货物从中国起运抵达日本机场或港口，如果使用的是空运专线、空加派、快递直发等运输方式，那么货物抵达的便是日本的机场，在机场进行清关。如果货物是通过海运、海派等运输方式抵达日本，那么便抵达港口后再港口清关。
2、向日本海关提交运入申请书
抵达日本机场/港口之后，需要向日本海关提交运入申请书。海关收到运输申请书之后，会对货物进行查验、检查、审核，也就是我们所说的清关。
3、提供清关资料
提交清关资料给日本海关，包括原产地证、商检证明、货物申报以及其他特殊物品认证等文件，接受日本海关的查验。查验没有问题后，支付关税即可通关放行。查验有问题，例如申报价值不符、产品属于禁运品、产品无对应的认证文件等，那么货物便会被扣货。
4、进行关税缴纳
清关没有问题之后，我们需要根据物品对应的税率支付关税，通常代理会帮助我们完成缴税。日本关税起征点为10000日元，起征点比较低，发FBA到日本基本都要支付关税的。FBA头程物流有DDP预付关税模式，也有双清包税模式。预付关税是提前支付关税给货代，双清包税是只需支付运费，货物的清关缴税全部由代理解决。
由于双清包税需承担货物的关税缴纳，因此双清包税渠道都会比DDP预付关税渠道价格更高。大家可以根据自己的物流需求进行选择。
5、获取进口许可证
关税缴纳之后，便获得的进口许可证书，通过该证书我们便可以通关进行末端派送。空运末端一般是快递或卡车负责末端派送，快递无需预约，卡车需要提前预约亚马逊仓库。海运末端也分快递或卡车派送，快递派送快、无需预测，卡车派送难、成本低、需提前预约。
1、申报真实
众所周知，日本海关是比较严谨的，特别是在物流淡季。由于货量比较少，海关工作人员有更多的精力严格检查货物。因此，建议发货日本的卖家，在货物申报上，包括不限于品名、数量、货值等信息，一定要真实、准确，否则货物被扣反而得不偿失。
2、避免侵权
日本对货物的侵权的检查也是非常严格的，一旦认定货物侵权会直接销毁，不会给进口商任何的解释机会。另外，进口商的信任也会因此而受损，后续进口会重点照顾。
3、获得对应的认证文件
另外，食品、医疗设备、儿童玩具、儿童用品等用品进入日本也非常严格，需要对应的认证文件才能正常通关。
日本亚马逊FBA要求：
1、日本当地地址
发货之前，需要确定好日本当地地址作为进口商和收件人。日本站点是不能填写亚马逊作为进口商，如果没有进口商，发过去的货物几乎都会被扣关。我们需提前提供好资料确保清关，避免货物扣关退回。
2、清关
日本海关对货物申报货值管控较严，如果查出低申报，将会被扣货，从而影响清关流程和货物入仓时效。同时，我们还要注意销售的商品是否涉及到侵权，一旦货物被认定侵权，货物会被日本海关销毁的，这点大家需要特别注意。
3、关税
日本关税起征点是美金130=日币13542货物的货值达到了这个点就会产生关税，一般关税收取的是货值的8%-15%。发日本FBA，品名和数量要如实申报。如果随意申报，日本海关查货扣留，对商品入仓以及亚马逊账号都会有影响。