第1，它的检测通量很大，一次可以检测几十万到几百万个SNP位点
第2，它的检测准确性很高，它的准确性可以达到99.9%以上
第3，它的检测的费用相对低廉，大约一个90万位点的芯片（每个样本的）检测费用在一、两千人民币
Illumina的生物芯片，由2部分组成：第1是玻璃基片，第2是微珠。
这个玻璃基片，它的大小和一张普通的载玻片差不多大小，它起到的作用，就是给微珠做容器。
在这个玻璃基片上，通过光蚀刻的方法，蚀刻出许多个排列整齐的小孔。每个小孔的尺寸都在微米级，这些小孔是未来容纳微珠的地方。小孔的大小与微珠正好相匹配，一个小孔正好容纳一个微珠。
微珠是芯片的核心部分，微珠的体积很小，只有微米级。
每个微珠的表面，都各偶联了一种序列的DNA片段。每个微珠上，有几十万个片段，而一个珠子上的片段，都是同一种序列。
这些DNA片段的长度是73个碱基，而这73个碱基又分成2个功能区域。
靠近珠子的这一端的23个碱基的序列，被称为Address序列，它也是DNA片段的5'端。它是标识微珠的标签序列。标签序列，通过碱基的排列组合，得到许多可能，每种序列，就是相应微珠的身份证号码（ID号）。
DNA片段上离珠子远的那一端的50个碱基，也就是3'端的序列，被称作Probe序列，它的作用，是与目标DNA进行互补杂交。
又因为Address序列和Probe序列有着一一对应的关系，这样，也就知道了每个小孔当中，有哪种Probe。反过来说，也就知道了每种Probe分布在哪几个小孔中了。
所以，Illumina公司出厂的每一张芯片，都要跟一个“.dmap”文件。这个.dmap文件，标注了每一张芯片上，每一个微孔当中，分别是哪种微珠。
用户做完芯片实验，得到扫描数据后，要从Illumina的网站上下载这张芯片的对应dmap文件，然后才能解读这张芯片。
在一张芯片的一个反应（样本位）当中，每种珠子平均有约15颗或更多。
说完了Address序列的功能，接着我们来说Probe序列的功能。
Illumina的生物芯片扫描仪，是扫描2种（荧光）颜色的：红色和绿色。而碱基有4种：A、C、G、T，要用2种荧光颜色，在一次实验当中，就区分出四种碱基，就需要一些巧妙的设计。
在Illumina的SNP芯片Probe设计上，先把要检测的位点，分成2种情况。
第一种情况是比较简单的，我们先举例来说明。如果一个SNP位点的野生型是“G”，突变型是“A”，那么就设计一个探针。这个探针的3'端的最末一个碱基，就挨着这个SNP位点。在
接着加入绿色荧光标记的链霉亲合素，红色荧光标记的抗DNP的抗体。绿色荧光标记的链霉亲合素与生物素特异地结合，让带生物素的C、G碱基显出绿色。红色荧光标记的抗DNP的抗体与DNP结合，让带DNP的A、T碱基显出红色。
并且进一步加入生物素标记的抗链霉亲合素的抗体、和DNP标记的，抗异种抗体FC端的抗体。加入这两种抗体的作用，是使荧光信号得到进一步的级联放大。
抗体结合完了之后，经过清洗，把游离的抗体都给洗掉。在扫描仪下进行扫描。
如果发出的光是绿光，就说明这个SNP结合的位点，是个“G”碱基的纯合子。如果发出的是红光，就说明这个SNP位点是个“A”碱基的纯合子。如果既有红光、又有绿光，而且两种颜色的光的光强差不多，就说明这个SNP位点是一个“A”和“G”的杂合子。
那么，接下来，你就会想，对于A：T，或者C：G型的SNP位点，该如何来区分。因为“A：T”会有同样的红色荧光，“C：G”也会有同样的绿色荧光。
好，接着我们就来说，这第二种情况的SNP位点的区分方案。
刚才我们说了，第一种SNP位点的区分方案，是把探针设计到紧挨着SNP位点，但留出SNP位点，让下一个延长的碱基，按照互补原则，根据SNP位点的碱基来生长。
那么，这第二种情况的SNP，在设计探针的时候，最后一个碱基，是盖在SNP位点上的。而且是设计2种探针，如果SNP位点是“A”和“T”，那么探针也设计“A”和“T”。并且分别盖在SNP位点上面。
这2种探针，在与目标DNA片段结合的时候，如果最后一个碱基是互补的，那么接下来的延伸反应就会发生，新的带标签的双脱氧核苷酸就会被加到探针链上。再接下来，就会被荧光抗体染色，在激光扫描的过程当中，就会发光。
激光扫描的结果，如果末尾是A碱基的探针发光，而末尾是T碱基的探针不发光，那么说明目标SNP位点上是一个“T”的纯合子；反之，则是“A”的纯合子；如果A和T的探针都发光，而且发光强度差不多，那说明SNP位点上是一个“A”和“T”的杂合子。
理解了Illumina的SNP芯片的工作原理，也就理解了它为什么准确率比较高。因为它是通过“红”或“绿”，和“有”或“无”，来区分一个SNP位点到底是哪种碱基的。2.Affymetrix芯片原理
今天，会和大家谈一下Affymetrix公司的生物芯片.
Affymetrix公司是著名的生物芯片公司,它的芯片当中包含了：RNA表达量分析（表达谱芯片）、SNP检测（基因分型）、拷贝数变异（CopyNumberVariation，CNV）、smallRNA、甲基化等多种芯片。
今天我们会和大家介绍，它应用得最广的两种芯片：表达谱芯片、和SNP分型芯片。
首先，我们介绍一下Affymetrix的（生物芯片的）仪器，目前在售的仪器，主要有4个机型，从小到大，分别是：
1.GeneAtlas
2.GeneChipScanner30007G（简称：7G）
3.GeneChipSystem3000DX2（简称：DX2）
4.GeneTitan
GeneAtlas是一个小型系统，它主要可以扫描4张芯片一组的小芯片条。它的特点是：经济、易用。
GeneChipScanner30007G（7G）和GeneChipSystem3000DX2（DX2）。是一款机器的2个版本，其中，“7G”版是科研型版本、“DX2”是临床版本。其中，DX2已经取得了美国FDA和中国CFDA的认证。
GeneTitan是新机型，它的通量更大，自动化程度更高。平均到每个样本的检测成本更低。
GeneTitan在生物样本库项目（BioBank）当中，应用很多介绍完仪器，接下来，我们来介绍Affymetrix芯片的制造过程。
制造原理
它（生物芯片）的基片，是一张大的玻璃片，称为：“Wafer”。
首先，在玻璃基片上加上保护基团，也就是玻璃板上的这些蓝色小帽子。这些保护基团，它可以阻止接下来的DNA的延长反应。同时，这些保护基团是对光敏感的。
一旦受到紫外光的照射，这些保护基团就会从所连着的羟基上掉下来。把羟基给暴露出来。
接下来，进行光刻。我们以玻璃基片上3*2的6个小格子，这样一个小区域来说明光刻的过程。
先用一个光罩（mask1）来遮住一部分的玻璃板区域，在光罩上，是一系列排列整齐的小方格。
紫外光透过光罩（Mask1），照到玻璃基片上。这些透明的格子所对应的地方，保护基团被紫外光照射到。
光敏的保护基团就从原来所连的羟基上掉下来，而那些不透明格子所对应的地方，因为没有被光照到，保护基团依然连接在原来的羟基上。
接下来，把要连的碱基底物加到玻璃基片上，这里第一个要加的碱基是“A”碱基，玻璃基片上刚才被光照射过的，去掉了保护基团的地方。
就会与新的A碱基结合，这样，A碱基就连接到玻璃基片上。
而刚才被光罩上不透明的区域所覆盖的，还留有保护基团的地方，就不会与新加入的“A”碱基进行结合。
请注意，这里新加进来的A碱基，也带着一个保护基团。
接着，进行第2轮的光刻，也就是拿第二张光罩盖Mask2，盖在玻璃基片上。
紫外光再次透过光罩，照到玻璃基片上。但是请注意，这第二张光罩上的透明与不透明格子的分布。
是与第一张光罩不一样的，在第二次光照射之后，玻璃基片上对于应于第二个光罩透明的部分，上面的保护基团就掉了。
然后，我们把第二轮要种的T碱基铺到玻璃基片上，玻璃基片上，那些在第二轮光照射当中，去掉了保护基团的位置，就会长出一个T碱基。
再接着，用Mask3进行遮盖，进行第3轮的光照射，然后，加上C碱基。
这些DNA链，就是探针，这些探针，会在后面的实验当中，与目标DNA链或者RNA链，进行杂交、结合。
Affymetrix公司芯片上的的探针，都是3’端连到玻璃基片上的。
Affymetrix的芯片当中，做表达谱的芯片，也就是测RNA表达量的芯片，探针的长度是25个碱基，而做SNP分型的芯片，探针的长度是30个碱基。
每个Feature上会有几百万条相同序列的DNA探针。
这样一张大的玻璃基片，在种好所有的DNA链之后，就被裁切成一小片一小片的玻璃片，每张小玻璃片上都有一套完整的探针。每一张小的玻璃片，加上了辅助液流的外壳，再打上相应的标识，就成了一张生物芯片。
Affymetrix公司的芯片，它所有设计的探针，都在确定的位置。在最后的芯片判读过程当中，
也是通过光点的空间位置，来知道测到的是哪个探针。
RNA芯片实验原理
接下来，我们介绍芯片的实验原理。我们先来说，表达谱的实验原理。
Affymetrix的表达芯片，分成传统的InVitroTranscription芯片，也就是IVT芯片（InVitroTranscription的缩写），和新一代的WholeTranscriptome芯片，也就是WT芯片（WholeTranscriptome的缩写）。
比较著名IVT类的芯片，有经典的U133芯片，和较为经济的PrimeView芯片。
而WT芯片是用随机引物和T7逆转录酶来得到cDNA的，所以，它得到的cDNA会覆盖转录本上更多的区域，相应地，它的探针也是针对基因的整个转录本来进行设计的。
WT芯片的好处：
一、是它可以覆盖转录本上更多的区域，实验结果的代表性就会更强。
二、是它可以针对因为差异剪接所形成的不同转录本，分别设计探针，这样，就可以知道不同的转录本的表达量的变化了。
三、是它可以检测到长链非编码RNA（LongNon-CodingRNA,LncRNA)
比较著名的WT芯片有HTA2.0、Exon1.0、Gene2.0/2.1等。
接下来，用掺有生物素标记的UTP的聚合反应底物，也就是ATP、CTP、TTP，再加上生物素标记的UTP，形成的4个单核苷酸的混合物，进行体外转录，转录得到cRNA(comple-mentaryRNA)。
因为转录的原料中含有被生物素标记的UTP，所以转录出来的cRNA片段就是带有生物素标签。
然后拿这些cRNA片段与芯片进行杂交，cRNA与芯片上的探针，依照碱基互补的原则进行杂交，杂交完了之后，用标记了藻红蛋白的链霉亲合素，也就是SAPE，对芯片进行染色（streptavidin-phycoerythrin，SAPE）。
然后，再加入标记了生物素的抗链霉亲合素抗体，抗体就亲合吸附到那些已经吸附在cRNA上的链霉亲合素上。
亲合吸附完成之后，再加入SAPE。对芯片进行二次染色。
SAPE就吸附到抗体上的那些生物素上，通过上述的再次染色，可以把更多的藻红蛋白吸附到目标cRNA片段上，以增加荧光的强度。
化学反应完成之后，就可以把芯片拿到扫描仪上进行激光扫描了。
激光扫描之后，得到一张有着密密麻麻光点的图片，这张图片也就是荧光信号的矩阵，光点的X、Y轴的位置，也就是探针的ID号。
SNP分型芯片实验原理
说完了表达谱芯片，我们接下来说基因分型芯片，也就是SNP分型芯片。
Affymetrix公司的SNP分型芯片有两种实验原理：新的是Axiom芯片，是基于连接反应的；而老的卡式芯片，是基于目标DNA片段与探针序列进行杂交。看序列是否完全配对。
第一种探针是芯片上的捕获探针，它是30个碱基的长度。它起到的作用是把目标DNA片段，固定到芯片表面。
第二种探针是显色探针，它负责对SNP芯片进行显色。
我们先来看显色探针的设计，显示探针共分成四组，A、C、G、T各一组探针。它们都是9个碱基的长度，它们的3’末端的第一个碱基是特异的，而从第二个碱基到第9个碱基都是简并的。
这其中，3’端是C、或者G的，设计成5’端带一个生物素标签。也就是最后会被染成红色荧光。
而3’端是A、或者T的，5’端被设计成带另外一种标签，最后会被染色绿色荧光。
接下来，我们以一个“G:T”型的SNP位点为例，来进行说明。
在设计这个SNP位点的探针的时候，所设计的捕获探针，是正好到SNP位点旁边的一个碱基。
实验过程进行两轮杂交。
第一轮杂交，是目标DNA与芯片进行杂交，结果是芯片上的捕获探针会抓到相匹配的目标DNA片段，接着加入显色探针，进行第二轮杂交。
这一轮杂交，把显色探针，杂交到目标DNA片段上。
然后用连接酶进行连接，因为连接酶会对连接位点的前后几个碱基进行识别。
只有前后几个碱基都完全匹配，连接反应才会发生。
所以，利用连接酶的这种识别作用，让只有与目标DNA片段互补的显色探针，才会被连接酶连接到捕获探针上去。连接反应完成之后，把游离的显色探针都给洗掉。
再用带荧光标记的染色试剂进行染色，刚才连到捕获探针上的生物素标签，就在这个染色过程中被染上红色荧光（染料）。
染色完成之后，就可以用在激光扫描下对芯片进行扫描了，扫描过程当中，如果看到这个探针上所发出的光是单纯的红色，就可以判断这个位点的SNP型是“G”型纯合子。如果发出的荧光是单纯的绿光，那么就可以判断这个SNP位点是个“T”型纯合子，如果发出的光，既有红光，又有绿光；而且红光、和绿光的光强差不多，则可以判断这个SNP位点是个“G”和“T”的杂合子。
同样的道理，对于A：C、A：G、T：C、T：G，这4种SNP情况，因为不同的基因型会发出不同颜色的荧光，所以只要看荧光的颜色、和荧光的光强，就可以分辨SNP型了。
那么对于"A:T"或者"C:G"型的SNP位点，就需要用不同的检测方案，因为A/T探针都是绿色荧光，而C/G探针都是红色荧光。
Affymetrix对这2种SNP型，另外设计了相应的检测方案。我们拿“A:T”型的SNP来说明。
它针对“A”设计一个探针，再对“T”。设计一个探针。而这里设计的探针，它是盖到SNP位点上的。
请注意，这与之前第一种情况所设计的探针（颜色差异探针）不同，之前的探针是设计到SNP位点的旁边，而不是盖到SNP位点上。
这里，我们以一个5’端最后一个碱基为“A”的捕获探针为例，来看它上面所发生的化学反应。在经过第一轮的捕获杂交后，目标DNA片段与之发生杂交。
再经过连接反应，显色探针上的标签就连到了这个捕获探针上。反之，如果目标DNA片段上这个SNP位置上是一个“A”，那么它与捕获探针上的“A”是不匹配的。
那么在第二轮的杂交过程当中，虽然会有显色探针会停在它的旁边，但是，连接反应过程当中，因为连接酶要求严格的碱基匹配，所以连接反应不会发生。
停在它旁边的显色探针因为不能共价地连到捕获探针上。所以在接下来的洗脱过程当中，就会被洗掉。
这样，在激光扫描过程当中，如果这个探针上发出荧光，则说明对应的SNP位点上有“T”碱基。如果这个探针上不发出荧光，则说明对应的SNP位点上没有“T”碱基。
然后，再来看芯片上另一个对应的，5’端最后一个碱基为“T”的捕获探针：如果它发光，则说明SNP位点上有“A”；如果它不发光，则SNP位点上没有“A”。
把两个探针的发光情况综合来看，如果两个探针都发光，则说明这个SNP位点是一个“A”和“T”的杂合子。如果5’位末端是A碱基的探针有上荧光，而5’位末端是T碱基的探针上没有荧光，则可以判断这个SNP位点上是一个“T”的纯合子。反之，这个SNP位点是一个“A”的纯合子。
如果理解了A:T型SNP的区分原理。当然也就很容易理解C:G型SNP的区分原理了。
上述就是Axiom的检测原理，归纳一下：就是通过连接酶，对连接位点上碱基匹配的情况进行识别。只有碱基匹配，连接反应才可以发生。
如果碱基不匹配，则连接反应不能发生。
在Axiom的芯片当中，CHB1和CHB2是两款很常用的、针对中国人的SNP分型芯片。
它们有130万个SNP位点，而（Affymetrix公司的）卡式SNP芯片的原理，与Axiom的检测原理，是略有不同的。
卡式芯片不是以连接反应是否发生，作为检测的依据。
而是检测目标DNA片段，与捕获探针，之间的杂交结果。
在探针设计当中，对SNP的两种情况都设计相应的探针。
在实验过程当中，先把基因组DNA分成2份。一份用NspI酶进行消化；另一份用StyI酶进行消化。
基因组DNA被消化成片段，之后，在两头连上接头。
进行PCR扩增，PCR扩增完了。之后，会得到长度主要分别在200BP～1100BP之间的扩增片段。
然后再用酶把PCR扩出来的DNA片段进行（再次）片段化。片段化完了之后，所得到的，应该是平均长度小于180BP片到的的片段。
接着用末端核苷酸转移酶（TerminalDeoxynucleotidylTransferase），把带有生物素的单核苷酸，加到目标片段上。
然后，把这些带了生物素标签的目标DNA片段。与芯片进行杂交，再染色、扫描。
目标DNA片段与捕获探针杂交的，过程当中，遵循碱基互补原则。如果完全匹配，则杂交效率高。杂交到捕获探针上的目标片段就会多。反之，如果有一个碱基是不匹配的，那么杂交效率就会低许多，杂交到捕获探针上的目标片段，也就会少许多。
接下来，再经过染色，染色完了之后，进行激光扫描。
扫描过程当中，能发出荧光的探针，说明样本当中有对应基因形的DNA，如果探针不能发出荧光信号，或者发出的荧光信号很弱，则说明样本当中没有对应基因型的DNA。
如果一个SNP的两种荧光探针都发光，而且发光强度差不多，则说明样本在这个位点是一个杂合子。
以上就是卡式SNP芯片的检测原理，在卡式SNP芯片当中，“SNP6.0”是一款很经典的芯片。
它上面有90多万个SNP位点的探针，并且同时还有94万个拷贝数变异探针。
软件
Affymetrix分析表达谱的软件。
主要是用的Transciptomeundergaltetede软件，简称TAC软件分析基因分型的软件，主要是用GenotypingConsole软件。
除了表达谱芯片、和基因分型芯片之外。
Affymetrix公司还提供：microRNA芯片、基因调控芯片、拷贝数变异芯片
分子细胞遗传学芯片、药物遗传学芯片等，多种芯片。并且提供客户定制化服务。
3.Agilent生物芯片原理
今天，会和大家谈一下Agilent公司（安捷伦公司）的生物芯片。
Agilent的生物芯片（系统）和别的公司的生物芯片（系统）一样，同样由：扫描仪、生物芯片、分析软件，三部分组成。
Agilent的芯片扫描仪，叫SureScanDX。SureScanDX已经取得了欧洲的CE认证，和中国的CFDA认证，可以应用于临床。
生产工艺
接下来，我们介绍Agilent的芯片。首先，我们来看Agilent的芯片合成工艺。
Agilent芯片的基片是一个玻璃片。它的大小和一张标准的病理载玻片一样大小。
它的芯片制作过程，是用和喷墨打印一样的技术来进行制作的。喷墨打印机，是在墨盒里面是装了“红、黄、蓝、黑”四种颜色的墨水。而Agilent打印生物芯片的墨盒里面，是用带保护基团的A/C/G/T四种碱基底物，来代替了颜色墨水。
分别含有4种碱基底物的小液滴，被按照设计的探针序列，依次、层叠地喷到玻璃板的确定的位置上。
先把一个碱基，喷到玻璃板上，然后，再喷上第二个碱基，让两个碱基之间发生偶联。
接下来，进行氧化，把亚磷酸基团氧化成磷酸基团。
然后，把连在第二个碱基5’位羟基上的DMT保护基团给去掉。这样，留下一个自由的5‘位羟基。有了这个羟基，就可以进行下一步的延伸反应了。
不断重复这个过程，DNA链就会不断地延长。
Agilent的这个DNA链合成技术，每一步的合成效率都非常高，可以达到99%以上。这让Agilent可以在芯片上，得到很长的DNA链。最长，可以达到300个碱基的长度。
Agilent的这个方法得到的DNA链，它是3’端连到玻璃基片上的。
Agilent的这个基于打印原理的芯片合成技术，给予Agilent公司在制作不同序列的探针的时候，有着极大的灵活性。只要更换芯片探针的设计文件，就可以轻松地制作出一张全新序列的芯片来。因此，Agilent公司在接受客户定制化芯片的时候，可以接受少到“1张”芯片的定制化订单。
Agilent（目前）生产的芯片，可以根据点阵密度的不同，分成密度较低的HD芯片、和高密度的G3芯片。
HD芯片，一张芯片上最多可以有24万4千个点,高密度的G3芯片，一张芯片上最多可以有1百万个点。
而一张芯片上，又可以根据点阵的分区的情况，区分成：1个区的、2个区的、4个区的、和8个区的。分的区越多，则一张芯片上，可以同时检测的样本数就越多。但是分区越多，每个样本可以检测的数据点就越少。
CGH芯片
说完了芯片制造的过程和大体规格，接下来，我们介绍Agilent芯片的应用。
我们先来说CGH芯片，也就是“ComparativeGenomicHybridization”芯片。翻成中文，就是“比较基因组杂交”芯片。
CGH芯片，主要是检测：杂合性缺失（LOH）、单亲二染色体（UPD）、和拷贝数变异（CNV）。
先说一下，什么叫“杂合性缺失”。它的英文是“LossOfHeterozygosity”，简称“LOH”。
正常情况下，常染色体上的一个区段，都会有来自于父亲、和母亲的各一个拷贝。
杂合性缺失是肿瘤发病的重要病因。
单亲二染色体，也就是“UniparentalDisomy”，简称“UPD”，是杂合性缺失的一种特殊形式。也就是一对染色体，都是来自于父亲、或者母亲中的一方，而把另一方的对应染色体，全部给缺失了。
这种变异的危害，和杂合性缺失的道理是一样的。只是因为它丢的是一整个染色体，所以致病的可能性会更高。
拷贝数变异，CopyNumberVariation，简称“CNV”，是指一小段染色体片段的缺失，或者额外增加。
CGH芯片，主要就是检测这三种突变：“LOH”、“UPD”、和“CNV”。
而用生物芯片的方法，则可以极大地提高检测上述突变的分辨率、和灵敏度。分辨率最高可以达到发现一个外显子的增加、或者缺失。
AgilentCGH生物芯片工作的原理，就是把样本的DNA片段化，标上红色荧光素“Cy5”；同时，再把来自几十个正常人的基因组DNA，混成一个标准DNA样本，取同样的DNA量，同样片段化，标上绿色荧素“Cy3”。
然后，把这两种标了荧光素的DNA片段，混合在一起，在同一张芯片上进行杂交。
接下来进行激光扫描，比较红光荧光与绿光荧光的光强。
所得到的光强比值，换算成以2为底的Log值。
如果在一个探针上，Log值接近于“0”，也就是说，红光与绿光的荧光光强差不多，那么，可以基本断定，在这个位置，样本中是有2个基因拷贝。
如果在一个点上，Log值大约等于“1”，也就是说红光的光强，是绿光的2倍，那么说明，样本在这个位置的拷贝数，可能是标准品的2倍。也就是说，样本在这个位置，可能有4个基因拷贝，比正常情况多出了2个拷贝。
同样道理，在一个点上，如果Log值小于等于“-2”，也就是说，红光的强度只有绿光强度的“1/4”，甚至更低，那么说明，样本在这个位置的2个拷贝，可能都丢失了。
因为来自一个点的荧光的光强变化，可能会带有一定的偶然性，所以，一般是看染色体空间位置上相邻的三个点（或者更多的点），如果这三个点的荧光比值，都发生同一个方向的偏离，就可以作为判断这一段有拷贝数变异的证据。
说完了拷贝数变异，我们进一步来看LOH和UPD的情况。因为LOH（杂合性缺失）和UPD（单亲二染色体），并不会改变某一区段的基因拷贝数，所以，就有必要加入SNP分析，来探测LOH和UPD。
如果染色体的一个区段内，同时有大量的杂合子存在，那么一般可以判断，这个区域没有发生LOH；反之，一个区段内，如果都是纯合子，那么，很可能这个区段内是发生了LOH（杂合性缺失）。
Agilent的CGH芯片，区分SNP位点的方法，是通过“酶切+杂交”。
把基因组DNA，用AluI和RsaI两种限制性内切酶进行消化。
我们以AluI这种酶为例，它切的位点是“AGCT”。
如果基因组上的这个位点是CGCT的纯合子，那它就不会被酶切断。在后面杂交的过程当中，因为DNA链保持了完整的长链，所以与探针的吸附能力就强，最后，（在激光扫描中），就得到高强度的荧光信号。
如果基因组上这个位点，是CGCT和AGCT的杂合子，那么AGCT就会被切断，而CGCT保持完整。在后面与探针的杂交过程当中，保持完整长链的链，可以杂交到探针上去，而被切断链，它与探针杂交的序列就变短了，这样，它与探针的吸附力就减弱，在后面的洗脱过程当中，这个短链就会被洗掉。这样，2个等位基因链中，只那个没有被切断的长链会留在探针上，所以，最后的（激光扫描得到的）荧光强度，只有中等的强度。
如果基因组上这个位点是一个AGCT的纯合子，那它就会被酶完全切断。并且在杂交（洗脱）过程当中，它就会被洗脱掉，最后，探针上就没有荧光，或者荧光强度非常低。
这样，通过“酶切+杂交”，CGH芯片就可以分辨出基因组上的SNP位点，并且进一步判断是否有LOH或者UPD发生。
Agilent的最常卖的CGH芯片，是它的8*60K（SurePrintG3HumanCGHMicroarrayKit,8x60K）、和4*180K的芯片（SurePrintG3HumanCGHMicroarrayKit,4x180K）。
Agilent分析CGH芯片数据的软件，是CytoGenomics软件。
表达谱芯片
接下来，我们说Agilent的表达谱芯片。
Agilent表达谱芯片的检测原理，是IVT原理，也就是“InVitroTranscription”原理。
首先，用带有T7启动子序列的Poly（T）引物，与mRNA的Poly(A)尾巴结合，（逆）转录出第一链的cDNA。然后，再转录出第二链的cDNA，这样，就得到了双链cDNA。
这个双链的cDNA是带有T7启动子的，接下来，就用这个T7启动子转录出cRNA来。cRNA是complementaryRNA，也就是“互补RNA”。
在转录出cRNA的过程当中，所用的底物是特殊的。在4种碱基当中，C碱基不是天然的CTP，而是用标有Cy3荧光基团的合成CTP。这样，Cy3荧光基团就在体外转录过程当中，被带入到新合成的cRNA链当中去了。
接下来，把这个cRNA链与芯片进行杂交，杂交完了之后，在激光扫描仪下看每个点的荧光强度。根据每个探针点的荧光强度，反推出对应基因的RNA表达量来。
Agilent的表达谱芯片有以下几个特点：
第二，它的检测线性范围更大，可以达到10的5次方。相比之下，别的做表达谱的芯片平台的检测范围，一般只有10的3次方。也就是说，对于低表达的基因，安捷伦芯片的灵敏度更高。它可以检测到比别的平台低10倍的低表达量，对于高表达量的基因，Agilent芯片的检测量程更宽。它可以比别的平台，更准确地测到高10倍的高表达量。
第三，Agilent的表达谱芯片上的探针，是60个碱基。因为有了比别的芯片平台更长的探针，所以它的检测特异性会更好。
Agilent公司最常卖的人表达谱芯片，是：SurePrintG3HumanGeneExpressionv38*60KMicroArrayKit。
安捷伦分析表达谱的软件，是GeneSpring软件。
Agilent公司除了提供：CGH芯片、和表达谱芯片之外，还提供：microRNA芯片、甲基化芯片、ChIP芯片、基因合成用的OligoLibrarySynthesis芯片。有兴趣的同学，可以向Agilent公司咨询（www.agilent.com.cn）。