在古代的南日本海，有一个岛国名叫邪马台。第一任女王叫做卑弥呼。(历史上确有其国，也确有其人。但此国并非在小岛上的岛国，而是在日本岛上的一个诸侯国。据史料记载卑弥呼生在邪马台内乱之时，也正好是中国的三国时期。她会使用法术，能和鬼交流，她用法术获取了众人的顺服，17岁即登基成为女王。卑弥呼常年深居宫内，终身未婚，曾多次派遣使节前往中国访问曹魏政权，所以大家在岛上看到的遗物大部分都是那个时代的物品。
2、风暴卫士和风暴将军
卑弥呼女王有强大的法术能力控制风暴和海浪。她原来拥有一支军队，叫“风暴卫士”。每次打仗，她都兴起风暴摧毁敌人的军队，使得风暴卫士战无不胜。同样，风暴卫士也对女王无比崇拜，无比忠诚。
风暴卫士的头领叫“风暴将军”(游戏最后那个胖将军)。这个岗位非常特殊，既是军队统帅，又是女王的贴身侍卫，也是唯一能接近女王的男性，还是女王继位登基仪式的直接操办人。风暴将军必须对女王绝对忠诚，随时准备为女王献出生命。
3、女王如何来继承王位
女王由于终身不嫁，在她年老时，女王会挑选若干平民少女，进入内宫伴其左右，同时还有一些官员专门教授各类课程，这些少女被称为“女祭司”。女王老去时，风暴将军负责举行“火祭仪式”以挑选女王继承人。被选中的继承人将与女王一起进入登基密室完成登基仪式。(登基密室就是最后一个营地之前的那个大厅，有历代女王塑像的那间。)
4、“火祭仪式”的由来
在女祭司的文档中，我们看到火祭仪式其实并非献火祭，只是游戏中用到这个名词。该仪式是用来挑选女王正式继承人的。仪式本身很残忍，将众女祭司轮流绑在一根柱子上，下面用火焚烧，若此女并非女王选中的继承人，就会被烧死。若某女正是选中的继承人，女王就会兴起大风吹灭火焰留其性命(萨曼莎之所以在洞里没有被烧死，是因为她是被选中的继承人，女王的灵魂浇灭了火焰)同时仪式结束。仪式是高度保密的，只有风暴将军和女王知道它是怎么进行的。举行仪式时，只有风暴将军和几个助手在场，女王不在场。
5、加冕仪式的进行
被选中的继承人与女王一同进入登基密室，女王使用邪术将自己的灵魂注入继承人的躯体。仪式完成后，原女王的身体即死去，原女王的灵魂活在新女王的身体中，而新女王原来的灵魂则被赶出了躯体，或已被毁灭也不得而知。因此，加冕仪式其实就是女王的灵魂更换一个新鲜躯体的过程。因而所有的女王其实是同一个灵魂，就是卑弥呼(游戏中称其为“今在夕在的女王，首先的也是最后的女王—卑弥呼”)。而那些女王原来的灵魂则可怜地灭亡了。
6、最后一次加冕出了什么问题
于是，她从风暴将军那里偷来一把匕首藏在衣服内，与女王一起进入了密室。就在女王将要开始注入灵魂的时候，她用匕首刺伤了女王的躯体，当风暴将军闯进来时，星立即举刀自尽。于是，星毁坏了女王现有的躯体，也破坏了自己的躯体使得女王不能继续使用她，而女王带着受伤垂死的躯体也不可能迅速找到新的继承人完成加冕。这样，卑弥呼的灵魂只能继续留在现有的躯体内。
女王的躯体死去，并且逐渐地腐烂，成了风暴将军所言的“半生不死的躯壳”。不得已，风暴将军只好切腹以谢罪。(在研究基地的那个切腹的将军纸条里写明)风暴卫士们用颜料修饰了女王腐烂的脸和躯体，并将她放在圣台上(就是游戏最后那个日本女人打扮的鬼魂)。
7、岛上风暴的由来
卑弥呼因为加冕失败极为愤怒，在密室和祭坛附近兴起巨大的旋风，昼夜不停，一直到坚忍号船的到来。同时，她不放过任何接近岛屿的船只和飞机，并用风暴将其摧毁，使得几百年来不断有难民来到岛上。(贫民窟的那些被杀的穷人。)
8、守护的风暴卫士
加冕仪式失败后，风暴卫士们发誓守护女王和密室。几百年过去了，邪马台国早已没落消失，而风暴武士仍然守卫着女王。风暴武士会杀死一切接近密室的人(无论是难民、军人或其他)，杀人后将尸体集中堆放到一起(劳拉中途被鬼吊在一个房间里，那就是一个堆放处，此外，还有加冕密室前面的一个满是尸体的房间也是一个)，啃食尸体，汲取生命力，以此保持自己几百年来一直存活。(这就是游戏中有个敌兵说看到鬼在做一些事，他说他“永远不想提起”。
9、岛上的日本军人怎么来的
1940年代，日本军队带着一些科学家登上了岛屿，建设了一些军用及科研设施。他们希望研究风暴形成的原因，找到控制风暴的方法，以此协助他们在太平洋与美军作战。军人的探索活动从岛屿外围逐渐深入到密室附近，风暴武士则一直暗中监视，伺机杀人。最终，只有一小部分军人深入到了加冕密室前面的房间，并很快被武士屠杀，他们没能进入密室，军队也没能完成研究计划(来自文档：科学家的计划)。随着日本战败，岛上的士兵被遗弃，所有物资也被废弃。
10、马蒂亚斯和索拉瑞的士兵
马蒂亚斯是1980年代登岛的难民，当时岛上除了他和几个同伴之外几乎没有其他人。他和同伴们试图制作小船离开岛屿，两次出海都突遇暴风而失败(来自文档：狂人日记1-3)。马蒂亚斯察觉到风暴内中有隐秘，不解开这些秘密而要离开岛屿是不可能的。一开始马蒂亚斯想单打独斗，怂恿他剩余的同伴再尝试一次，而自己却不与他们一起。结果同伴们悉数遇难。马蒂亚斯独自游走全岛，探索到越来越多秘密。他发现了女王的历史，决定招募助手，找到合适的女祭司，完成加冕仪式，释放卑弥呼，平静风浪，然后再离开岛屿。
索拉瑞原本都是陆续登岛的难民，不服从的都被杀了，服从的就成为索拉瑞---马蒂亚斯的部下。索拉瑞在岛上修建了贫民窟，修理了当年日本军队留下的部分设施，如空中索道、将军墓的升降梯、还有研究实验室等，这些设施得以通电重新运转。索拉瑞利用这些设施来搬运遇难船只上的材料物品。
11、卑弥呼的结局是什么
劳拉粉碎了马蒂亚斯的计划，用烧着的火把插入女王的躯体，结果躯体莫名其妙地爆炸了，什么也没剩下。自此，卑弥呼的灵魂从躯体中释放出来，愤怒的暴风也停止了，一切回归平静。
12、拾荒者是谁
劳拉一开始被人打晕并且吊在一个山洞里，这人就是“拾荒者”。他也是登岛难民，也许曾经加入过索拉瑞，了解些许女王的历史。他可能是在岛上呆太久受了刺激精神不太正常了。他离群索居，自己在洞里搞了个祭坛，还抓活人献祭，希望以此取悦太阳女王，能给个好天气让他回家。这一次他抓了劳拉，吊起来可能是准备下一次献祭用吧。
13、劳拉和珊曼莎的关系
劳拉本身是英国人，而珊曼莎是日本人，但可能是由英国国籍的日本人。她们俩是大学同学，学习历史和考古专业。劳拉学这个专业完全是因为她出生在考古探险世家。她们俩关系很好，经常一起出行游玩。珊曼莎热衷于摄像，梦想成为导演。她极力要求加入这次探险，一是因为与劳拉的关系，另一个原因是因为这次探险的目标与她的祖国有关，而且她小时候经常听奶奶讲太阳女王的故事。于是，她登上了坚韧号，然而她所能做的只是拍摄一些记录片段而已。