必读指南:单细胞转录组测序的样品选择与准备

确认测序类型:scRNA-seq还是snRNA-seq

scRNA-seq(单细胞转录组测序):侧重于完整细胞的转录组分析,适用于研究细胞异质性、细胞状态和动态变化。

snRNA-seq(单细胞核转录组测序):适合于处理难以分离的组织或细胞,尤其是在肿瘤和神经系统等复杂样本中,专注于细胞核水平的基因表达研究。

1、根据样本状态:

鲜活组织→scRNA-seq/snRNA-seq

冷冻组织→snRNA-seq

2、根据研究目标细胞特征:

细胞直径大于40um或异形细胞→snRNA-seq

保证能获得高质量细胞悬浮液

样本需保持新鲜,建议组织样本采样后48小时内、血液样本采样后24小时内进行实验操作。欢迎提前联系我们安排取样及上门服务。

样本处理方法

细胞样本

1、细胞要求

建议送样细胞总量≥5×105cells,活率≥85%,细胞直径为7~30μm。

2、采集与运输

悬浮细胞直接吹打混匀,贴壁细胞用0.25%Trypsin-EDTA消化。运输时将细胞悬液保持在2-8℃,2小时内完成后续处理。如需冻存运输,可将106~107个细胞重悬于1mL冻存液中,-80℃冷冻保存后移至液氮中,3个月内复苏。

体液样本

1、样本采集

血液样本≥4mL,使用EDTA抗凝管(紫盖)。

晨尿≥100mL,收集于无菌容器中。

2、保存与运输

血液样本:EDTA抗凝采血管收集,采样后及时颠倒混匀,取样后4℃运输,8h内运送至实验室。如需长途运输,建议采用Ficoll密度梯度离心法分离PBMC细胞,并进行冻存后寄送。

尿液:取样后加入5-10%体积比加入细胞保护剂,4℃保存,4h运输至实验室。

新鲜组织样本

新鲜组织:样本量≥200mg(至少黄豆大小)。

穿刺组织:≥2条(长度1.5cm,直径≥1.5mm)。

2、保存及运输

新鲜组织样本要求全部浸没于预冷的2ml组织保存液离心管中4℃保存,推荐Miltenyi组织保存液(货号130-100-008),离体48h内冰袋运输至实验室。

3、注意事项

实验组与对照组样本的采集状态尽量保持一致;组织较大时,可分割为多颗粒进行保存运输,尽量剔除非目标组织,如多余脂肪、包膜;清洗去除血液残留;手术刀切取,尽量避免化学试剂污染及激光刀、电刀热损伤。

冻存组织样本

冻存组织样本可用干冰运输至公司实验室,保证干冰充足,确保样本到达时仍处于冻存的环境。实验室抽提细胞核进行后续的转录组测序分析。

建议:

1、肝实质细胞或成熟脂肪细胞细胞较大且容易破裂,肌肉、心脏、脑、神经等组织细胞直径过大超过40μm的,以及冷冻样本,建议选用抽核的方式进行单细胞核转录组测序。其他样本则优先选择做单细胞转录组。

2、胰腺、小鼠肠道等自身容易降解的样本,需注意避免过度清洗,且尽量不要长途运输,尽快消化上机。

3、运输注意保存环境,避免样本降解,可提前联系实验室提供样品寄送服务与指导。

我们提供一站式送样服务,帮助您更轻松高效地准备单细胞测序样本!

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