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2018年1月18日，商务部网站发布日本进出口货物通关流程情况简介（有关食品）。
一、进出口货物一般通关流程
根据日本《海关法》规定，一般情况下，应将进出口货物运入保税区域后，再向海关申报。海关接到进口申报后，进行单证审查和必要的货物查验，有税货物原则上待企业缴纳关税等税金后,海关予以放行,企业方能提货。但也存在例外规定，其简要情况如下：
进口
(一)可不进入保税区域条件：
1.散装货物等可不运入保税区域；
2.蔬菜、鱼类等需快速运走的航空货物；
3.风险管理认可的“特例企业”。
(二)可先提货条件：根据规定，具备以下条件，向关长提出关税担保并获得关长同意后，可先提货。
1.贵重品、危险品、有变质、损坏可能的货物；
3.因适用特惠税率待交原产地证书的货物；
4.合同规定卸货后需核实数量，申报时数量还未确定的货物。
(三)先放行，后纳税条件：
符合特例申报制度规定的，可先放行，后纳税。适用特例申报制度的对象主要是通过了安全管理和遵纪守法风险控制机制并经关长批准的“特例进口者”，目的是减少进口者成本，提高便利性。
(四)预审制的适用：
出口
根据特定出口申报制度，通过了安全管理和遵纪守法风险控制机制并经关长批准的“特定出口者”，可直接向货物存放地（包括本工厂的仓库）或货物将要出口（包括运送途中）的海港、空港所在海关关长申请，获得批准后，货物可不运入保税区域便予以放行。根据日本《海关法》规定，出口货物无税，出口流程相对简单。
二、进出口货物特别通关程序
（一）医药品等
医药品等除了医药品外，还包括医药类外部用品、化妆品和医疗机械。这类物品的进口通关除了接受海关监管外，还要按照《药事法》的规定由厚生劳动省介入。具体的职能部门是该省专门负责医药品通关事务的地方厚生局药事监视专门官、后生劳动省的医药食品局监视指导及毒品对策课。根据《药事法》的规定，医药品、外用药、化妆品和医疗器械出于营业目的的进口必须经过厚生劳动大臣的许可和批准。
（二）食品
作为世界上少数的农业保护主义国家，日本在食品贸易中的不开放程度世界有名，管理也较严格，其主管部门为厚生劳动省。
根据《食品卫生法》第27条的规定，为了确保进口食品的安全性，食品进口者有义务向厚生劳动省提出备案。没有进行进口备案的食品不得用于销售。厚生省在全国各地设有检疫所，检疫所下设食品监视课或检疫卫生及食品监视课。
对于食用肉类河豚等制品需要提供出口国政府颁发的卫生证明书。出口国的官方食品检查机关的名单也要进行公布。
检疫所审查的要点首先看是否记载了出口国、进口货物名称、生产者、生产地、原材料、制造方法、有无添加物等，然后审查是否符合《食品卫生法》规定的生产标准，添加物的使用标准是否适当，是否含有有毒有害物质，该生产者和生产地是否以往有食品卫生上的问题等。
（三）植物检疫
一般进口的植物检疫检查流程是，首先进口者提出植物检疫检查的申请，有的植物须提交出口国的植物检查证明书，然后由检疫官员进行目测看是否有病虫害虫附着，或者抽样检查。如未发现病虫害虫，就发给合格证明书，可以进行通关。如发现病虫害虫，可以进行消毒处理后发行合格证明书，或者作废弃处理，或者退还原进口国。植物检疫由农林水产省的植物检疫所进行。
（四）动物检疫
进口人必须事先向动物检疫所提出检疫申请。偶蹄类动物和马要在货物到达前90天到120天；鸡、鹌鹑、山鸡、鸵鸟、火鸡、鹅以及其他鸟类提前40天到70天；狗提前40天。申请书要记载动物种类和发货地、动物品种、雌雄以及去向情况、年龄、用途（种畜、肥育用、竞赛用等）、产地、购买时期等，发往什么都道府县以及农场。要附带的文件类应向管辖该动物圈留场所的动物检疫所所长提交，同时也要提交关于动物管理人的情况。动物到达后要通知家畜防疫官。
家畜防疫官在动物到达后登临船舶（飞机）检查，作出指示将该动物转移到圈留场所。必要时要对运送车、作业地域进行消毒。经过每日监测观察后得出没有问题的结论后就予以放行。
出口动物也要进行检疫。程序与进口动物检疫相似。
（五）海关担保与通关
在日本，提供的海关担保物最为典型的是现金。但是在很多场合下也可以用有价证券作为担保物，比如国债、地方债、公司债及其他有价证券。国债和地方债要向海关提出委托书的正本。如果是登记国债则提供登记通知书。公司债以及其他有价证券要提供委托书的正本。国债、地方债和公司债及其他有价证券，以及现金的委托在地方法务局进行。不动产也可以作为担保物。日本专业从事国际贸易的公司一般称为“商社”。一些大型商社在进行综合经营时也进军不动产业，因此以不动产作为海关担保物也是比较多的。土地和建筑物等则是登记簿或者登记原簿的誊写本。
三、申报的主体
四、通关时需提供的单证
1．发票
2．提、运单。海运：（BillofLADING:B/L或SeaWayBill：SWB），空运：（AirWayBill:AWB）
3．保险费清单
4．运费明细单
5．包装说明书
6．委托报关、报检的须提交代理委托书。
此外，有的货物需要以下单证
1．动植物检疫证（动、植物检疫所出具）
2．原产地证明（需享受特惠关税时，由日本工商会议所颁发）
3．减免税证明（如加工、修理物品在出口的免税，由海关出具）
4．卫生证明书（由出口国官方食品检查机关出具）
所有单证目前均通过电子数据方式向海关提供，海关对通关电子单证审核后，认为无需核查纸质单证时进行电子单证放行。但还需查证原件或核实数量等情况时，企业应在电子单证放行后3日内向海关提交或出示单证原件。
五、通关过程中其他费用的收取
在货物通关环节中，日本海关除征收关税及国内消费税等外，还会收取海关监管场所外货物查验费，一般情况按每小时5000日元收取，如使用“NACCS”单一窗口提交申请的则每小时收取4700日元。此外，根据关税法规定，海关在出具证明书和对经许可的保税仓库、保税工厂、综合保税区等也按月收取手续费（详见附件11）。在调研中还初步了解到由动植物检疫所出具的证明等时不收取手续费。但在通关过程中会发生报关代理费、理货费等，现将大致收费情况简单介绍如下。
（一）报关、报检代理费
在2017年10月以前，日本海关对通关业者等代理报关的各种费用公布有一个最高金额限额表（详见附件12），但考虑到此做法不利于企业的公平竞争，财务省于2017年10月的大通关改革中已予以废止，之后的代理报关费用等由各通关业者等自行确定。因此，包括报检费用在内，各个代理企业的具体收费都是不一样的。如进出口的量较大，可在自定的收费金额基础上实施优惠。在向某企业咨询中了解到，虽然海关的最高限价取消了，但目前各代理企业自定的价格仍然与最高限价相差不大。其收取的报检代理费大约在3000-5000日元之间。
（二）消毒费
实施消毒有2种方法，一是热处理，二是熏蒸。目前，日本全国植物检疫协会（一般社团法人）下经认定的消毒企业300多家，其中熏蒸企业25家，热处理企业312家。由于企业不同，价格会有一定差异，但相差不会太大。消毒、熏蒸的方法、货物不同，其价格也不尽相