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基本医保可直接在医院结算窗口报销结算，或者也可先结账后再到医保局申请报销；商业医疗保险则是出院后先结账，再向保险公司申请报销。
如果是基本医疗保险：
1.办理入院手续：参保人入院时，需要先在基本医保定点医疗机构办理好入院手续；
2.缴纳部分费用：有的地区规定参保人入院时，需要先缴纳一部分钱，比如金昌市在三级（市内）医院住院，需要先缴纳500；
3.出院时报销：参保人完成治疗，出院时可以直接使用基本医保在医疗机构的结算窗口进行报销结算。而参保人入院时缴纳的费用，也可以进行多退少补。基本医保报销后，参保人只需要自己负担自费医疗费用即可。
不过，如果因为某些原因未能在医疗机构的结算窗口直接使用基本医保进行报销结算，比如异地就医，那么还需要参保人在出院时自己先结账，然后再携带好住院医疗费用清单和发票、出院小结等材料，前往参保地的医保局申请报销。
如果是商业医疗保险：
1.出院时先垫付医疗费用：被保险人出院后，需要先自行垫付所有的医疗费用。如果有基本医保的话，也可以直接用基本医保先报销结算，拿到医保结算单；
3.审核：保险公司会对报销材料进行审核，并确定报销方案。一般是可以在扣除已经用基本医保和其他的医疗保障报销过的医疗费用和免赔额后，才能对剩余的医疗费进行报销，一般是可报销100%，但若以社保身份参保却未以社保身份就诊并结算，则报销比例会有所降低；
4.报销：保险公司进行报销，报销金一般可以打入被保险人指定的银行账户中；
5.结案：报销完毕，予以结案。
值得一提的是，如果商业医疗保险有垫付权益，那么在被保险人住院期间，就可以先申请保险公司进行垫付。等到出院后，被保险人再提交报销材料给保险公司，保险公司审核通过，会直接用报销金抵扣已经垫付的金额。