参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。
一、门诊费用报销程序
参加新农合的农民持合作医疗证和卡在乡、村两级定点医疗机构就诊时，由定点医疗机构直接减免门诊补偿费用，门诊医疗总费用减去门诊补偿费用剩余部分由参保农民现金结算。
参保农民因患慢性病和重大疾病在省、市、区定点医疗机构门诊就诊时，所产生的医疗费用由参保农民的现金结算，经各乡镇合管办初审后上报至区合管办审核，审核后由户籍所在乡镇卫生院录入新农村合作医疗机构垫付资金，之后经区合管办审批后直接划拨到定点医疗机构新农合资金专户。
二、住院费用报销程序
参保农民在市内定点医疗机构住院治疗的，凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后，办理住院手续，出院时只结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。
到省外公立新农合医疗机构就诊必须在省级定点医疗机构开具转院证明。
外在务工、上学的参合人员因病住院治疗或住院分娩的，应选择当地新农合经办机构确立的公立新农合定点医疗机构住院治疗，并在住院之日起7日内委托亲属或他人，持定点医疗机构住院证明（或传真复印件）在户籍所在地乡镇卫生院办理转诊手续，出院后20日内将诊断证明、出院证明、发票、费用清单（原件）及病理复印件提供给户籍所在乡镇合管办，并在乡、村两级公开栏公式不少于15天后符合新农合报销的，由乡镇卫生院录入新农合系统给予补偿。
对于在市外定点医疗机构住院治疗的参合患者，费用在10000元以上的必须经区和高管班与所住医院联系审核无误，符合新农合报销的方可报销。
报销所需资料
1、门诊报销携带资料：门诊发票、合作医疗证历本（或病历）。
2、住院报销携带资料：住院发票、合作医疗证历本（或病历）、费用明细清单、出院小结、其它有关证明。
3、门诊特殊病报销携带资料：门诊发票、特殊病种合作医疗证历本。
4、办理特殊病种携带资料：特殊病种门诊治疗建议书，合作医疗证历本、病历、有关化验报告单、照片二张。