昆明医科大学第二附属医院（以下简称“昆医大附二院”）建院于1952年10月，原名为“昆明市工人医院”。1962年，更名为昆明医学院第二附属医院，2000年挂牌昆明医学院第二临床医学院，2009年和2015年分别加挂云南省泌尿专科医院、云南省肝胆胰外科医院牌子，2012年更名为昆明医科大学第二附属医院。2021年接收云光发展有限公司云光医院，将其更名为昆明医科大学第二附属医院海口医院，形成一院两区的发展模式，进一步拓展了办院空间。建院以来，医院尊崇“明德至善”的院训，倡导家园意识和“关爱生命，情系患者，诚信友爱，和谐发展”的价值观，始终坚持“以人民健康为中心”，为戍卫人民健康，促进云南社会经济发展，维护边疆和谐稳定作出了积极贡献。“十四五”规划明确了医院建设国内知名、辐射南亚东南亚的区域高水平医院和医学人才培养中心的奋斗目标。
伴随着共和国的脚步，医院已经走过了72年的历程，目前医院已经发展为科室齐全、人才济济，技术力量雄厚，学科优势突出的集医疗、教学、科研、预防、保健、突发公共卫生事件应急处理和医疗救治于一体的大型三级甲等医院。医院是卫生部首批评定的“三级甲等医院”，是“全国百佳医院”及国际紧急救援中心（SOS）网络医院，是云南省首批命名为老年友善医疗机构的医院。是人力资源和社会保障部、全国博士后管理委员会批准认定的博士后科研工作站，是国家脑卒中防治委员会授予的云南省首个“高级卒中中心”单位，是云南省卒中学会（一级学会）主委单位，是云南省化学中毒救治基地，云南省泌尿系统疾病临床医学中心，云南省肝胆胰疾病临床医学中心，云南省重症医学临床医学中心，云南省康复临床医学中心建设基地。是云南省医用高压氧临床质量控制中心、云南省重症医学医疗质量控制中心、云南省普通外科医疗质量控制中心、云南省神经系统疾病医疗质量控制中心、云南省整形美容医疗质量控制中心和云南省泌尿外科医疗质量控制中心。
在日复一日的探索中，医院科研氛围浓厚，硕果累累。医院现有省级科技创新团队2个，云南省高校科技创新团队5个，云南省高校工程研究中心2个，云南省泌尿系统肿瘤重点实验室1个，云南省神经病理性疼痛诊疗工程研究中心1个。获云南省重大科技专项1项，院士/专家工作站31个，博士后科研工作站1个，云南省临床医学中心4个，云南省临床医学研究中心1个（泌尿系疾病），昆明医科大学重大科技成果培育项目4个。获云南省科技进步特等奖1项，先后6次获省级科学技术进步类一等奖。医院共有云南省肝胆胰外科、泌尿外科、烧伤、脑血管病4个内设研究所和云南省分子诊断、康复医学、睡眠呼吸紊乱疾病、肝病、骨质疏松、神经创伤、脊柱侧弯与脊柱畸形、创伤外科、妇科宫颈阴道疾病、儿童呼吸系统疾病防治、自身免疫性皮肤疾病、临床护理、重症医学、外科临床营养等14个内设研究中心。近5年获国家自然科学基金项目63项，省级科技计划项目174项。
医院中心实验室占地2000余平方米，拥有流式细胞仪、激光共聚焦扫描显微镜等先进仪器设备，包括生物样本库、细胞培养间、SPF级动物房等功能区域，可开展动物实验、细胞培养、免疫组化、Western-blot、基因克隆、转染等一系列分子生物学实验。中心实验室拥有一支以博士、硕士为主的实验技术指导队伍，为全院医护人员提供了良好的科研平台。
在年复一年的攀登中，医院人才辈出，结构合理。医院现有在岗职工3644人，其中高级职称618人。有首届“兴滇人才奖”1人，国家“百千万人才”2人，“云岭学者”2人，“云岭名医”10人，兴滇英才支持计划“名医”专项40人、“医疗卫生人才”7人、青年人才16人、创新团队2个，云南省医学领军人才16人、学科带头人35人、后备人才25人，云南省中青年学术和技术带头人22人、后备人才10人，享受国务院政府特殊津贴22人，享受云南省政府特殊津贴25人，获云南省有突出贡献的优秀专业技术人才28人，全国高端会计人才1人。获全国医院优秀院长3人，获全国“五一劳动奖章”1人，获全国教育系统先进个人1人，全国卫生系统先进个人2人，获云南省先进工作者2人，获抗击新冠疫情全国三八红旗集体1个。
近年来，医院不断加强对外交流合作，与南亚、东南亚、中东、欧美澳等二十多个国家和地区的医疗、教学机构，建立了广泛的联系，有着多层次、多方位的医学研究、人才培养及学术交流与合作。多次派出援助乌干达医疗队，多次执行对缅白内障复明项目，成立“金桥”国际泌尿外科联盟，成功举办十届“金桥”国际泌尿外科会议、两届“金桥”中缅泌尿外科会议、三届中国—南亚东南亚神经外科昆明论坛及面向东盟国家援外医疗培训等国际学术会议及援外培训班，圆满完成各项援外医疗任务。先后与境外非政府组织（新加坡国际基金会、协力会（挪威）云南办事处）开展提升中国云南老龄化人口医疗服务合作项目、云南社区康复建设项目，为云南省培养了大批康复专业人才，进一步提高了云南省医疗机构及社区的康复服务能力。
随着代际相传，建院以来的优良传统得以很好地继承和积淀，淬炼出昆医大附二院充满人文关怀的价值体系和文化。全体附二院人将秉承“明德至善”的院训，倡导家园意识和“关爱生命，情系患者，诚信友爱，和谐发展”的价值观，始终坚持“以病人为中心，以提高医疗、教学、科研质量为根本，与人民健康同行”的宗旨，以崇高的医德、精湛的医术和高度的社会责任感承载生命的重托，主动服务和融入国家“一带一路”建设，构建养老、孝老、敬老的服务环境，更好地满足老年人的医疗健康需求，为推进医院高质量发展，为昆明医科大学“双一流”建设，为云南省的社会经济建设、高等医学教育和卫生事业的发展，为健康云南、健康中国的建设而接续奋斗。