程 Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析一...https://cloud.tencent.com.cn/developer/information/%E5%9C%A8R%E4%B8%AD%E4%BD%BF%E7%94%A8networkD3%E6%97%B6%EF%BC%8CRStudio%E6%9F%A5%E7%9C%8B%E5%99%A8%E4%B8%AD%E4%B8%8D%E6%98%BE%E7%A4%BASankey%E5%9B%BE%E8%A1%A8
10.干货:这些软件你都不知道,还配做科研汪么?@MedSciCytoscape 是一款开源可视化软件,可用于整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制,专为生物研究设计。 文献管理软件 文献管理一般用EndNote就够了,除了管理文献,写文章的时候插入文献也是相当的方便;还有一个文献分析软件RefViz 2.1,,与EndNote结合使用,分析文献,可以省掉大把自己看自己归纳的时间。UltraEdit ,取代记事本...https://m.medsci.cn/article/show_article.do?id=781c6130edb
11.如何在论文中画出漂亮的插图?第1页。画出来的图真的是高端大气上档次,低调奢华有内涵~ 适用于从 2D 到 3D,从标量到矢量的各种绘图。能够保存成从 eps, pdf 到 svg, png, jpg 的多种格式。并且 Matplotlib 的绘图函数基本上都与 Matlab 的绘图函数名字都差不多,迁移的学习成本比较低。开源免费。如图所示(题目描述中的图在最后): ...https://tinynews.org/new/21664179/1