1、根据《医疗保障法（征求意见稿）》第十六条，“健康体检”费用不纳入“基本”医疗保险基金支付范围（请特别留意“基本”两个字）。
2、医保局鼓励建立多层次的医疗保障，具体请见《医保法》第十九条至第二十四条，在这一指导精神的引导下，深圳市社保局出台了《深圳市社会医疗保险办法》，根据《深圳社保法》第四十八条：基本医疗保险一档参保人个人账户积累额超过本市上年度在岗职工平均工资5%的，超过部分可用于支付健康体检费用。
根据以上两点，因此出现了你碰到的情况：北大深圳医院能够用医保卡支付体检费用。但实际情况描述得更准确点应该是：医疗卡个人账户超过6388元以上部分可以用于体检。
深圳这么做法其实就是保障参保人的基本医疗需求，推动深圳市实行多层次、多形式的社会医疗保险制度。
根据你的经历，你还发现了深圳北大医院的体检费用比美年贵很多，我相信这是深圳社保局正在解决的重要问题。
医保报销并没有规定只能报销公立医院的费用，其实国家一直鼓励社办机构纳入医保定点。目前民营机构纳入医保定点的增长速度有点落后于居民在民营机构的医疗费用增长速度。这会导致居民用社保卡支付的话不能享受到最优质低廉的服务。这一问题是社保局要重点解决的。
你碰到的就是一个很典型的案例，如果美年不纳入医保定点，就算美年体检费比北大深圳医院便宜很多，可能很多居民都选择去北大深圳医院体检，看似居民“省钱”了，但实际大大增加了深圳医保的负担。
很可喜的是，截至2021年7月31日，深圳社保局已经将深圳两家美年体检店纳入了医保定点，这两家分别是：“深圳美年大健康健康管理有限公司中港城门诊部（深圳市福田区福保街道福强路中亚美食城三层A01G-A16）”和“深圳美年大健康健康管理有限公司美年门诊部（地址：深圳市南山区科发路金融服务技术创新基地二栋12楼ABCDEF）”。