1、委托研发费用与委托加工费用混淆不清；
2、受托研发成本能否作为高新企业的研发费用支出？
3、新产品设计费与委托外部研究开发费用的区分；
4、企业加工(定制)与工程合同中有关研发费用的处理；
5、委托研发中知识产权归属；
6、高新口径与加计扣除的口径可计入的委托境外研发的研发费用不一致。
三、归集方法
1、委托研发是指一方当事人委托另一方当事人进行新技术、新产品、新工艺、新材料、新品种及其系统的研究开发工作并提供相应研究开发经费和报酬所发生的费用。委托加工主要是指由委托方提供原料和主要材料（或由生产单位自行采购原料），受托方按照委托方的要求加工货物并收取加工费的经营活动。委托加工费用不能计入委托研发费用。
2、企业受托研发取得的收入属于技术性收入，属于高新技术产品（服务）收入，受托研发支出属于成本。委托方支付企业的受托研发服务支出，由委托方按照实际发生额的80%计入委托方高新技术企业认定中的研发费用。因此，企业受托研发支出不能作为企业高新技术企业认定中的研发费用。
4、对定制类、工程类的合同审查其中与研发活动的部分资料，属于技术开发的，并有实质性改进技术，需在合同中明确知识产权归属，最好将这部分的内容和费用签订为“委托研发”(受托方到所在地科技主管部门进行技术合同登记)；
5、重点梳理合同、协议、付款凭证、发票，并分析合同、协议的实质性内容，如果合同中设置了约定技术开发过程中形成知识产权和科技成果所有权归委托方部分或全部拥有，那么委托方发生的支出则可以计入委托外部研发费用。
6、委托外部研究开发包括委托境内研发和委托境外研发两种情形，《高新技术企业认定管理工作指引》对于委托外部研究开发费用的规定为：按照独立交易原确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。根据【财税〔2018〕64号】文件，委托境外进行研发活动所发生的费用，按照费用实际发生额的80%计入委托方的委托境外研发费用。委托境外研发费用不超过境内符合条件的研发费用三分之二的部分，可以按规定在企业所得税前加计扣除。值得注意的是，高新认定口径与加计扣除的口径计入的委托境外研发费用有差异。
举个例子，某企业2018年发生委托境外研发费用100万元，当年境内符合条件的研发费用为110万元。按照现行税法的规定，委托境外研发所产生费用的80%，即80万元（100×80%），可作为委托境外研发费用加计扣除的基数。当年境内符合条件研发费用的2/3，为73.33万元（110×2/3）。因此，该公司委托境外研发所发生的研发费用，应以73.33万元为基数适用加计扣除政策。该公司当年可享受研发费用加计扣除的基数为183.33万元（110+73.33）。而高新认定口径可计入的委托外部研究开发费用为（100+110）×80%=168万元。
虽然高新口径与加计扣除口径委外研发费用产生了差异，但是可以用政策进行合理的解释。
四、注意事项
2、复算检查委托外部研究开发费用，是否按照委托外部研究开发费用发生额的80%计入高新口径研究开发费用总额。