1992年4月1日起施行的《中华人民共和国进出境动植物检疫法》（主席令第53号）在2009年进行了修订。该法共分为八章，有关检疫的规定包括进境检疫、出境检疫、过境检疫、携带、邮寄物检疫以及运输工具检疫。进出境的动植物、动植物产品和其他检疫物，装载动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器、包装物，以及来自动植物疫区的运输工具，依照本法规定实施检疫。
1、监管部门及职责
《中华人民共和国进出境动植物检疫法》（主席令第53号）中规定，国务院设立动植物检疫机关，统一管理全国进出境动植物检疫工作。国家动植物检疫机关在对外开放的口岸和进出境动植物检疫业务集中的地点设立的口岸动植物检疫机关，依照本法规定实施进出境动植物检疫。贸易性动物产品出境的检疫机关，由国务院根据情况规定。国务院农业行政主管部门主管全国进出境动植物检疫工作。《中华人民共和国进出境动植物检疫法实施条例》（国务院令第206号）中也明确了有关动植物检疫机关的工作职责。
2018年，国家机构改革，将原国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署。
2、检疫审批
2018年新修订的《进境动植物检疫审批管理办法》明确了海关总署负责检验检疫工作的职责。各直属海关负责所辖地区进境动植物检疫审批申请的初审工作。
3、出入境检疫管理
为加强检验检疫流程管理，原国家质量监督检验检疫总局制定了《出入境检验检疫流程管理规定》（国质检通〔2017〕437号），依法对出入境货物等监管对象实施检验检疫，主要包括受理报检、审单布控、现场和实验室检验检疫、动植物隔离检疫、检疫处理、综合评定、签证放行和归档部分。
3.1报检
2000年1月1日实施的《出入境检验检疫报检规定》（总局令第16号）规定了办理出入境检验检疫报检/申报的具体要求，包括报检范围、报检单、报检资格、入境和出境报检等内容，该规章在2018年由海关总署进行了部分内容修订。
《出入境检验检疫报检企业管理办法》（总局令161号）对自理报检企业和代理报检企业的报检行为进行了规范。根据总局令161号的要求，原国家质量监督检验检疫总局发布了《质检总局关于发布<出入境检验检疫报检企业管理工作规范>的公告》（2015年第49号）。
3.2实验室检疫
《出入境检验检疫流程管理规定》（国质检通〔2017〕437号）中规定，现场检验检疫，是指检验检疫机构在货物堆放现场对出入境货物实施检验检疫的过程。实验室检验检疫，是指实验室根据检测项目要求对接收的样品进行检测，或者对需要确认的有害生物、可疑症状进行鉴定，并出具检测鉴定结果报告的过程。有关现场和实验室的具体要求在标准中有所规定，比如：GB/T18088-2000《出入境动物检疫采样》、SN/T2295-2009《进出境大中动物现场检疫监管规程》等。
3.3动植物隔离检疫
《出入境检验检疫流程管理规定》（国质检通〔2017〕437号）中规定，动植物隔离检疫，是指活动物、动物遗传物质及植物种子、种苗入境后在指定隔离场（苗圃）或指定场所进行检验检疫的过程。原国家质量监督检验检疫总局令第122号公布的《进境动物隔离检疫场使用监督管理办法》对进境动物隔离检疫场的管理工作进行了规定。原质检总局公告2009年第116号还发布了关于《进境动物隔离检疫场使用监督管理办法》配套文件的公告，规定了进出境动物指定隔离场使用的基本要求。
3.4检疫处理
2017年原国家质量监督检验检疫总局发布了《质检总局关于发布<出入境检疫处理管理工作规定>的公告》（2017年第115号），对出入境检疫处理管理工作进行了规定；2018年3月，又发布了《质检总局关于做好<出入境检疫处理管理工作规定>实施有关工作的公告》，对检疫处理工作要求做了进一步说明。
3.5签证
《出入境检验检疫签证管理办法》（国质检通〔2009〕38号）规定了出入境检验检疫签证管理工作的要求，出入境检验检疫签证流程一般包括受理报检（或申报）、审单、计费、收费、拟制与审签证稿、缮制与审校证单、签发证单、归档。
在SN/T2967-2011《植物检疫证书签证规程》中，对出入境检验检疫机构签发植物检疫证书的操作要求进行了规定，包括进境、出境以及转口植物检疫证书的签发。
3.6查封、扣押
进出口商品经检验有涉及人身财产安全、健康、环境保护项目不合格的情况，海关总署依法对其实施查封、扣押和监督检查工作。《出入境检验检疫查封、扣押管理规定》（总局令第108号）对出入境检验检疫查封、扣押工作的具体要求进行了详细的规定。
原质检总局发布了针对不同进出境动植物种类检验检疫的监督管理办法，例如：《进出境非食用动物产品检验检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第159号）、《进出口水产品检验检疫监督管理办法》（总局令第135号）、《进出口乳品检验检疫监督管理办法》（总局令第152号）、《进出口饲料和饲料添加剂检验检疫监督管理办法》（总局令第118号）、《进出境粮食检验检疫监督管理办法》（总局令第177号）等。