1、赔偿原则不同。根据《道路交通安全法》的规定，对机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在交强险责任限额范围内予以赔偿。而商业险是保险公司根据投保人或被保险人在交通事故中应负的责任来确定赔偿责任。
2、保障范围有区别。除了个别事项外，交强险的赔偿范围几乎涵盖了所有道路交通责任风险。而商业险中，保险公司不同程度地规定免赔额、免赔率或责任免除事项。
3、交强险具有强制性。《条例》规定机动车的所有人或管理人都应当投保交强险，同时，保险公司不能拒绝承保、不得拖延承保和不得随意解除合同，而商业险在交强险赔偿后予以补充赔偿。
4、根据《条例》的规定，交强险实行全国统一的保险条款和基础费率，保监会按照交强险业务总体上“不盈利不亏损”的原则审批费率。
5、交强险实行分项责任限额，而商业险并不区分责任限额。
二、如何认定事故理赔费
法院对实际产生药费的基本态度是确定其中绝大部分，对有不合理情形的部分法官可以予以排除。对于转院的情形，如确属治疗实际需要，即使没有转院证明，也可以得到法院认可。对于用药的合理性，法院也会确认其中不合理部分并予以排除。有时法院不能确认用药合理性时，当事人可以委托鉴定机关作疾病与治疗因果关系鉴定、用药合理性鉴定，例如有一个案例中，当事人在交通事故中伤及膝部半月板，但在手术前的治疗病历中就有半月板存在退行性病变的记录，也就是说伤者在交通事故之前也存在同样部位的慢性疾病，双方在诉讼中委托鉴定机关做了因果关系鉴定，鉴定机关认为，交通事故与慢性疾病与治疗的因果关系对等，结果一审法院按药费的半数进行了判决。对于用药明细中不合理的药费，一般法院也会予以扣除。
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