近年来，专利申请具有十分重要的意义，不仅仅是企业用于防范自身提升形象的重要武器，也是个人获得产权保护的重要方面。但在专利申请过程中，常常容易忽略一些问题，这些问题归结起来，主要有以下一些方面：
1、自主研发产品无需申请专利就能获得保护
一些创业者或者发明人认为，只要是自己研发的产品，无需申请就能获得保护，甚至认为在公开场合发表了，就表示拥有了该项知识产权的保护。专利是一种垄断权，以在先申请为原则。也就是说，自主研发的技术成果如果不申请专利，就得不到法律确认和保护。一旦出现侵权行为，该项自主研发成果是无法获得法律保护的。
特别值得一提的是，在我国，专利申请采用的先申请原则，具有创造性、新颖性和实用性的发明创造谁先申请，专利就授予谁。所以，发明人如不及时申请，而被他人抢先申请并被授予专利权，就无法追究他人的法律责任，甚至自己会成为被告，这样的案例数不胜数。因此，一旦有合适的产品，就有必要尽快申请专利，以便获得保护。
2、产品大规模生产或运营后不再申请专利
3、创意没有成型的产品或者投入生产，无需申请专利
4、一个产品仅仅申请一项专利
5、担心技术一旦申请专利就会泄密，甚至会被盗用而忽视专利保护
很多申请人认为，一旦自己的东西交给代理人办理，就会存在泄密的可能性；还有的人认为，一旦专利公开，就会被泄密。这个问题其实就是一个信用度问题，实际上，代理人需要接触到的技术很多，如果都这样泄密客户的资料，违背了基本的职业道德，在从业层面也是无法长久的，一些这样的公司也迟早会被客户举报，无法长久的。当然，个别机构个人代理人作风不正，但这不是主流，不能因为以偏概全，忽略自己专利的申请保护，采用合适的约束机制，多了解，是可以避免这个问题的。
专利保护与商业秘密保护各有利弊，需要根据情况慎重选择。申请专利，当别人侵权时可以通过法律的强制性制裁侵权人保护专利权人的利益；不利之处就是必须充分公开技术方案，公开到使这一领域的普通技术人员能通过公开的技术方案加以实施的程度，这就给别人提供了在此技术方案基础上进一步研发的机会。如果技术成果采用技术秘密加以保护，不用像申请专利那样公开技术方案，如果保护措施得当，别人难以了解。它的不足之处就是，一旦因为技术持有人保护不力导致泄密或被他人窃取，就很难追究他人的责任。或者他人也开发出同样的技术并申请了专利，你再用这一技术就构成了侵权。
因此技术成果持有人需要在专利保护和技术秘密保护两者之间加以权衡，选择合适的方式。对那些容易保密、他人难以知晓的技术成果可以采用技术秘密保护，可口可乐的配方就是如此，直到今天仍处于很好的保护之中。而对那些业内行家看一眼就明白、很难保密的技术成果最好采用专利保护。
6、获得了专利证书等于有效的专利权
因此，获得了专利证书，并不代表你的专利是真正有效的专利，只是代表国家知识产权行政机关对该专利申请的批准。只有在你的专利有效期内没有人对你的专利提出无效宣告或者有人提出无效宣告但复审委员会经过复审后维持了你的专利权，此时你的专利才是真正有效的专利。因此，获得了专利证书也不能高枕无忧，特别是在后续还需要注意缴纳年费，维持有效。专利不同于商标，每年需要缴纳年费，如果错过了期限，就会导致专利失效。
一些申请人提交的专利申请文件非常简单，有的甚至只有几句话，技术方案完全没有交待清楚，导致代理人无法撰写出合适的专利申请文本。有些申请人会以技术保密为由回避，害怕更多的材料泄密。这就是没有把握好保密与公开的度。他们一味要求保密，却忽视了公开不充分的问题。大量的案例表明，如果一件专利申请被审查员以技术方案公开不充分为由而发出审查意见通知书，则这件专利申请基本上要被驳回。