如何实现cytoscapecytoHubba插件的安装与使用开发技术

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cytoscape-cytoHubba插件的安装与使用

一、cytoHubba插件

1.利用cytoHubba插件通过拓扑网络算法给每个基因赋值，排序挖掘关键基因(hubgene)和子网络

Degree

EdgePercolatedcomponent

Maximumneighborhoodcomponent

DensityofMaximumNeighborhoodComponent

MaximalCliqueCentrality

sixcentralities(Botteleneck,EcCentricity,Closeness,Radiality,Betweenness,Stress)

cytoHubba根据nodes在网络中的属性进行排名。它提供了11种拓扑分析方法，包括:

2.插件下载与安装

在cytoscapeAppStore（链接：CytoscapeAppStore）中搜索cytoHubba插件，进行download

点击Apps-AppManager，点击installfromfile

找到cytoHubba的存放路径，打开之后就安装好了

3.cytoHubba插件使用

打开cytoscape导入网络之后，在Apps点击cytoHubba

1、首先选择左边的cytoHubba进入工作页面

2、选targetnetwork择待分析的网络

3、点击calculate

4、点击Top，可根据自身课题需要，调整提取关键基因的数量

5、下方Closeness可下拉选择计算方法

6、Particularnodes：选择感兴趣的基因进行分析（一般是对整个网络分析的话，此项可以忽略）

5、点击左下方：显示最短的路径；显示出hubgene连接到的第一个节点；显示出最长的子网络）

6、右边的列表就显示关键基因的排名：颜色越深，证明分数越高，越显著

THE END

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Cytoscape网络分析软件免费下载Cytoscape生物信息分析工具下载v3.9.1

如何实现cytoscapecytoHubba插件的安装与使用开发技术

中医“异病同治”理论的网络药理学阐释

生物信息学和网络药理学分析山奈酚通过靶向CDK1和TOP2A抑制胶质瘤增殖KaempferolInhibitingGliomaProliferationbyTargetingCDK1andTOP2ABasedonBioinformaticsandNetworkPharmacologyAnalysis

1.利用Cytoscape对STITCH基因相互作用结果按Degree进行可视化4. 将TSV文件导入提前在电脑中安装好的Cytoscape软件,同时对导入后的文件进行Degree分析。 (1)TSV文件导入 (2)Degree分析 5. 进入Style界面,对形状和颜色按照Degree进行展示,其他的个性化设置按这种方式进行调整。 分享不足的地方大家可以一起探讨,相互学习。 --生信之中药研究...https://www.cnblogs.com/ZhangBillZhang/archive/2004/01/13/14657203.html
2.Cytoscape常用参数degree: 该节点连线数(边的数量) betweenness:中心性(有多少节点是直接通过该点连接的a—b—c,b就会有一个得分值)。 与这个默认功能比较相似的有一个cytoHubba 插件,它是专门用于重要性计算的,有多种算法进行重要节点估计;甚至可以针对选出的几个基因进行重要性计算。 https://www.jianshu.com/p/da3b026ba596
3.Cytoscape如何计算节点和边数目node和edge计数保存之后,我们就可以看除表头数据的行数,这个就是网络里节点的数目: 接下来找到这个表格的Degree列,这一列就是每个节点与其相关的节点数目,用Degree排个序,就可以找到核心节点了 这样就轻松搞定两个问题,还有一个就是边的数目: 我们回到Cytoscape,再右下角选择Edge Table,保存数据到本地: ...https://www.biowolf.cn/m/view.php?aid=330
4.5网络图绘制软件cytoscape使用介绍美吉生物讲义.pdf网络图绘制软件cytoscape使用 微生物事业部 meta@majorbio. 本节课准备工作: 网络图绘制软件cytoscape使用 1、确保自己的电脑上已经安装了cytoscape软件,并且可以打开; 2、登陆isanger账号、运行云平台上的物种相关性网络 ,以备文件 ; 3、确保已 用于绘图的表格文件; 网络图绘制软件cytoscape使用 1 cytoscape软件背 2 ...https://max.book118.com/html/2021/0311/8022023055003057.shtm
5.Cytoscape.js的完整使用(一)Cytoscape.js单项功能cy核心...const cy = cytoscape({ // 非常常用的选项 container: document.getElementById('xxx'), // 容器 elements: [ { // node1 group: 'nodes', // “nodes”表示节点,“edges”表示边 // 注意,可以为您自动推断组字段,但需要指定它 // 如果您错误初始化元素,则会给出很好的调试消息 ...https://juejin.cn/post/7159404452460363812
6.R语言:两组数据关联分析,pheatmap热图和cytoscape网络图–简书R语言:两组数据关联分析,pheatmap热图和cytoscape网络图 小白菜学生信 0.9642020.05.28 17:56:18字数 543阅读 2,781 导读 举例展示R语言组学关联分析的方法。宏基因组数据以KO-样品丰度表为例。代谢组数据以metabolite-样品丰度表为例。基本方法是用R语言psych包corr.test函数进行两组数据的相关分析,结果经格式化后用...http://www.dentalearner.com/archives/2358
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2.如何用Cytoscape::EnrichmentMap可视化GSEA的运算结果?文章浏览阅读95次,点赞2次,收藏2次。Cytoscape::EnrichmentMap 可视化GSEAhttps://blog.csdn.net/jl19930703/article/details/144144222
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4.“开源节流”之cytoscape,展示互作网络,一用无忧!跟示例图比较后可知,还缺少一个图例来表示各个颜色分别代表的degree的区间。点击下图箭头所示 -> creat Legend ->Export即可导出网络图所对应的图例。最后就是PS来排版和润色的事了。 基本的画图方法应该就以上几点了,更炫更加美观的网络图可能需要大家的精心绘制了。如果还需要更加强大的画图工具,可以去cytoscape官网...https://www.antpedia.com/news/dist_article/82055.html
5.求教大神们String数据库如何设置degree值并导出hubgene及degree值...zzzawx 心血管病学医学生 请问上述中导入的degree数据是在String中怎么下载的呢？2019-04-12IP湖北湖北...https://www.dxy.cn/bbs/topic/37552427?ppg=1
6.使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性在之前的文章中,介绍过igraph工具,可以通过编程处理网络数据,该工具使用与大规模,大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据,采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。 cytoscape相信很多人都用过,通常都是用来进行网络的可视化,对于分析网络的基本拓扑属性,比如计算clustering coefficient...https://blog.51cto.com/u_10721944/5398264
7.如何在Cytoscape中单独更改节点的颜色?在Cytoscape中,可以通过以下步骤单独更改节点的颜色: 1. 首先,确保已经安装并打开了Cytoscape软件。 2. 导入或创建一个网络图,确保图中包含需要更改颜色的节点。 3. 选中要...https://cloud.tencent.cn/developer/information/%E5%A6%82%E4%BD%95%E5%9C%A8Cytoscape%E4%B8%AD%E5%8D%95%E7%8B%AC%E6%9B%B4%E6%94%B9%E8%8A%82%E7%82%B9%E7%9A%84%E9%A2%9C%E8%89%B2%EF%BC%9F
8.CytoscapeUserManualThe -Xmx512M flag tells java to allocate more memory for Cytoscape and the -p plugins option tells cytoscape to load all of the plugins in the plugins directory. Loading the plugins is important because many key features like layouts, filters and the attribute browser are included with ...http://wikiold.cytoscape.org/Cytoscape_User_Manual
9.基于网络药理学联合mRNA芯片探讨益气活血解毒方治疗卵巢癌的效应...重要靶基因导入String、Cytoscape,以Degree60为卡值,得到IL6、VEGFA、TNF、MMP9、FN1免疫、血管生成等肿瘤相关核心基因123个。对核心基因GO功能富集显示,YHJD治疗卵巢癌的核心基因参与核受体功能,转录因子活性、聚合酶Ⅱ近RNA端启动子等生物学过程。核心基因KEGG通路富集显示,YHJD治疗卵巢癌的核心基因涉及TNF信号通路...https://wap.cnki.net/touch/web/Dissertation/Article/1020085823.nh.html
10.GitHubcytoscape/cytoscape.jscosecytoscape-cose-bilkent.js demo-compound.html demo.html package-lock.json package.json webpack.config.js README MIT license cytoscape-cose-bilkent Description The CoSE (pron. "cosay",CompoundSpringEmbedder) layout for Cytoscape.js developed byi-Vis Labin Bilkent University is a spring embedder lay...https://github.com/cytoscape/cytoscape.js-cose-bilkent
11.cytoscape:NetworkAnalysererrorI am using cytoscape 3.8.1. I used the output from GSEA to vizualise the network in EnrichmentMap app. After that I tried Analyze network to know the node degree, closeness centrality etc. to identify hub genes. But when I run Analyse network it gives error as "network interpretation null...https://www.biostars.org/p/441134/
12.CyTargetLinker:ACytoscapeApptoIntegrateRegulatory...we used cytoscape's vizmapper to shape and colour the tf nodes according to their tf family. to identify the genes highly regulated by tfs, the indegree was calculated and represented as the size of the gene nodes, see figure 3 . from the network it is immediately clear that the h2afx...http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0082160