CytoScape是一款专业的信息数据分析和编辑工具，能够通过多种形式的网络图形为用户显示分析结果，能够帮助用户对网络进行构建，帮助用户轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制，帮助您在分析生物数据的时候提供图形化的操作方式！有需要获取这款专业分析工具的用户不要错过了哦！
如果没有安装java或环境变量的配置等，安装Cytoscape时候点击提示出：是否安装java，点击是即可。
其他默认安装就可以，可以更改安装目录。不建议瞎改
在环境变量中，要修改两个地方，一个是添加JAVA_HOME。选择“新建”，变量名填上JAVA_HOME，变量值填上C:\ProgramFiles\Java\jdk1.8.0_151，在java的安装过程中，默认一直下一步安装，所以装在C盘，如果你在安装过程中改了，那可能是D盘或者E盘，那么变量值要做相应的更改。
还要修改一个地方，就是Path，添加JAVA的变量值到Path中：选择Path，然后点“编辑”，在最后面添加如下语句：%JAVA_HOME%\bin。
打开命令提示符cmd，输入java-version，如果能正常显示，那表明装好了，你就可以装Cytoscape了。
1.安装并打开Cytoscape
2.导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络
网络文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安装目录下有SampleData，是部分网络文件的示例。
本地导入参考物种的蛋白互作网络
Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因，在导入网络时要在AdvancedOptions中取消用第一行作为列名。
然后选择每一列数据的属性，包括SourceNode、InteractionType、TargetNode、EdgeAttribution、SourceAttribution、TargetAttribution等，同时对应不同颜色和图标标记。
从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络
3.在Layout选项下可以选择方便观测的布局(默认导入的布局方式为PerfuseForceDirectedLayout)。
4.设置网络节点和边的风格(Style)
在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如，将连线的颜色设置为蓝色，同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。
5.导入差异表达基因及其属性列，映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。www.kkx.net
选取目标网络、设置关键列(Column1)、选择需要的节点属性列(可以选取多列，本例选取Column2，并重命名为Label，其中为up/down数据)。
6.根据上下调基因(up/down)标示网络，定义上调基因(up)为红色，下调基因(down)为蓝色。
7.导出数据
导出图像ExportNetworkasGraphics。
导出数据ExportTable。
可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。
在弹出窗口编辑导出文件名。
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