当汽车发生自燃时，保险公司是否赔偿取决于具体的情况。以下是几种可能的状况：
首先，如果没有购买车辆损失自燃保险，那么车辆发生自燃时，保险公司不会赔偿。
其次，如果车辆在质保期内发生自燃，那么这通常是因为汽车质量问题，应该由厂家进行赔付。
最后，如果已经购买了车辆自燃损失保险，那么在车辆自燃的情况下，保险公司会进行赔付。请注意，车辆自燃损失保险是车辆损失险的一个附加险，因此只有在已经投保了车辆损失险的基础上，才能投保这个保险。
具体来说，投保了车辆自燃损失保险的机动车辆在使用过程中，因本车电器、线路、供油系统发生故障及运载货物自身原因起火燃烧，造成保险车辆的损失，以及被保险人在发生本保险责任的事故时，为减少车辆损失所支出的必要和合理的施救费用，保险公司在保险单该项目所载明的保险金额内，按该车辆的实际损失进行赔付。
此外，如果车辆发生全部损失，保险公司将根据出险时车辆的实际价值，在保险单该项目所载明的保险金额内进行赔付。需要注意的是，该保险的绝对免赔率为百分之二十。
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