对于旅游签证，拒签率高低主要与签证申请书填写内容是否真实、护照是否真实有效，以及申请人是否有犯罪记录等因素有关。如果游客持有无出境记录的护照或是单个人出境游的话，那么被使馆拒签的可能性会增大。
对于留学签证，只要材料齐全真实，签证通过率较高，特别是如果留学生已经拿到在留资格，签证成功率会更高。但是，如果发现材料有作假成分，会导致拒签，并可能影响未来10年的入境资格。
此外，日本签证的拒签率还受到其他因素的影响，如无法证明出入境的目的、在日滞留过长的历史、担保人资格不足、经济能力不足、签证要求不明确、不清楚签证流程等。
日本签证拒签使馆会告知拒签原因吗？
不会！使馆不对外公布拒签的具体原因，因为如果公布个别申请件被拒签的具体原因，有可能会造成个人信息泄露或者出现不当的签证申请。如果拒签，拒签理由请理解为该申请不满足以下要求：
1、申请人持有有效护照，并拥有回国或再入境居住国的权利及资格。
2、提交的申请材料真实且符合规定。
4、申请人不符合入管法第5条第1项（不许入境）各条的任何一项。
注意：原则上，如果签证申请人具备上列所有条件并符合要求，即予以发给签证。
什么情形下，签证不会获批？
如果属于以下情形，或者无法排除存在以下情形的可能性时，即便您提交了签证申请，也有可能无法获得签证。（使馆不对外公布拒签的具体原因，请您谅解。）
1、申请人的护照非真实非有效
2、申请材料造假（例如，非法滞留属于犯罪行为，请您如实填报）
3、曾因犯罪被判处一年以上徒刑
4、曾违反有关毒品、大麻、兴奋剂、卖淫等犯罪行为的法律规定
5、曾在日本境内非法滞留且被强制驱逐出境后，仍在禁止入境的期限
6、赴日目的不符合入管法规定的“在日本能够从事的活动”
8、被认定有可能发生损害日本利益或妨碍日本社会治安的行为
被拒签后，能马上提交二次申请吗？
不能！如果您的签证被拒签，是不能立马重新申请和上次一样的签证的，假设拒签后立即受理您的二次申请，由于情况和上次没有区别，审查结果也会和上次一样：再次拒签！
但是，如果有人道方面的原因（在日本的家属去世或重病等）导致申请人不得不入境日本，使馆也有可能受理相应的签证申请。出现上述情况的申请人请提前与使馆联系。