1....互作网络及寻找核心基因)cytoscape筛选核心基因在制作蛋白质互作网络时,我们需要先从公开数据库或者文献中获取蛋白质相互作用数据,将其输入Cytoscape软件,然后进行网络构建和可视化展示。最终,我们可以得到一个复杂的蛋白质互作网络图,其中节点表示蛋白质,边表示蛋白质之间的相互作用关系。 在寻找核心基因时,我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具,如度中心性、介数中...https://blog.csdn.net/m0_53915752/article/details/132600331
2.核心基因筛选:基于EXCEL腾讯云开发者社区昨天我们介绍了利用STRING数据库来进行蛋白相互作用预测(STRING:蛋白相互作用数据库的使用),但是我们只是获得了相互作用网络分析的数据以及可以使用的相关网络分析的图,对于核心基因的筛选还是没有涉及。今天就介绍一下如何来筛选核心基因吧! 对于核心基因筛选的方法有很多的,如果是使用专门的插件的工具的话,那cytoscape里面...https://cloud.tencent.com/developer/article/1636266
3.求助cytoscape中应用Mcode绘图时,为什么会出现那么多核心基因杨宏浩1 临床医学医学生 请问解决了吗？我也遇到这个问题 2020-03-18IP未知未知 收藏回复点赞 ...https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/42917737
4.基于生物信息学分析肝细胞癌的核心基因目的 采用生物信息学方法筛选在肝细胞癌中的异常表达基因,并分析其在肝癌中的临床意义及其可能的机制。方法 通过GEO 数据库获取 GSE101728 基因芯片数据集,筛选差异基因;通过 STRING 和 Cytoscape 筛选出核心基因;利用 GEPIA 验证核心基因在肝癌组织中的表达及其临床意义,进一步利用 DAVID 进行 GO 分析及 KEGG 通路...https://www.cjebm.com/article/10.7507/1007-9424.202002087
5.基于生信分析对脓毒症相关性脑病中神经炎症相关核心基因的筛选采用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、Cytoscape以及Lasso回归分析筛选核心基因。构建LPS诱导BV2小胶质细胞活化体外细胞模型,采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,RT-qPCR)检测基因表达;采用慢病毒载体法过表达组蛋白去乙酰化酶9(histone deacetylase 9,HDAC9),Western blot检测炎症相关分子表达。结果:...https://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTotal-NJYK202407018.htm
6.桑寄生茯苓药对治疗膝骨关节炎作用机制网络药理学研究将上文获得的药物靶点与疾病基因载入Draw Venn Diagram-Universiteit Gent绘制Venn图。并用Excel表格函数公式取得交集靶点。 1.5 核心靶点筛选 交集靶点用STRING做蛋白互作(PPI)网络,最低互动分0.7,输出TSV文件,再导入Cytoscape中,用“Network Analyzer”插件计算每个靶点Degree(度值),根据Degree降序排序筛选核心靶点。 https://www.91xueshu.com/l-ggjlw/87747.html
7.肝细胞癌关键基因的生物信息学分析STRING数据库,认为置信度≥04为PPI显著.分析结果导入Cytoscape3.6.1软件中进行可视化分析[13].利用cytoHubba插件并选择degree[14]算法,从PPI网络中筛选核心基因,选择degree≥85的79个DEGs作为核心基因. 1.6关键基因的表达与生存预后分析 使用在线工具UALCAN[15](http://UALCAN.path.uab.edu)分析并验证核心DEGs的表达,...https://www.fx361.com/page/2021/0910/9548588.shtml
8....挖掘种公鸡睾丸和附睾中影响精子活力的核心基因Cytoscape 软件筛选每个关键模块的核心基因并构建可视化共表达网络? 结果表明?14 227个基因聚类到 11 个模块?以决定 系数( R2 ) ≥0 6,P<0 05 为标准挖掘出青绿色( Turquoise) 模块,黄色( Yellow) 模块,红色( Red) 模块与表型显著相 关? 对 3 个关键模块的基因进行功能分析?发现这些基因显著...http://jsnyxb.jaas.ac.cn/oa/pdfdow.aspx?Sid=202303017
9.基于生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌中的核心基因及初步验证通过韦恩图筛选出ESCC及配对正常食管组织的差异性表达基因(differentially expressed genes,DEGs),运用DAVID在线工具对差异基因进行GO富集和KEGG通路分析。利用STRING数据库和Cytoscape软件发掘ESCC核心基因,并在GEPIA和Kaplan Meier Plotter数据库对核心基因进行表达水平验证和生存分析预测。2.选取TTK和CDKN3两个蛋白进行免疫...https://mall.cnki.net/magazine/Article/CMFD/1021157589.htm
10.基于生物信息学分析早期液体复苏改善脓毒症休克的核心基因及通路随后,使用Cytoscape的分子复合物检测(molecular complex detection,MCODE)插件(版本3.7.1)在脓毒症休克的PPI网络中创建子类[9]。再通过GO图包处理[10],得到差异表达的核心基因。核心基因标准为:关联程度阈值(degree cutoff)=2,最小核心阈值(K-core)=2,节点评分阈值(node score cutoff)=10.2。 2 结果 2.1 筛选...https://www.coretina.com/article/10.7507/1671-6205.202101027
11.基于蛋白质互作网络挖掘自闭症谱系障碍的功能模块与核心基因通过 Cytoscape 3.7.2 软件进行可视化和连通度分 析, 将筛选出的连通度大于 25 的节点作为 PPI 网 络的重要基因. 1.3 功能模块及核心基因识别 利用 MCODE (Molecular Complex Detection)算 法对 PPI 网络中的节点进行密度聚类[12].首先排 除连通度小于 3 的节点, 计算纳入节点的核聚类 系数(core-clustering ...http://smkx.hunnu.edu.cn/EN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=2294
12.GEO基因芯片分析结合网络药理学及分子对接技术探析"黄连通过Cytoscape 3.9.1软件构建"中药-活性成分-疾病-靶点"网络和蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析, 以此筛选出主要活性成分及核心靶点; 同时利用Metascapes数据库进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书通路(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分...https://www.wjgnet.com/1009-3079/full/v31/i20/852.htm
13.基于网络药理学和分子对接探讨大花红景天在2型糖尿病合并阿尔茨...通过 Cytoscape 3.7.2 软件进行网络拓扑分析。以 2 倍“degree”中位数进行筛选得到新的网络,再分别以“degree”“betweenness centrality”和“closeness centrality”这 3 个参数的中位数为界值得到核心基因网络,其靶点定义为核心基因。构建药物-活性成分-核心基因-疾病互作网络图,依据度值(degree)排名筛选 RC 抗 ...https://www.wcjm.org/article/10.7507/1002-0179.202211164
14.WGCNA分析,简单全面的最新教程(在线做,但也需要懂原理)从关键模型中选择感兴趣的驱动基因,或根据模型中已知基因的功能推测未知基因的功能。 导出TOM矩阵,绘制相关性图。 WGCNA包实战 R包WGCNA是用于计算各种加权关联分析的功能集合,可用于网络构建,基因筛选,基因簇鉴定,拓扑特征计算,数据模拟和可视化等。 输入数据和参数选择 ...https://blog.51cto.com/u_16077014/6252500
15.基于生物信息学的特发性肺纤维化关键基因及miRNA分析方法 首先从Gene Expression Omnibusl( GEO) 数据库下载2个基因芯片数据集:GSE5384和GSE24206,通过R语言分析得到差异表达基因,并进行GO 、KEGG通路分析,使用STRING及Cytoscape软件进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析(PPI),从而得出核心基因,最后通过NetworkAnalyst网络构建寻找潜在miRNA。结果 筛选出137个差异表达基因。GO...https://www.yywsbjb.com/h-nd-3796.html
16.基于网络药理学联合加权基因共表达网络分析探究雷公藤治疗系统性...1.8 蛋白相互作用(PPI)网络的构建 将交集靶点基因导入 STRING 11.5 平台[16]隐藏 离散的靶点,构建 PPI 网络,再将 PPI 网络导入 Cytoscape 中可视化,并通过 cytoHubba 插件[17]筛选 核心靶点基因.核心靶点网络构建方法相同. 1.9 表达量与诊断分析 提取核心靶点基因表达量,分析在正常样本和 SLE 患者之间的差异,并...https://www.tiprpress.com/xdywlc/article/pdf/20221007
