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进入日本时的手续—在机场的入境手续
到达日本的机场后，需要接受入国审查，审查通过后，才能正式允许进入日本国内。
在入国审查时，需要提供贴有签证的护照和在留资格书(接受受理的情况)、ED卡(出入国记录卡：通常在飞机中分发，在到达机场之前填写完毕即可)，同时会进行指纹和面部照片的录入。通过了入国审查之后，将会给长期待在日本的外国人发放在留卡。
在留卡的发放有两种方式
一种是入关时直接发放，这种情况适用于从东京等地的大型机场入境的外国人。
另一种则是，如果在地方性的机场入境，则机场的工作人员会在护照上盖上「在留カード後日交付」(在留卡日后发放)的印章，在外国人通过地方政府登陆完毕个人住址之后的一周之内，通过邮寄的形式发放在留卡。
另外，对于长期待在日本的外国人，在得到入境许可之后，从确定住址的两周之内，必须前往所在地的政府机构递交迁入申请。
对于长期居住在日本的外国人，日本规定，需要在住址确定后的14天之内，在居住地所在地，携在留卡(无在留卡的带护照即可)，去居住地政府机构，办理迁入申请即可。
临时回国或海外旅行的情况—关于视同再入国许可
自2012年7月9日起，日本实施了新的外国人居留管理制度。根据此项制度的规定，在日本具有中长期居留资格的外国人，可根据需要办理以下两种再入国手续：
一种是传统的“再入国许可”。
如果离开日本一年以后才返回，则必须到日本入国管理局申请办理此类许可。新制度下的“再入国许可”有效期上限为五年，分“一次再入国许可”(申请费用为3000日元)和“多次再入国许可”(申请费用为6000日元)。
第二种是新增加的“视同再入国许可”。
在日本具有中长期(居留期限为3个月以上，不含3个月)或具有“外交”、“公用”居留资格的外国公民，持有效身份证件(护照及在留卡)离境，并自离境之日起1年内返回日本的，可以不必办理“再入国许可”。
只要在离境前的机场、港口填写“再入国用ED卡”时，在“再入国出国记录”栏内的“视同再入国许可”(日语为“みなし再入国許可”)前打钩即可(详见下图)。
需要注意的是，利用“视同再入国许可”出境者，如果不能在1年以内返回日本，将丧失原有的居留资格，无法再入境。同时，如果在日有效居留期限已不满1年，则需要在居留期限之前返回日本。
如果未办理再入国许可手续，也没有在“视同再入国许可”前打钩，一旦出境，将失去现有的在日居留资格。如果要返回日本，则必须重新申请签证。