从上次录制视频，到现在Cytoscape也有了不少更新，个人对Cytoscape的体会也有了进步，更主要的是不少人反应之前的视频不够清晰，或实名或匿名(匿名的都没回复)的联系我要清晰版。实际我也没有，不知道为啥传上去就不清晰了，这次录制了全屏版，希望效果能好些。
本次三个视频，截图不同的角度。
利用一个简单的组织构建图展示Cytoscape的基本使用，导入网络、导入节点属性，更改点的形状、颜色，在点上插入图片、绘制饼图、柱状图、加入颜色条纹，点的手动对齐、横向分布等。
网络文件和节点属性文件都是正常矩阵格式，若有中文需使用UTF-8编码；若非EXCEL文件，不能有xls后缀。
下面列出几种示例
属性环展示方式所有的节点都在环上，适用于点比较少的时候。环上点的顺序可以根据某一列来调整。
先按某一列的值对点进行分组，每个分组的点成为一个独立的环。在区分上下调基因时，可以按这个来分类，看不同类的基因的调控关系。
通常也可以获得比较好的结果，相连的点邻接，其它点较远。同时可以根据某一列设置边的强度作为连线的长度。
复杂网络适用这个，尤其是连线特别多时。
所有的边视为连接2个节点的弹簧。每一个弹簧有一个松弛状态下的期望长度(restinglength)和压缩强度。算法会迭代所有的弹簧，并进行仿真模拟获得每个弹簧的最佳长度。是比较常用的一种，其获得结果也是一个环，但对空间的利用比下面两种要好。
也是一种Spring-embeded的算法，可以展示网络图的聚类结构。
THE END