医疗机构如要申请定点医疗机构资格，必须同时满足以下条件：一是经卫生行政部门批准并取得《医疗机构执业许可证》或经军队主管部门批准有资格开展对外服务;二是属于以下规定类别的医疗机构：
(1)综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医医院、专科医院;
(2)中心卫生院、乡(镇)卫生院、街道卫生院、妇幼保健院(所);
(3)综合门诊部、专科门诊部、中医门诊部、中西医结合门诊部、民族医门诊部;
(4)诊所、中医诊所、民族医诊所、卫生所、医务室;
(5)专科疾病防治院(所、站);
(6)经地级以上卫生行政部门批准设置的社区卫生服务机构。
职工基本医疗保险实行定点医疗机构管理。参保人员要在基本医疗保险定点医疗机构就医、购药，也可凭处方到定点零售药店购药。在非定点医疗机构就医和非定点药店购药发生的医疗费用，除符合转诊等规定条件外，基本医疗保险基金不予支付。
允许参保人员在定点医疗机构范围内提出个人就医选择意向，在很大程度上为参保人员提供了方便。参保人员在选择定点医疗机构时，不仅兼顾了综合与专科、中医与西医、基层与高级的需要，而且，还从数量上扩大了定点医疗机构选择面，并允许参保人员根据病情提出更换意向。
获得定点资格的专科医疗机构和中医医疗机构，可作为统筹地区全体参保人员的定点医疗机构。除获得定点资格的专科医疗机构和中医医疗机构外，参保人员还可再选择3至5家不同层次的医疗机构。有管理能力的地区，参保人员选择的数量还可扩大。1年后参保人员对选定的定点医疗机构还可再提出更改要求。
基本医疗保险参保人员在选定的定点医疗机构就医，并可自主决定在定点医疗机构或者持处方到定点零售药店购药，如果参保人员选择在定点零售药店购药，定点医疗机构应及时在医生给参保人员开具的处方上盖章证明，以方便参保人员购药。参保人员在非选定的定点医疗机构就医发生的费用，基本医疗保险基金不予支付。
参保人员在不同等级的定点医疗机构就医时，还要执行统筹地区劳动保障行政部门制定的转诊、转院管理办法。原则上，综合医疗保险参保人应在市内定点医疗机构就医。参保人患社会保险机构指定病种需到本市市外定点医疗机构就医的，应到市社会保险机构指定的定点医疗机构开具异地就医介绍信，并办理异地就医手续。一般情况下，参保人在定点医疗机构诊治时有下列情形之一的，可申请转往市外医疗机构就诊：(1)所患病种属于劳动保障部门公布的转诊疾病种类;(2)经本市三级医院或市级专科医院检查会诊仍未能确诊的疑难病症;(3)属于本市三级医院或市级专科医院目前无设备或技术诊治的危重病人。
符合市外转诊条件的综合医疗保险、住院医疗保险参保人，申请转往市外医疗机构就诊的，应当按以下程序办理转诊(院)手续。关于手续各地有不同规定，以深圳市为例：(1)由本市收诊的三级医院或市级专科医院的主诊医生提供病历摘要，提出转诊理由;(2)由主诊医生填写一式两联的《深圳市社会医疗保险市外转诊审核申请表》;(3)由转出医院科主任签署意见，交医务办或医保办审核并加盖医院公章后，属于定点医疗机构自行核准的疾病，可以转往市外医疗机构诊治;属于市社保机构核准的疾病，经核准后可转往市外医疗机构诊治。接受转诊的医疗机构应当是转出医疗机构同级或以上的非营利性医疗机构。