这场越来越多人参与进来的转基因水稻商业化问题的争论中，最核心的问题依然是“是否安全”
《国际先驱导报》记者金微发自北京“发放转基因生物安全证书并不等同于允许商业化生产。”面对沸沸扬扬的质疑，3月2日，农业部农业转基因生物安全管理办公室负责人通过答新华社记者问的方式回应道。
自去年11月，农业部批准两种转基因水稻的安全证书以来，就转基因水稻商业化问题的质疑就没有间断过。
反对的不是转基因技术
农业部批准两种转基因水稻的安全证书之所以引发争议，主要是因为很多人担心，这将是转基因水稻商业化种植的开始。
从农业转基因生物安全管理办公室负责人的回应来看，拿到安全证书，也的确使转基因水稻向商业化种植更近了一步。
“反对转基因主粮进行商业化种植并不是反对转基因技术，而是反对用全体国民的主粮去冒险。”张宏良强调，反对者不仅不反对，甚至百分之百地支持发展生物产业和基因产业，“如同百分之百地支持发展核技术，但是反对在公众聚集的地方试验原子弹一样”。
“有任何一点不确定性，中国都不应该冲到最前面。”绿色和平组织食品与农业项目主任罗媛楠说。
实验室称小白鼠是安全的
转基因水稻的安全性是这场持续了几个月的争论的核心之一。
2月25日，转基因水稻的研究和培育者之一、华中农业大学教授张启发在一个专家座谈会上表示，中国去年批准生产应用的转基因玉米和水稻与非转基因水稻、玉米具有同样的安全性。
此前，转基因水稻的培育单位、华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室在回应外界的质疑时也完全肯定了转基因稻米的安全性。
“人类安全使用BT蛋白(编者注：BT即苏云金杆菌，可以分泌一种毒蛋白，对特定的物种有毒性)来抗虫已有70多年历史，没有发生一起让人中毒和过敏的例子。”改良实验室解释说。
实验室还提供了可供参考的实验：研究人员用纯Bt蛋白对抵抗力很弱的小鼠进行灌胃，剂量达每千克小鼠体重灌注5克纯BT蛋白，没有发现中毒、过敏、体重异常、脏器病变。每克转基因稻米含Bt蛋白不超过2.5微克，按小鼠灌胃剂量折算推知，一个体重60公斤的人吃掉120吨稻米也不会发生中毒、过敏、体重异常、脏器病变。如果按每天吃500克稻米计算，一个人活上120岁，也只吃掉约10吨稻米，不及小鼠灌胃剂量的十分之一。
“我们想特别指出，人类食用转基因食品已有十多年历史，没有发现任何中毒、过敏等不安全问题。”实验室给出的回复说。
而张启发在接受《北京科技报》采访时曾这样描述转基因水稻的安全性：“对人体无毒的BT蛋白在转基因大米中的含量，比国家标准规定的食品中的亚硝酸盐含量还低。我们研发的转基因大米比达标的饮用水还安全。”
浣熊和牛不吃转基因食品
北京大学医学部免疫学系副主任王月丹博士对张启发所称BT蛋白很安全的说法提出了质疑。他说，中央级专业杂志《食品科学》已揭示出苏云金杆菌(BT)其实与人体的致病菌蜡样芽孢杆菌是一种菌，而后者被认为是可以引起致命性呕吐和肠胃炎的病原体——其产生的毒素可以在30分钟内使人呕吐，并曾经导致一名17岁的瑞士男孩因呕吐引起肝衰竭和横纹肌溶解而死亡。
王月丹结合自己的研究指出，目前的一切实验都只是单用BT蛋白做过敏实验，但是BT蛋白在植物体内如果结合了其他蛋白，就可能引起新的过敏问题。
“一个是有机的成分，一个无机的成分，一个在天上，一个在地下，两者根本不能比。”对张启发通过比较转基因大米中的BT蛋白含量和饮用水中的亚硝酸盐含量来得出转基因水稻比饮用水都安全的说法，云南财经大学社会与经济行为研究中心特聘教授顾秀林认为，生命永远在演化，而人类对生命的了解程度远远不够，对于不知道的东西就应该谨慎，“生命规律一旦被打乱，后果不堪设想”。
顾秀林留学美国，并从事过多年农业研究。她在一次研讨会上介绍，世界各地用不含毒素或毒素含量较少的转基因食品喂养小白鼠，有三种实验结果：出现肾脏和肝脏损害、生殖系统出问题、免疫不正常。
“以免疫为例，正是因为碰到不正常的东西，动物免疫系统才会排斥，但世界上没有科学家能说清这是何物。”顾秀林介绍，欧洲的独立研究也揭示，不育、器官衰竭、免疫力下降都与转基因食物有关。
珍·古道尔(北京)环境文化交流中心理事会主席范敏坚给记者列举了国际知名的自然资源保护者珍·古道尔所调查的世界各地转基因食品的奇怪现象：在美国转基因玉米带，浣熊会自觉地跑到非转基因玉米吃玉米；两盆分别装转基因食品和天然食品的盆子，牛走到转基因食品前会嗅一嗅，然后主动到天然食品的盆子里狼吞虎咽。
转基因作物：不少国家都禁种
《国际先驱导报》记者毛晓晓、宋媛、李雪梅发自新德里、北京、巴黎转基因作物，尤其是主要粮食作物的商业化种植，在全球都是受到争议的。很多国家都选择暂时停止商业化种植来应对争议。印度就是最近的一例。
印度：转基因茄子都禁了
一场关于转基因茄子的争论在印度闹得热火朝天。一些抗议者穿着亮紫色和绿色的茄子状服装走上街头，甚至打出“转基因茄子滚出印度，孟山都滚出印度”的标语。美国孟山都是世界最大的种子公司。
去年10月，印度政府下属的基因工程批准委员会批准了转基因茄子的商业种植。此后，反对声不断。2月9日，印度环境部长拉梅什宣布，禁止商业种植转基因茄子，要求须先对其进行独立的安全测试，评估其对人类健康和环境的长期影响，并获得公众和专业人士的认可。
拉梅什表示，经过印度全国数个城市对转基因茄子的公开听证后，仍然有约10个邦的政府、环保分子和农民反对商业种植转基因茄子。“科学家内部对此也尚未形成共识，环境科学家提出的很多问题还没有得到满意的答案……(禁令)是对科学界和社会负责任的方式。”他也得到了总理辛格的支持。
印度科技部和农业部则力撑转基因作物。科技部长普里特维拉杰表示，9年的科学研究显示转基因茄子对人类是无害的，三个阶段的生物安全检测的结果都是积极的。农业部长帕瓦尔认为，转基因作物可以增加产量，并有助于缓解发展中国家的贫苦，尤其是印度面临的食品保障问题。
但印度大多数媒体支持环境部禁令，认为不应这么着急开始转基因食品的商业种植，应等待政府认可的独立测试，而不是根据生物科技公司声称没有任何负面影响的数据。
印度是世界上豆类消费量最大的国家，但印度种植的豆类品种产量低、易遭受虫害。印度政府已拿出资金，用于发展生物工程改良过的豆类，以提高产量。但由于印度第一种转基因食品作物——转基因茄子深陷政治交火，媒体认为转基因豆类近期内也不大可能进入商业种植。
美国：反对声越来越大
美国是转基因作物种植比较多的国家。据美国农业部的统计，2009年，转基因大豆，玉米和棉花的种植面积分别占全部面积的91%、85%和88%。
可是，在美国，至今还没有对主粮——小麦进行转基因的商业化种植。
前几年，孟山都曾向美国政府和加拿大政府申请进行转基因小麦的商业化种植，但却遭到农民协会的强烈反对，要求该公司撤回申请。
由于担心种植转基因小麦影响美国粮食出口——欧盟和日本拒绝进口转基因小麦，2004年孟山都公司主动从加拿大和美国政府撤回了申请。
转基因公司在美国一直遭到反击，而且力度越来越大。比如2009年，在加州，有3个县进行了全民公决，决定禁止在自己的县里种植转基因作物。有一家美国企业在加州做药用转基因水稻的田间试验，因为当地农民反对，被迫转移到密苏里州。
法国：民间团体破坏试验田
法国对转基因作物的敌视由来已久。
不少法国人认为，转基因技术虽然能提高作物产量或增强作物的抗病虫害能力等，但可能会对环境和人类健康造成不良影响。民间有些团体经常组织起来去破坏转基因试验田。
法国在转基因作物的种植和研究上不占任何优势，因此一直反对新的转基因产品进入欧盟市场。
法国政府允许转基因作物在国内种植，但却做了一系列严格规定。2008年年初，法国宣布暂停种植国内唯一的转基因作物——孟山都研发的转基因玉米。欧洲食品安全局去年6月底曾表示，这种转基因玉米品种安全可靠，对健康和环境不会造成危害。
为此，法国政府要求生物技术最高委员会对解除禁令的可行性进行评估。委员会下属的两家机构——经济、伦理与社会委员会和科学委员会随后对此均给予了否定答案。前者认为，种植转基因玉米的不利因素要超过有利因素；后者则表示，由于缺乏试验田和实验室数据，欧洲食品安全局至今仍无法对一些疑问进行解答。这一表态使得法国取消转基因玉米的种植禁令更加遥遥无期。