按照药物的功效及性质，将藏药分为八类。
珍宝药类
分不溶和可溶性两类，共57种，166味。可溶性珍宝药物有金、银、水银、红铜、铁、铁锈、霹雳铁、铁陨石、青铜、黄铜、锡、铅、锌等15种，61味；不溶性珍宝有金刚石、玉石、蓝宝石、吠琉璃、映红、曲亮、刀拉、翡翠、水晶、红玛瑙、琥珀、珍珠等42种，104味。
珍宝类药物功效广，在治疗疑难病症的处方中常用。如黄金能解珍宝类药物中毒，健体强身，延年益寿。银能收敛黄水，干脓血。琥珀明目，治翳障。
石类药物
分不溶和可溶性两类，共64种，594味。
可溶性石类药有14种，22味。如磁石能治脑骨伤、脉病、拔弹镞之效；花蕊明目、愈疮、干黄水；银砂接骨；锡矿愈疮、敛脓、生肌。
不溶性药物有49种、527味。如赤石脂干黄水、固骨脂、接骨；甘石清肝热，敛黄水；寒水石清培根热、治骨髓炎；猪头石补骨、健骨，托引黄水；云母石清骨热、利目；石青舒脉益伤，治肾病、淋病；滑石疏脉通络。
土类药物
土类药物分天然和炮制两类，包括17种，31味。如金砂治脉病、肾病；禹粮土清脉热、愈脏伤、干脓血；黄丹清脉热、肌热，祛腐生肌；靛青治烧伤、眼疾；碱土清烦热、除瘟疫热；岩精，能医治一切热病，特别是清胃热、清肝热、清肾热等方面，疖效显著。
木药类
此类药物分根、梢、干、枝、树脂、皮、茎、叶、花、果等十种。其功效将在精华药类、湿生草药类、旱生草药类中介绍。
精华药类
包括草类、树木、动物三种。如冰片，解热，对长期发热不退的痼疾有效；白檀香清肺热、治心热；紫檀香清血热；沉香清心热；牛黄治瘟疫、解毒、清肝热、治腑热；竹黄医治各种肺病、治疗疮伤引起的发热；红花医治肝病、收敛疮口；小豆蔻医治肾病，治疗一切寒病；肉豆蔻除龙病，治疗心脏病；丁香医治命脉病，寒性龙病；草果医治脾病胃病和寒病；麝香功效是解毒，医治虫病、肝热、肾热。
湿生草药类
木棉花瓣、花丝能清肺热、清肝热、清心热；香旱芹清肺热；蛇床子、草决明，医治寒性胃病；麝香黄蜀葵，医治皮肤病，黄水病；波菱瓜清六腑之热，医治赤巴病；丝瓜瓤，功效是将赤巴向上引吐；芫荽医治胃部引起的热症；沙棘补肺、活血，医治培根病；藏木瓜医治培根病、清热；石榴子医治一切胃病、生胃热，治疗寒性培根病；荜茇医治所有寒性疾病；生姜升胃热、助消化，治培根病及龙病、活血；桂皮医治胃病、肝病、寒性龙病；阿魏驱虫医治寒性疾病、心风病；酸藤果，功效是驱虫、升胃温；乳香下泻和干黄水；余甘子功效是医治培根病、赤巴病和血病；广木香医治龙病、血病、腹胀、肺病、喉蛾、鼻息肉；姜黄解毒、愈合骨折、消炎；水菖蒲医治消化不良，升胃温，喉蛾、疔疮；娑罗子，功效是催吐；巴豆、蓖麻油膏，功效是峻泻；腊肠果，治肝病、缓泻；葫芦和五味子，功效是医治一切腹泻症。
旱生草药类
藏黄边，功效是降血压、医治紊乱症、五脏热病；翼首草，治瘟病、解毒、医治久热症；矮紫堇，功效是止血、治溃疡、多血症、脉热病；甘青春蓝，治胃热、肝热；虎耳草和花锚，医治赤巴热病和肝胆病；肉质猫眼草，峻泻四种赤巴病；乌奴龙胆解毒，治热泻；绢毛菊医治头部外伤、解热毒；耧斗菜坠死胎、去弹镞；独行菜，干枯胸部黄水、治头部骨折、保护骨脂；独一味保护骨髓、医治黄水症；棱砂贝母医治头部骨折、解热毒；茵陈蒿功效是解肺热；角茴香治瘟病解热毒；玄参，医治天花引起的发热；艾叶，功效是止血、消除四肢肿胀；藏黄连利水，清瘟热；蔓麦瓶草医治月经疾病；当归清心热、解毒；天兰星杀虫、除骨刺；黄秦艽能愈合创伤、接脉、治肠绞痛；亚大黄，医治黄水病、肾性水肿；苍耳苗医治瘟疫、解毒、清肾热；贯众和柳树能解药物毒、肉毒；槟榔叶及茜草医治肺热、肾热、扩散热症；冬苋菜功效是医治尿闭症、止渴、止泻；岩白菜，功效是愈合创伤；淫羊藿，功效是医治肛门梗阻；大黄，解热毒、清腑热、峻泻培根；独活医治黄水病、腰部寒性病；蒺藜医治淋浊症、痛风、肾性疾病；荠菜能止各种呕吐；黑穗粉菌，功效是增胃热；瑞香狼毒医治疥疮、消炎；高山葶苈医治伤口发烧。
动物类药
又分为角、骨、肉、血、胆、脂肪、脑、皮、爪、毛、尿、粪便、全身等十三大类。
1．角类药。如犀角能干枯胸腹、脓血、黄水；羚羊角及黄牛角能止腹泻；鹿角及各种绵羊角能催产；野牦牛角能增胃温、治痞块。
2．骨类药。龙骨祛腐肉、愈合伤口；虎骨能补骨脂；贝壳功效是止血、干枯脓液；被雷电击毙的动物同骨骼，功效是医治肠病；刺猬骨，功效是止血；猴骨，功效是催产；头盖骨，功效是治肠道疾病。
3．肉类药。蛇肉能活血化瘀、治眼病；孔雀肉，能治赤巴病，解毒；蜥蜴肉，医治腰、肾的寒性病；马鸡肉，功效是止呕吐；黄鸭肉医治小腿抽筋和疔疮。
4．脏腑类药。各种动物脏器，都医治相应的脏器病。如狼胃增胃火，助消化；狼舌，医治舌肿胀；猪舌，医治骨刺公羊睾丸，功效是补阳；狐狸及燕子的肺功效是医治肺穿孔。
5．血类药。鹿血治虫病、子宫出血；山羊血功效是医治梅毒、天花；野牦牛血及羚羊血功效是止腹泻；胎血功效是堵脉口、生新肌。
6．脂肪类药。蛇的脂肪，功效是去箭镞；鹿的脂肪，功效是解毒、治虫病；猪的脂肪，功效是医治皮肤黄水病。
7．脑类药。山羊脑，治筋络损伤，鹿脑，止腹泻；野免脑，功效是治肠绞痛。
8．皮类药。蛇蜕医治白癜风、牛皮癣；老鼠皮，功效是排脓。
9．爪类药。鳄鱼爪清骨热；马蹄治痞块。
10．毛类药。孔雀翎解毒，治肺脓肿；水鸥翎医治尿闭症。
11．尿类药。
12．粪便类药。野免粪峻泻肾性水肿；鸽子粪能使肿块化脓。